More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7241 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7241  ABC transporter membrane spanning protein (nopaline)  100 
 
 
230 aa  448  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0228007  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3520  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  60.18 
 
 
239 aa  254  9e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.40379  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4050  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  56.5 
 
 
244 aa  235  5.0000000000000005e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3873  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.71 
 
 
244 aa  226  2e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.839881  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4487  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.82 
 
 
238 aa  216  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.131954  normal  0.0234327 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  59.22 
 
 
238 aa  215  5e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4930  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.91 
 
 
248 aa  210  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0280  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  46.36 
 
 
229 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.139552  hitchhiker  0.000156387 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0303  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.36 
 
 
229 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000177039  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0298  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.36 
 
 
229 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0046472  normal  0.109587 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1115  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.78 
 
 
236 aa  199  3e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.186959  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1258  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.65 
 
 
238 aa  199  3e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4930  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.39 
 
 
229 aa  198  7e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000808771  hitchhiker  0.000000082822 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4914  amino acid ABC transporter permease  46.26 
 
 
229 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2650  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.45 
 
 
239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.074338  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4272  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.73 
 
 
256 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000141249 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5360  amino acid ABC transporter, permease protein  46.26 
 
 
229 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.209442  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4836  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.21 
 
 
250 aa  193  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.14573 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5920  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.35 
 
 
234 aa  193  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283636  normal  0.168825 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0309  amino acid ABC transporter permease  47.2 
 
 
229 aa  192  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000829605  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1827  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  47.77 
 
 
251 aa  191  8e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.249434  normal  0.34398 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6913  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.46 
 
 
234 aa  190  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.77159  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0329  amino acid ABC transporter permease  47.77 
 
 
241 aa  188  5e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6595  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.33 
 
 
248 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.148887 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5749  amino acid ABC transporter permease  49.33 
 
 
248 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6113  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.33 
 
 
248 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.925457 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4624  arginine/ornithine transport protein AotM  45.5 
 
 
232 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0298  ABC basic amino acid transporter, inner membrane subunit  47.09 
 
 
241 aa  186  4e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68090  ABC transporter permease  43.89 
 
 
230 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0277184  normal  0.0135289 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5893  ABC transporter permease  43.44 
 
 
230 aa  182  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.575763  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2253  amino acid ABC transporter permease  47 
 
 
239 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2072  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.75 
 
 
241 aa  182  5.0000000000000004e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5838  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.1 
 
 
248 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.800296 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2914  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.45 
 
 
232 aa  181  6e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.285474 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5621  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.1 
 
 
248 aa  181  7e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.142283  normal  0.488767 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2559  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.56 
 
 
244 aa  181  9.000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.498875  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1452  amino acid ABC transporter, permease protein  41.3 
 
 
225 aa  181  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000068563  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1590  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.54 
 
 
276 aa  180  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2058  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.05 
 
 
276 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.740721  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2064  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  44.49 
 
 
276 aa  180  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2881  amino acid ABC transporter, permease protein, 3-TM region, His/Glu/Gln/Arg/opine  45.65 
 
 
229 aa  178  5.999999999999999e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0842079  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0992  arginine transporter permease subunit ArtM  46.19 
 
 
222 aa  178  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0960  arginine transporter permease subunit ArtM  46.19 
 
 
222 aa  178  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1023  arginine transporter permease subunit ArtM  46.19 
 
 
222 aa  178  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5102  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.34 
 
 
250 aa  178  8e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00180467  decreased coverage  0.00233971 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0925  arginine transporter permease subunit ArtM  46.19 
 
 
222 aa  177  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.197831  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1042  arginine transporter permease subunit ArtM  46.19 
 
 
222 aa  177  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241567  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00866  arginine transporter subunit  44.2 
 
 
222 aa  177  1e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.501538  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2781  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.2 
 
 
222 aa  177  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0249493  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1021  arginine transporter permease subunit ArtM  44.2 
 
 
222 aa  177  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.487337 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00872  hypothetical protein  44.2 
 
 
222 aa  177  1e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.461216  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0889  arginine transporter permease subunit ArtM  44.2 
 
 
222 aa  177  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.13715  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2470  arginine transporter permease subunit ArtM  44.2 
 
 
222 aa  177  1e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.156065  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2783  amino acid ABC transporter permease  44.98 
 
 
243 aa  177  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0965  arginine transporter permease subunit ArtM  44.2 
 
 
222 aa  177  1e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0934  arginine transporter permease subunit ArtM  44.2 
 
 
222 aa  177  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01552  ABC transporter permease  42.22 
 
 
225 aa  177  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2735  arginine transporter permease subunit ArtM  44.2 
 
 
222 aa  177  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00627055  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5844  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.5 
 
 
226 aa  176  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1564  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.25 
 
 
265 aa  176  4e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2291  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.59 
 
 
276 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.927102 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003970  histidine ABC transporter permease protein HisM  41.78 
 
 
225 aa  176  4e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52770  arginine/ornithine transport protein AotM  45.13 
 
 
232 aa  175  5e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1960  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter, inner membrane component  41.44 
 
 
225 aa  175  6e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.223037  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1377  arginine transporter permease subunit ArtM  44.39 
 
 
222 aa  174  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1927  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.22 
 
 
243 aa  171  6.999999999999999e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.423145 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0698  arginine transporter permease subunit ArtM  44.76 
 
 
222 aa  171  7.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.180995  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0952  amino acid ABC transporter, permease protein  45.41 
 
 
277 aa  170  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2237  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.95 
 
 
277 aa  169  5e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.655968  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1653  arginine transporter permease subunit ArtM  41.7 
 
 
222 aa  165  4e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.551474 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3310  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.79 
 
 
240 aa  166  4e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.515692  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7506  ABC transporter membrane spanning protein (nopaline)  42.48 
 
 
226 aa  165  6.9999999999999995e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1592  hypothetical protein  46.26 
 
 
223 aa  164  1.0000000000000001e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.172559  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3773  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.18 
 
 
232 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.136748  hitchhiker  0.00334449 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0593  amino acid ABC transporter, permease protein  46.73 
 
 
223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.035181  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2831  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  41.23 
 
 
224 aa  163  2.0000000000000002e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4484  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  42.34 
 
 
232 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.784127 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3989  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.34 
 
 
232 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.60113 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1431  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.34 
 
 
232 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00987001  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05531  arginine transporter permease subunit ArtM  43.33 
 
 
222 aa  160  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4290  amino acid ABC transporter permease  42.34 
 
 
232 aa  159  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6802  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.26 
 
 
231 aa  159  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0254  arginine transporter permease subunit ArtM  41.23 
 
 
227 aa  159  3e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000745827  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001575  arginine ABC transporter permease protein ArtM  43.33 
 
 
222 aa  159  5e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.432738  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1790  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.23 
 
 
237 aa  158  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.587835  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1828  arginine/ornithine ABC transporter, permease protein  46.07 
 
 
232 aa  157  9e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3569  amino acid ABC transporter permease  46.63 
 
 
232 aa  157  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.118377  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0337  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.06 
 
 
236 aa  156  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1092  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.24 
 
 
231 aa  156  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0920336 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4288  ABC polar amino acid transporter, inner membrane subunit  44.17 
 
 
237 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2128  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.69 
 
 
237 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.428353  normal  0.172644 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1154  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.17 
 
 
237 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.173386 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0697  amino acid ABC transporter permease  44.17 
 
 
237 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.144068  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1176  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.17 
 
 
237 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1058  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.2 
 
 
237 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1055  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.2 
 
 
237 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.700184  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4839  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.79 
 
 
231 aa  152  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.337109 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4284  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.41 
 
 
231 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.138969  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2628  arginine transporter permease subunit ArtM  41.44 
 
 
222 aa  152  5.9999999999999996e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0454966  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1580  arginine transporter permease subunit ArtM  41.44 
 
 
222 aa  152  5.9999999999999996e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>