277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1301 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1301  type II secretion system protein  100 
 
 		 168 aa  333  7.999999999999999e-91  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.12689  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02978  putative general secretion pathway GSPG related transmembrane protein  62.82 
 
 		 172 aa  192  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.671308  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29090  general secretion pathway protein G  61.54 
 
 		 160 aa  192  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.260708  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3885  hypothetical protein  58.55 
 
 		 161 aa  191  3e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3217  N-terminal methylation site  63.12 
 
 		 159 aa  189  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.280155 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2413  methylation  60 
 
 		 157 aa  187  5e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2582  N-terminal methylation site  59.09 
 
 		 170 aa  187  8e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2302  GSPG-like signal peptide protein  55.9 
 
 		 172 aa  181  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186261  normal  0.0333639 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1440  type II secretion system transmembrane protein  55.13 
 
 		 158 aa  176  1e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00799419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1988  hypothetical protein  55.77 
 
 		 157 aa  176  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0923651  normal  0.190547 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1335  methylation  56.58 
 
 		 161 aa  170  7.999999999999999e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0885873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4705  putative secretion type II protein  56.41 
 
 		 176 aa  169  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0420147  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3477  hypothetical protein  55.06 
 
 		 159 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.103302  normal  0.864591 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2294  Type II secretory pathway pseudopilin PulG-like protein  54.43 
 
 		 159 aa  162  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.797755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2460  secretion type II protein  54.09 
 
 		 159 aa  161  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2620  putative general secretion pathway GspG related transmembrane protein  57.86 
 
 		 159 aa  157  6e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2469  G protein signal peptide-like secretion type II protein  52.23 
 
 		 157 aa  157  8e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.354384  normal  0.562325 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1439  general secretion pathway GspG related transmembrane protein  52.83 
 
 		 160 aa  154  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0119159  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00349  putative general secretion pathway GSPG-related transmembrane protein  50.32 
 
 		 158 aa  153  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1678  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  46.24 
 
 		 163 aa  128  5.0000000000000004e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1858  N-terminal methylation  42.59 
 
 		 161 aa  126  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.450176 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1777  hypothetical protein  43.45 
 
 		 177 aa  115  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00171207  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1998  general secretion pathway protein G  42 
 
 		 140 aa  115  3.9999999999999997e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.484444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1930  hypothetical protein  40.74 
 
 		 164 aa  113  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000900532  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2414  general secretion pathway protein G  45.91 
 
 		 164 aa  102  3e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2998  hypothetical protein  43.04 
 
 		 164 aa  100  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000440497 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1285  hypothetical protein  43.04 
 
 		 164 aa  100  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0137  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  44.44 
 
 		 161 aa  97.1  9e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1461  hypothetical protein  40.37 
 
 		 162 aa  95.9  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0138  putative pilus assembly protein  37.04 
 
 		 149 aa  84  9e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3311  fimbrial protein pilin  36.94 
 
 		 137 aa  84  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2997  type II secretion system protein G  36.18 
 
 		 135 aa  81.3  0.000000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000413298 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1931  type II secretion system protein G  31.61 
 
 		 138 aa  80.1  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000053439  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1857  N-terminal methylation  34.62 
 
 		 140 aa  79  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.36825 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1460  type II secretion system protein G  35.33 
 
 		 153 aa  76.3  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52288  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2413  type II secretion system protein G  31.98 
 
 		 149 aa  70.9  0.000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.330838  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1286  type II secretion system protein G  35.53 
 
 		 135 aa  67.8  0.00000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3886  type II secretion system protein G  35.53 
 
 		 122 aa  67.4  0.00000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3218  general secretion pathway protein G  32.69 
 
 		 126 aa  66.6  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.427151 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1302  type II secretion system protein  37.5 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0879623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1334  methylation  33.13 
 
 		 133 aa  66.2  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.372792  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00348  general secretion pathway GSPG-like transmembrane protein  32.89 
 
 		 128 aa  65.9  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1441  type II secretion system protein G  35.9 
 
 		 129 aa  64.3  0.0000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000189967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2412  methylation  33.12 
 
 		 126 aa  60.8  0.000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02979  putative general secretion pathway GSPG related transmembrane protein  35 
 
 		 129 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.811632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1989  hypothetical protein  37.38 
 
 		 124 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0788365  normal  0.18788 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2581  N-terminal methylation site  31.37 
 
 		 138 aa  59.7  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1999  general secretion pathway protein G  28.66 
 
 		 131 aa  59.7  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.607295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1440  type II secretion system protein G  32.74 
 
 		 131 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0197781  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3476  type II secretion system protein G  37.61 
 
 		 128 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390478  normal  0.854758 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2470  type II secretion system protein G  38.32 
 
 		 124 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.335351  normal  0.427711 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2621  type II secretion system protein G  38.21 
 
 		 184 aa  58.2  0.00000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2295  type II secretion system protein G  37.38 
 
 		 124 aa  57.8  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478951  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2301  putative GSPG-related protein  40.71 
 
 		 130 aa  57.4  0.00000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.152629  normal  0.0321295 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2461  type II secretion system protein G  36.45 
 
 		 124 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.508549  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0719  type IV pilin  30.22 
 
 		 144 aa  56.2  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0676  type IV pilin  30.94 
 
 		 144 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256255  normal  0.685259 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29080  general secretion pathway protein G  31.65 
 
 		 124 aa  56.2  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5180  fimbrial protein pilin  42.86 
 
 		 169 aa  55.8  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0088813  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4704  Type II secretion system protein G  34.03 
 
 		 145 aa  54.7  0.0000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0140964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0100  general secretion pathway protein G  27.08 
 
 		 144 aa  54.3  0.0000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1776  pilin domain-containing protein  30.2 
 
 		 121 aa  52.4  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0337137  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0613  Type II secretory pathway pseudopilin PulG-like protein  46.43 
 
 		 165 aa  51.2  0.000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0934015 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2664  methylation  48.15 
 
 		 160 aa  51.2  0.000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1302  general secretion pathway protein G  29.36 
 
 		 153 aa  50.8  0.000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1473  general secretion pathway protein G  28.45 
 
 		 150 aa  50.8  0.000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.660645  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  37.04 
 
 		 168 aa  50.8  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0779  hypothetical protein  45.45 
 
 		 136 aa  50.4  0.00001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  43.86 
 
 		 152 aa  50.4  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0147  general secretion pathway protein G  27.14 
 
 		 144 aa  50.4  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4795  putative general (Type II) secretion pathway protein  28.92 
 
 		 223 aa  50.4  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.954024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4248  general secretion pathway protein G  27.87 
 
 		 148 aa  49.3  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0347967 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2923  general secretion pathway protein G  32.17 
 
 		 141 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.370501  normal  0.274003 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  41.07 
 
 		 164 aa  49.3  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2303  general secretion pathway protein G  26.96 
 
 		 146 aa  49.3  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1415  general secretion pathway protein G  27.68 
 
 		 146 aa  48.9  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02835  hypothetical type II secretion protein GspG  25.68 
 
 		 151 aa  48.5  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000370073  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3424  general secretion pathway protein G  25.68 
 
 		 151 aa  48.5  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02785  hypothetical protein  25.68 
 
 		 151 aa  48.5  0.00004  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000404727  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3135  general secretion pathway protein G  25.68 
 
 		 151 aa  48.5  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0383  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  46.3 
 
 		 168 aa  48.5  0.00004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000492385 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3409  general secretion pathway protein GspG  25.68 
 
 		 151 aa  48.5  0.00004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2921  general secretion pathway protein G  26.96 
 
 		 149 aa  48.5  0.00004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3244  general secretion pathway protein GspG  25.68 
 
 		 151 aa  48.5  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.948956  normal  0.749494 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1116  general secretion pathway protein G  32.77 
 
 		 143 aa  48.5  0.00005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2914  type IV pilin PilE  48.94 
 
 		 144 aa  48.5  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0462503 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0124  general secretion pathway protein G  26.79 
 
 		 144 aa  48.1  0.00005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0534  hypothetical protein  33.02 
 
 		 140 aa  48.5  0.00005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0606  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  52 
 
 		 156 aa  48.1  0.00006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000101189  hitchhiker  0.000000768083 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1058  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA-like protein  53.06 
 
 		 176 aa  47.8  0.00007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.110537  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0331  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  46.77 
 
 		 172 aa  47.8  0.00008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12104  fimbrial protein  36.27 
 
 		 165 aa  47.8  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246946  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1316  type II secretory pathway protein LspG  30.56 
 
 		 140 aa  47  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1313  type II secretory pathway protein LspG  30.56 
 
 		 140 aa  47  0.0001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3616  general secretion pathway protein G  27.2 
 
 		 144 aa  47  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1383  type IV pilin PilE  39.34 
 
 		 135 aa  47.4  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.140998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1007  general secretion pathway protein G  25.23 
 
 		 145 aa  45.8  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1548  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  48.08 
 
 		 167 aa  46.2  0.0002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  hitchhiker  0.00000000000000294624 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3266  general secretion pathway protein G  25.23 
 
 		 145 aa  45.8  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000062887  hitchhiker  0.00000000000000294917 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0108  general secretion pathway protein G  26.05 
 
 		 144 aa  46.6  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>