More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3790 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3790  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 268 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0468247 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2751  diaminopimelate epimerase  73.31 
 
 		 268 aa  401  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0680  diaminopimelate epimerase  47.52 
 
 		 282 aa  234  9e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2112  diaminopimelate epimerase  44.24 
 
 		 285 aa  230  2e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.593544 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0171  Diaminopimelate epimerase  38.52 
 
 		 286 aa  208  9e-53  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3160  diaminopimelate epimerase  43.21 
 
 		 310 aa  207  1e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000134357  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3880  diaminopimelate epimerase  42.81 
 
 		 286 aa  197  2.0000000000000003e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.28993  normal  0.0214025 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0778  Diaminopimelate epimerase  39.01 
 
 		 285 aa  192  4e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.961561  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2337  diaminopimelate epimerase  37.97 
 
 		 282 aa  177  2e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2322  diaminopimelate epimerase  33.45 
 
 		 277 aa  171  7.999999999999999e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000212903  hitchhiker  0.00476007 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1893  diaminopimelate epimerase  37.77 
 
 		 278 aa  168  7e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.593063  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2115  diaminopimelate epimerase  33.21 
 
 		 278 aa  167  1e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3911  diaminopimelate epimerase  33.09 
 
 		 278 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000014608  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  33.46 
 
 		 283 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3323  diaminopimelate epimerase  32.73 
 
 		 278 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0531  diaminopimelate epimerase  34.07 
 
 		 282 aa  161  1e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.46131  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2992  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 282 aa  161  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000459249  normal  0.46742 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0888  diaminopimelate epimerase  36.07 
 
 		 279 aa  160  1e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000673594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  32.84 
 
 		 280 aa  161  1e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  32.96 
 
 		 280 aa  160  2e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0724  diaminopimelate epimerase  33.94 
 
 		 277 aa  160  2e-38  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0456566  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1764  diaminopimelate epimerase  36.64 
 
 		 269 aa  160  2e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0339  diaminopimelate epimerase  32.72 
 
 		 278 aa  159  3e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.6920099999999997e-35 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0358  diaminopimelate epimerase  32.37 
 
 		 278 aa  159  3e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000380809  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0164  diaminopimelate epimerase  33.94 
 
 		 277 aa  159  4e-38  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.543882  normal  0.191958 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0200  diaminopimelate epimerase  34.03 
 
 		 295 aa  159  4e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000663087 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0220  diaminopimelate epimerase  33.68 
 
 		 295 aa  158  8e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3074  diaminopimelate epimerase  32.36 
 
 		 279 aa  157  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000185766  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0004  diaminopimelate epimerase  31.73 
 
 		 292 aa  157  2e-37  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0554484  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0349  diaminopimelate epimerase  33.68 
 
 		 293 aa  156  3e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000570655  hitchhiker  0.0000127535 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1604  diaminopimelate epimerase  34.32 
 
 		 278 aa  156  4e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.728905  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  32.85 
 
 		 277 aa  156  4e-37  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5074  diaminopimelate epimerase  30.42 
 
 		 288 aa  154  1e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4806  diaminopimelate epimerase  30.42 
 
 		 288 aa  154  1e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4667  diaminopimelate epimerase  30.42 
 
 		 288 aa  154  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1107  diaminopimelate epimerase  35.29 
 
 		 355 aa  154  1e-36  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.134817  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5170  diaminopimelate epimerase  30.42 
 
 		 288 aa  154  1e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3414  diaminopimelate epimerase  32.97 
 
 		 278 aa  154  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0481236  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 282 aa  153  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0119  diaminopimelate epimerase  34.56 
 
 		 278 aa  154  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  34.81 
 
 		 308 aa  153  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4647  diaminopimelate epimerase  30.07 
 
 		 288 aa  152  4e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5079  diaminopimelate epimerase  30.07 
 
 		 288 aa  152  4e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0185  diaminopimelate epimerase  31.75 
 
 		 280 aa  152  5e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00343666  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_35896  predicted protein  32.14 
 
 		 407 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.22648  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1371  diaminopimelate epimerase  37.73 
 
 		 368 aa  152  5.9999999999999996e-36  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.692483  normal  0.473185 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5045  diaminopimelate epimerase  30.07 
 
 		 288 aa  151  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4756  diaminopimelate epimerase  30.07 
 
 		 288 aa  150  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3545  diaminopimelate epimerase  30.07 
 
 		 288 aa  151  1e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0166  diaminopimelate epimerase  30.07 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  32.16 
 
 		 281 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1694  diaminopimelate epimerase  31.25 
 
 		 284 aa  149  5e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0440642  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5076  diaminopimelate epimerase  30.07 
 
 		 288 aa  149  5e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0322  diaminopimelate epimerase  32.25 
 
 		 284 aa  148  9e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.217655  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09951  diaminopimelate epimerase  32.25 
 
 		 284 aa  148  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.51158 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0198  diaminopimelate epimerase  32.28 
 
 		 288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0912  diaminopimelate epimerase  31.21 
 
 		 286 aa  147  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  31.48 
 
 		 284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0549  diaminopimelate epimerase  35.27 
 
 		 280 aa  146  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5499  diaminopimelate epimerase  36.19 
 
 		 276 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0039  diaminopimelate epimerase  32.06 
 
 		 292 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258665 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  33.94 
 
 		 278 aa  145  5e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0224  diaminopimelate epimerase  36.06 
 
 		 276 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0196  diaminopimelate epimerase  34.41 
 
 		 290 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.465069  hitchhiker  0.000651224 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0153  diaminopimelate epimerase  32.06 
 
 		 288 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3102  diaminopimelate epimerase  31.67 
 
 		 309 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.671935 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  32.23 
 
 		 278 aa  145  8.000000000000001e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0183  diaminopimelate epimerase  35.45 
 
 		 276 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  30.4 
 
 		 279 aa  144  2e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  33.46 
 
 		 274 aa  144  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2498  diaminopimelate epimerase  34.07 
 
 		 277 aa  144  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0760107  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2471  diaminopimelate epimerase  31.32 
 
 		 309 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1453  diaminopimelate epimerase  35.06 
 
 		 286 aa  143  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3085  diaminopimelate epimerase  31.32 
 
 		 309 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3113  diaminopimelate epimerase  33.95 
 
 		 277 aa  142  4e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.534786  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3131  diaminopimelate epimerase  31.32 
 
 		 289 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3587  diaminopimelate epimerase  32.34 
 
 		 276 aa  142  4e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.335636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09711  diaminopimelate epimerase  31.21 
 
 		 286 aa  142  5e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.646782  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3975  diaminopimelate epimerase  33.46 
 
 		 274 aa  142  5e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0095  diaminopimelate epimerase  39.61 
 
 		 262 aa  142  5e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0033  diaminopimelate epimerase  31.36 
 
 		 292 aa  142  5e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09701  diaminopimelate epimerase  33.22 
 
 		 286 aa  142  6e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0227672  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1814  diaminopimelate epimerase  33.46 
 
 		 272 aa  142  7e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09731  diaminopimelate epimerase  30.18 
 
 		 286 aa  142  7e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.137092  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1382  diaminopimelate epimerase  34.32 
 
 		 279 aa  141  9.999999999999999e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2100  diaminopimelate epimerase  33.46 
 
 		 272 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3435  diaminopimelate epimerase  33.57 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0266  diaminopimelate epimerase  35.45 
 
 		 276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3444  diaminopimelate epimerase  34.29 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0349  diaminopimelate epimerase  32.26 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  35.58 
 
 		 279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0197  diaminopimelate epimerase  31.32 
 
 		 289 aa  139  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.925339  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0630  diaminopimelate epimerase  28.78 
 
 		 304 aa  139  3.9999999999999997e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.822901  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1015  diaminopimelate epimerase  34.07 
 
 		 274 aa  139  3.9999999999999997e-32  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3260  diaminopimelate epimerase  30.96 
 
 		 289 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2167  diaminopimelate epimerase  30.96 
 
 		 289 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.636028  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2922  diaminopimelate epimerase  30.96 
 
 		 289 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.513817  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3426  diaminopimelate epimerase  30.96 
 
 		 289 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3228  diaminopimelate epimerase  31 
 
 		 282 aa  139  4.999999999999999e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0035809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0209  diaminopimelate epimerase  30.96 
 
 		 289 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>