More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3476 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3476  type II secretion system protein G  100 
 
 		 128 aa  263  5e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390478  normal  0.854758 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2295  type II secretion system protein G  100 
 
 		 124 aa  256  1e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2461  type II secretion system protein G  99.19 
 
 		 124 aa  254  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.508549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2470  type II secretion system protein G  95.16 
 
 		 124 aa  244  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.335351  normal  0.427711 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1989  hypothetical protein  79.03 
 
 		 124 aa  214  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0788365  normal  0.18788 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29080  general secretion pathway protein G  79.03 
 
 		 124 aa  205  1e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1441  type II secretion system protein G  67.74 
 
 		 129 aa  180  5.0000000000000004e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000189967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2412  methylation  58.73 
 
 		 126 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3218  general secretion pathway protein G  60 
 
 		 126 aa  155  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.427151 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2581  N-terminal methylation site  60.5 
 
 		 138 aa  154  3e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1334  methylation  53.66 
 
 		 133 aa  142  1e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.372792  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00348  general secretion pathway GSPG-like transmembrane protein  49.61 
 
 		 128 aa  136  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1302  type II secretion system protein  57.02 
 
 		 124 aa  136  1e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0879623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3886  type II secretion system protein G  52.5 
 
 		 122 aa  135  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1440  type II secretion system protein G  51.22 
 
 		 131 aa  130  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0197781  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02979  putative general secretion pathway GSPG related transmembrane protein  49.57 
 
 		 129 aa  129  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.811632  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2301  putative GSPG-related protein  53.33 
 
 		 130 aa  124  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.152629  normal  0.0321295 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1857  N-terminal methylation  40.6 
 
 		 140 aa  118  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.36825 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2621  type II secretion system protein G  45.08 
 
 		 184 aa  118  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1931  type II secretion system protein G  45.67 
 
 		 138 aa  117  3.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000053439  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4704  Type II secretion system protein G  47.75 
 
 		 145 aa  116  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0140964  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2997  type II secretion system protein G  42.64 
 
 		 135 aa  112  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000413298 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1460  type II secretion system protein G  39.58 
 
 		 153 aa  111  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52288  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3311  fimbrial protein pilin  41.27 
 
 		 137 aa  107  6e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1286  type II secretion system protein G  41.86 
 
 		 135 aa  97.4  5e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0138  putative pilus assembly protein  39.37 
 
 		 149 aa  97.1  7e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1776  pilin domain-containing protein  38.84 
 
 		 121 aa  97.1  8e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0337137  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1999  general secretion pathway protein G  38.28 
 
 		 131 aa  96.7  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.607295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2413  type II secretion system protein G  49.44 
 
 		 149 aa  96.3  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.330838  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4795  putative general (Type II) secretion pathway protein  38.13 
 
 		 223 aa  94.7  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.954024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0878  N-terminal methylation motif domain protein  41.57 
 
 		 142 aa  70.5  0.000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0877  N-terminal methylation motif domain protein  42.86 
 
 		 142 aa  68.6  0.00000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0780  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  50 
 
 		 157 aa  64.3  0.0000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1998  general secretion pathway protein G  31.91 
 
 		 140 aa  63.9  0.0000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.484444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2612  general secretion pathway protein G  43.59 
 
 		 153 aa  63.9  0.0000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.688921 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1432  type II secretion systen protein G  42.31 
 
 		 209 aa  62.8  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.412586  normal  0.909605 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1170  xcmT3  33.61 
 
 		 129 aa  62.8  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00346  general secretion pathway GSPG-like transmembrane protein  42.86 
 
 		 144 aa  62.8  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.887338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0137  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  34.62 
 
 		 161 aa  62.4  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2613  putative general secretion pathway protein G precursor (PilD-dependent protein pddA)  46.97 
 
 		 163 aa  62  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1678  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  32.03 
 
 		 163 aa  61.6  0.000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0802  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  46.27 
 
 		 152 aa  61.2  0.000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.964553  normal  0.826959 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1351  general secretion pathway protein G  31.94 
 
 		 150 aa  60.5  0.000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346821  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2413  methylation  31.21 
 
 		 157 aa  60.5  0.000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0392  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  35.65 
 
 		 175 aa  60.5  0.000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000336485  hitchhiker  0.0000000727713 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1316  type II secretory pathway protein LspG  34.02 
 
 		 140 aa  60.1  0.000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1313  type II secretory pathway protein LspG  34.02 
 
 		 140 aa  60.1  0.000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1442  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA-like protein  37.5 
 
 		 155 aa  60.1  0.000000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.102563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0687  hypothetical protein  32.14 
 
 		 138 aa  59.7  0.00000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.753224  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3940  general secretion pathway protein G  30.77 
 
 		 154 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.18178 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2372  general secretion pathway protein G  36.46 
 
 		 144 aa  60.1  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.411005  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02970  general secretion pathway GSPG-like transmembrane protein  43.28 
 
 		 144 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0455058  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02978  putative general secretion pathway GSPG related transmembrane protein  34.18 
 
 		 172 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.671308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0571  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  46.38 
 
 		 163 aa  58.9  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2590  general secretion pathway protein G  46.03 
 
 		 154 aa  58.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3030  general secretion pathway protein G  32.08 
 
 		 139 aa  59.3  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.187173  hitchhiker  0.00937307 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1507  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  36.71 
 
 		 121 aa  59.3  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000010883  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1777  hypothetical protein  30.57 
 
 		 177 aa  58.5  0.00000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00171207  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4497  general secretion pathway protein G  30.77 
 
 		 154 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.13255 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0567  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  45.45 
 
 		 147 aa  58.9  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1422  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  43.94 
 
 		 169 aa  58.5  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0216  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  49.18 
 
 		 163 aa  58.2  0.00000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0379234 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2582  N-terminal methylation site  37.14 
 
 		 170 aa  58.2  0.00000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29090  general secretion pathway protein G  31.85 
 
 		 160 aa  58.2  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.260708  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2310  putative GSPG-related transmembrane protein  40.85 
 
 		 155 aa  57.8  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.164905  normal  0.125662 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1343  general secretion pathway protein G  39.19 
 
 		 160 aa  57.8  0.00000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.657967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0668  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  45.45 
 
 		 155 aa  57.4  0.00000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136734 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0682  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  45.71 
 
 		 165 aa  57.4  0.00000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0723462  hitchhiker  0.000000000174273 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1280  general secretion pathway protein G  38.89 
 
 		 158 aa  57  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2302  GSPG-like signal peptide protein  30.82 
 
 		 172 aa  57  0.00000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186261  normal  0.0333639 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1930  hypothetical protein  28.66 
 
 		 164 aa  56.6  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000900532  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3221  general secretion pathway protein G  37.39 
 
 		 156 aa  56.2  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.287852 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1280  hypothetical protein  47.37 
 
 		 152 aa  56.2  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3074  general secretion pathway protein G  29.23 
 
 		 158 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016497 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1301  general secretion pathway protein G  39.24 
 
 		 146 aa  56.6  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.010915 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16150  General secretion pathway protein G  39.71 
 
 		 145 aa  55.8  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.853983  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4713  general secretion pathway protein G  44.62 
 
 		 166 aa  55.8  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0745  hypothetical protein  47.62 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.836377 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0534  hypothetical protein  39.39 
 
 		 140 aa  55.8  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1524  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  36.59 
 
 		 159 aa  55.5  0.0000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000584644  unclonable  2.6975300000000003e-19 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0102  general secretion pathway protein G  41.25 
 
 		 149 aa  55.5  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.573705  normal  0.0126574 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1261  hypothetical protein  42.42 
 
 		 168 aa  55.5  0.0000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0077  general secretion pathway protein G  28.24 
 
 		 150 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1301  type II secretion system protein  37.86 
 
 		 168 aa  55.1  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.12689  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2840  protein of unknown function DUF1559  41.43 
 
 		 348 aa  55.1  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3240  general secretion pathway protein G  28.24 
 
 		 150 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1858  N-terminal methylation  27.22 
 
 		 161 aa  55.5  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.450176 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0012  general secretion pathway protein G  28.24 
 
 		 150 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0048  general secretion pathway protein G  28.24 
 
 		 150 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.503149  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0058  general secretion pathway protein G  28.24 
 
 		 150 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.109015  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0058  general secretion pathway protein G  28.24 
 
 		 150 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.663302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0926  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA-like protein  44.26 
 
 		 171 aa  54.7  0.0000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000619994  hitchhiker  8.71814e-18 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1024  hypothetical protein  29.17 
 
 		 162 aa  54.7  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2532  general secretion pathway protein G  30.71 
 
 		 156 aa  54.7  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.211317  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2109  general secretion pathway protein G  40.91 
 
 		 159 aa  54.7  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.117776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0779  hypothetical protein  45.45 
 
 		 136 aa  54.7  0.0000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0059  general secretion pathway protein G  28.24 
 
 		 150 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1548  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  38.24 
 
 		 167 aa  54.3  0.0000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  hitchhiker  0.00000000000000294624 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1116  general secretion pathway protein G  38.14 
 
 		 143 aa  54.3  0.0000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1018  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  42.42 
 
 		 161 aa  54.3  0.0000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>