More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1590 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1590  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
276 aa  552  1e-156  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2058  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  67.75 
 
 
276 aa  389  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.740721  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2291  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  67.03 
 
 
276 aa  384  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.927102 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1564  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  67.42 
 
 
265 aa  351  8.999999999999999e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0952  amino acid ABC transporter, permease protein  64.91 
 
 
277 aa  344  8e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2237  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  62.18 
 
 
277 aa  343  1e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.655968  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2064  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  63.41 
 
 
276 aa  342  2.9999999999999997e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2810  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  59.11 
 
 
236 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.619104  normal  0.928359 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2321  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  58.22 
 
 
236 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0596  amino acid ABC transporter, permease protein  52.65 
 
 
235 aa  248  5e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.165061  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3595  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  58.22 
 
 
236 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2177  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  58.22 
 
 
236 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0363854  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7241  ABC transporter membrane spanning protein (nopaline)  45.54 
 
 
230 aa  178  7e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0228007  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5893  ABC transporter permease  43.06 
 
 
230 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.575763  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68090  ABC transporter permease  42.59 
 
 
230 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0277184  normal  0.0135289 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2253  amino acid ABC transporter permease  41.63 
 
 
239 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1115  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.18 
 
 
236 aa  166  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.186959  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1960  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter, inner membrane component  41.94 
 
 
225 aa  161  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.223037  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01552  ABC transporter permease  40.09 
 
 
225 aa  161  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003970  histidine ABC transporter permease protein HisM  40.09 
 
 
225 aa  160  3e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4914  amino acid ABC transporter permease  40.64 
 
 
229 aa  159  4e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5360  amino acid ABC transporter, permease protein  41.1 
 
 
229 aa  157  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.209442  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0309  amino acid ABC transporter permease  41.2 
 
 
229 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000829605  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1452  amino acid ABC transporter, permease protein  40.09 
 
 
225 aa  157  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000068563  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0303  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.89 
 
 
229 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000177039  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4930  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.89 
 
 
229 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000808771  hitchhiker  0.000000082822 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2783  amino acid ABC transporter permease  39.53 
 
 
243 aa  154  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4272  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.04 
 
 
256 aa  153  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000141249 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4050  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.35 
 
 
244 aa  153  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0280  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  37.5 
 
 
229 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.139552  hitchhiker  0.000156387 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0298  ABC basic amino acid transporter, inner membrane subunit  38.5 
 
 
241 aa  152  5.9999999999999996e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2831  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  45.92 
 
 
224 aa  152  5.9999999999999996e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0298  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.5 
 
 
229 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0046472  normal  0.109587 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2559  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.09 
 
 
244 aa  150  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.498875  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3873  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.43 
 
 
244 aa  150  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.839881  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4930  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.25 
 
 
248 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0329  amino acid ABC transporter permease  37.61 
 
 
241 aa  149  6e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3520  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.79 
 
 
239 aa  149  6e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.40379  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4624  arginine/ornithine transport protein AotM  37.44 
 
 
232 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3310  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.91 
 
 
240 aa  147  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.515692  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2072  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.44 
 
 
241 aa  145  7.0000000000000006e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1927  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.07 
 
 
243 aa  144  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.423145 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4487  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.61 
 
 
238 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.131954  normal  0.0234327 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2881  amino acid ABC transporter, permease protein, 3-TM region, His/Glu/Gln/Arg/opine  36.61 
 
 
229 aa  144  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0842079  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2914  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.97 
 
 
232 aa  142  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.285474 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40 
 
 
238 aa  142  6e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2650  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.57 
 
 
239 aa  142  7e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.074338  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0226  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  39.35 
 
 
222 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00679283 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0241  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.35 
 
 
222 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.213346 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4138  amino acid ABC transporter, permease protein  39.9 
 
 
236 aa  137  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4986  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.35 
 
 
222 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.86981 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0698  arginine transporter permease subunit ArtM  38.67 
 
 
222 aa  137  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.180995  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3876  amino acid ABC transporter permease  39.9 
 
 
236 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.641947 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4288  ABC polar amino acid transporter, inner membrane subunit  40.98 
 
 
237 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5002  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.77 
 
 
237 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.613276  normal  0.590366 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1055  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.98 
 
 
237 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.700184  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1058  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.98 
 
 
237 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5181  cystine ABC transporter, permease protein, putative  40.74 
 
 
222 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1154  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.49 
 
 
237 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.173386 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0697  amino acid ABC transporter permease  40.49 
 
 
237 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.144068  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1176  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.49 
 
 
237 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0243  amino acid ABC transporter permease  41.2 
 
 
221 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0296123  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1258  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.09 
 
 
238 aa  136  5e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0889  arginine transporter permease subunit ArtM  33.33 
 
 
222 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.13715  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52770  arginine/ornithine transport protein AotM  37.91 
 
 
232 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0357  amino acid ABC transporter permease  40.28 
 
 
222 aa  135  8e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00866  arginine transporter subunit  33.33 
 
 
222 aa  135  9e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.501538  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0965  arginine transporter permease subunit ArtM  33.33 
 
 
222 aa  135  9e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2781  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
222 aa  135  9e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0249493  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0934  arginine transporter permease subunit ArtM  33.33 
 
 
222 aa  135  9e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00872  hypothetical protein  33.33 
 
 
222 aa  135  9e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.461216  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2735  arginine transporter permease subunit ArtM  33.33 
 
 
222 aa  135  9e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00627055  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1021  arginine transporter permease subunit ArtM  33.33 
 
 
222 aa  135  9e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.487337 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2470  arginine transporter permease subunit ArtM  33.33 
 
 
222 aa  135  9e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.156065  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5844  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.86 
 
 
226 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2566  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.32 
 
 
238 aa  134  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.167761  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6802  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.55 
 
 
231 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1377  arginine transporter permease subunit ArtM  33.33 
 
 
222 aa  134  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2128  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.49 
 
 
237 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.428353  normal  0.172644 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0925  arginine transporter permease subunit ArtM  34.74 
 
 
222 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.197831  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1042  arginine transporter permease subunit ArtM  34.74 
 
 
222 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241567  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1409  histidine ABC transporter, permease protein  40.65 
 
 
237 aa  133  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.169311  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0960  arginine transporter permease subunit ArtM  34.74 
 
 
222 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0992  arginine transporter permease subunit ArtM  34.74 
 
 
222 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1023  arginine transporter permease subunit ArtM  34.74 
 
 
222 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1475  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.03 
 
 
238 aa  132  6.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.480375  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1772  amino acid ABC transporter, permease protein  40 
 
 
237 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7395  ABC transporter membrane spanning protein  37.33 
 
 
228 aa  132  6.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.158654  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02232  histidine/lysine/arginine/ornithine transporter subunit  37.09 
 
 
238 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1349  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.09 
 
 
238 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.184069  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5920  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.05 
 
 
234 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283636  normal  0.168825 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1345  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.09 
 
 
238 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.470643  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2463  histidine ABC transporter, permease protein HisM  37.09 
 
 
238 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.624067  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2601  histidine ABC transporter, permease protein HisM  37.09 
 
 
238 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0344679  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02192  hypothetical protein  37.09 
 
 
238 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2685  histidine ABC transporter, permease protein HisM  37.09 
 
 
238 aa  132  7.999999999999999e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.334636  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3447  histidine ABC transporter, permease protein HisM  37.09 
 
 
238 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.885693  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2581  histidine ABC transporter permease HisM  37.09 
 
 
235 aa  132  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.10573 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2593  histidine ABC transporter permease HisM  37.09 
 
 
235 aa  132  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2539  histidine ABC transporter permease protein HisM  37.09 
 
 
235 aa  132  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.953972  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>