154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2460 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2460  secretion type II protein  100 
 
 		 159 aa  323  8.000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2294  Type II secretory pathway pseudopilin PulG-like protein  95.6 
 
 		 159 aa  282  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.797755  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3477  hypothetical protein  95.6 
 
 		 159 aa  281  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.103302  normal  0.864591 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2469  G protein signal peptide-like secretion type II protein  89.74 
 
 		 157 aa  259  1e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.354384  normal  0.562325 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1988  hypothetical protein  81.58 
 
 		 157 aa  255  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0923651  normal  0.190547 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29090  general secretion pathway protein G  64.52 
 
 		 160 aa  207  5e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.260708  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3885  hypothetical protein  54.04 
 
 		 161 aa  176  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1301  type II secretion system protein  54.61 
 
 		 168 aa  174  5e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.12689  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02978  putative general secretion pathway GSPG related transmembrane protein  53.21 
 
 		 172 aa  159  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.671308  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2302  GSPG-like signal peptide protein  51.92 
 
 		 172 aa  158  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186261  normal  0.0333639 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2413  methylation  51.61 
 
 		 157 aa  154  5.0000000000000005e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1439  general secretion pathway GspG related transmembrane protein  52.5 
 
 		 160 aa  151  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0119159  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2620  putative general secretion pathway GspG related transmembrane protein  53.46 
 
 		 159 aa  151  2.9999999999999998e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1440  type II secretion system transmembrane protein  50.64 
 
 		 158 aa  151  4e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00799419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3217  N-terminal methylation site  50 
 
 		 159 aa  149  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.280155 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2582  N-terminal methylation site  49.68 
 
 		 170 aa  150  1e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4705  putative secretion type II protein  51.28 
 
 		 176 aa  147  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0420147  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00349  putative general secretion pathway GSPG-related transmembrane protein  46.75 
 
 		 158 aa  144  6e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1335  methylation  48.43 
 
 		 161 aa  142  1e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0885873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1858  N-terminal methylation  40.99 
 
 		 161 aa  127  8.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.450176 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1678  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  41.77 
 
 		 163 aa  116  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1998  general secretion pathway protein G  38.26 
 
 		 140 aa  114  6.9999999999999995e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.484444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1930  hypothetical protein  38.75 
 
 		 164 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000900532  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1285  hypothetical protein  43.95 
 
 		 164 aa  105  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2998  hypothetical protein  44.59 
 
 		 164 aa  105  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000440497 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2414  general secretion pathway protein G  39.63 
 
 		 164 aa  101  4e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1777  hypothetical protein  38.36 
 
 		 177 aa  99.8  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00171207  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0137  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  40.85 
 
 		 161 aa  97.4  7e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1461  hypothetical protein  41.25 
 
 		 162 aa  93.6  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0138  putative pilus assembly protein  32.92 
 
 		 149 aa  69.7  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3311  fimbrial protein pilin  32.9 
 
 		 137 aa  68.6  0.00000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2997  type II secretion system protein G  31.06 
 
 		 135 aa  67.8  0.00000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000413298 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1302  type II secretion system protein  34.72 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0879623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1931  type II secretion system protein G  29.75 
 
 		 138 aa  65.5  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000053439  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1857  N-terminal methylation  26.58 
 
 		 140 aa  60.5  0.000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.36825 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3218  general secretion pathway protein G  30.32 
 
 		 126 aa  60.5  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.427151 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1460  type II secretion system protein G  28.48 
 
 		 153 aa  58.9  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52288  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00348  general secretion pathway GSPG-like transmembrane protein  29.38 
 
 		 128 aa  58.9  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2413  type II secretion system protein G  28.92 
 
 		 149 aa  58.5  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.330838  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02979  putative general secretion pathway GSPG related transmembrane protein  32.67 
 
 		 129 aa  57.4  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.811632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2412  methylation  28.85 
 
 		 126 aa  57  0.00000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3886  type II secretion system protein G  29.14 
 
 		 122 aa  56.2  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1441  type II secretion system protein G  29.03 
 
 		 129 aa  55.1  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000189967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1334  methylation  27.27 
 
 		 133 aa  55.5  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.372792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4704  Type II secretion system protein G  33.58 
 
 		 145 aa  55.5  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0140964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1999  general secretion pathway protein G  24.53 
 
 		 131 aa  55.5  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.607295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1440  type II secretion system protein G  29.3 
 
 		 131 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0197781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0124  general secretion pathway protein G  30.97 
 
 		 144 aa  55.1  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29080  general secretion pathway protein G  28.03 
 
 		 124 aa  54.7  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2581  N-terminal methylation site  29.14 
 
 		 138 aa  54.3  0.0000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1286  type II secretion system protein G  31.01 
 
 		 135 aa  53.5  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03959  general secretion pathway protein G  34.51 
 
 		 145 aa  53.1  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1989  hypothetical protein  27.1 
 
 		 124 aa  51.2  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0788365  normal  0.18788 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2301  putative GSPG-related protein  33.58 
 
 		 130 aa  50.4  0.000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.152629  normal  0.0321295 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0147  general secretion pathway protein G  28.32 
 
 		 144 aa  50.4  0.000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0234  general secretion pathway protein G  29.3 
 
 		 146 aa  48.9  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0108  general secretion pathway protein G  27.43 
 
 		 144 aa  48.9  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3616  general secretion pathway protein G  28.32 
 
 		 144 aa  48.9  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2470  type II secretion system protein G  26.75 
 
 		 124 aa  48.5  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.335351  normal  0.427711 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1413  general secretion pathway protein G  26.42 
 
 		 144 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0288958  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001889  general secretion pathway protein G  27.52 
 
 		 147 aa  48.1  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1302  general secretion pathway protein G  28.44 
 
 		 153 aa  48.1  0.00005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3030  general secretion pathway protein G  29.25 
 
 		 139 aa  48.1  0.00005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.187173  hitchhiker  0.00937307 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4731  general secretion pathway protein G  26.55 
 
 		 144 aa  47.8  0.00006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0599807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0100  general secretion pathway protein G  26.79 
 
 		 144 aa  47.8  0.00006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3476  type II secretion system protein G  26.11 
 
 		 128 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390478  normal  0.854758 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4795  putative general (Type II) secretion pathway protein  28.83 
 
 		 223 aa  47.4  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.954024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2295  type II secretion system protein G  26.11 
 
 		 124 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2303  general secretion pathway protein G  27.68 
 
 		 146 aa  47.4  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0152  general secretion pathway protein G  26.55 
 
 		 144 aa  47.4  0.00008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4355  general secretion pathway protein G  27.43 
 
 		 144 aa  47.4  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0169  general secretion pathway protein G  26.55 
 
 		 144 aa  47.4  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0156  general secretion pathway protein G  26.55 
 
 		 144 aa  47.4  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.051245 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0154  general secretion pathway protein G  26.55 
 
 		 144 aa  47  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4203  general secretion pathway protein G  26.55 
 
 		 144 aa  47.4  0.00009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3564  general secretion pathway protein G  27.43 
 
 		 144 aa  47.4  0.00009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0156  general secretion pathway protein G  26.55 
 
 		 144 aa  47.4  0.00009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2621  type II secretion system protein G  32.14 
 
 		 184 aa  46.6  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3577  ATPase  35.53 
 
 		 146 aa  47  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.44565 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0159  general secretion pathway protein G  26.55 
 
 		 144 aa  47  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0154  general secretion pathway protein G  26.55 
 
 		 144 aa  47  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2461  type II secretion system protein G  25.48 
 
 		 124 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.508549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2921  general secretion pathway protein G  27.27 
 
 		 149 aa  47  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1473  general secretion pathway protein G  27.27 
 
 		 150 aa  45.8  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.660645  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1007  general secretion pathway protein G  26.36 
 
 		 145 aa  46.2  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3266  general secretion pathway protein G  26.36 
 
 		 145 aa  46.2  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000062887  hitchhiker  0.00000000000000294917 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4177  general secretion pathway protein G  27.27 
 
 		 144 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.250819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1351  general secretion pathway protein G  28.57 
 
 		 150 aa  46.2  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346821  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2914  type IV pilin PilE  28.72 
 
 		 144 aa  46.2  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0462503 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16150  General secretion pathway protein G  28.44 
 
 		 145 aa  45.8  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.853983  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0956  general secretion pathway protein G  26.36 
 
 		 145 aa  46.2  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.194745  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00604  general secretion pathway protein G  28.18 
 
 		 146 aa  46.2  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20891  pilin  30.65 
 
 		 170 aa  45.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1360  general secretion family protein  34.48 
 
 		 114 aa  44.7  0.0005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000388019  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1316  type II secretory pathway protein LspG  27.78 
 
 		 140 aa  44.7  0.0005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1313  type II secretory pathway protein LspG  27.78 
 
 		 140 aa  44.7  0.0005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0128  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  29.06 
 
 		 170 aa  44.3  0.0006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2664  methylation  41.67 
 
 		 160 aa  44.7  0.0006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0172  general secretion pathway protein G  28.32 
 
 		 143 aa  44.7  0.0006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3244  general secretion pathway protein GspG  25.17 
 
 		 151 aa  44.3  0.0007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.948956  normal  0.749494 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>