215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1439 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_1439  general secretion pathway GspG related transmembrane protein  100 
 
 
160 aa  320  4e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0119159  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29090  general secretion pathway protein G  52.56 
 
 
160 aa  168  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.260708  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1440  type II secretion system transmembrane protein  54.49 
 
 
158 aa  167  4e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00799419  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1301  type II secretion system protein  52.94 
 
 
168 aa  166  9e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.12689  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3885  hypothetical protein  51.23 
 
 
161 aa  161  3e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2294  Type II secretory pathway pseudopilin PulG-like protein  52.5 
 
 
159 aa  155  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.797755  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3477  hypothetical protein  51.88 
 
 
159 aa  154  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.103302  normal  0.864591 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2460  secretion type II protein  52.5 
 
 
159 aa  154  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839329  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4705  putative secretion type II protein  49.36 
 
 
176 aa  152  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0420147  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1988  hypothetical protein  49.03 
 
 
157 aa  151  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0923651  normal  0.190547 
 
 
-
 
NC_003296  RS02978  putative general secretion pathway GSPG related transmembrane protein  48.72 
 
 
172 aa  150  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.671308  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2413  methylation  48.39 
 
 
157 aa  149  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2582  N-terminal methylation site  48.7 
 
 
170 aa  147  7e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2469  G protein signal peptide-like secretion type II protein  49.68 
 
 
157 aa  147  9e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.354384  normal  0.562325 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2302  GSPG-like signal peptide protein  44.87 
 
 
172 aa  146  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186261  normal  0.0333639 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3217  N-terminal methylation site  47.44 
 
 
159 aa  146  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.280155 
 
 
-
 
NC_003296  RS00349  putative general secretion pathway GSPG-related transmembrane protein  46.05 
 
 
158 aa  137  4.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2620  putative general secretion pathway GspG related transmembrane protein  53.75 
 
 
159 aa  128  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1335  methylation  47.71 
 
 
161 aa  124  4.0000000000000003e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0885873  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1998  general secretion pathway protein G  39.33 
 
 
140 aa  105  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.484444  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1678  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  41.51 
 
 
163 aa  105  3e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1858  N-terminal methylation  35.85 
 
 
161 aa  104  5e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.450176 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1930  hypothetical protein  37.72 
 
 
164 aa  102  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000900532  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1777  hypothetical protein  35.8 
 
 
177 aa  93.6  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00171207  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1285  hypothetical protein  40.88 
 
 
164 aa  91.7  4e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0137  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  40.61 
 
 
161 aa  90.9  6e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2998  hypothetical protein  39.62 
 
 
164 aa  87.4  8e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000440497 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2414  general secretion pathway protein G  38.99 
 
 
164 aa  87  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1461  hypothetical protein  40.37 
 
 
162 aa  84.7  5e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2997  type II secretion system protein G  34.59 
 
 
135 aa  78.6  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000413298 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3311  fimbrial protein pilin  35.95 
 
 
137 aa  71.2  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1857  N-terminal methylation  30.82 
 
 
140 aa  70.5  0.000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.36825 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0138  putative pilus assembly protein  31.65 
 
 
149 aa  69.7  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2581  N-terminal methylation site  33.12 
 
 
138 aa  68.6  0.00000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1302  type II secretion system protein  36.55 
 
 
124 aa  68.2  0.00000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0879623  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1441  type II secretion system protein G  36.54 
 
 
129 aa  67.8  0.00000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000189967  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1460  type II secretion system protein G  31.33 
 
 
153 aa  67.4  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52288  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1931  type II secretion system protein G  29.03 
 
 
138 aa  67  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000053439  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2470  type II secretion system protein G  33.97 
 
 
124 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.335351  normal  0.427711 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1286  type II secretion system protein G  34.59 
 
 
135 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3218  general secretion pathway protein G  32.48 
 
 
126 aa  65.9  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.427151 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1989  hypothetical protein  32.69 
 
 
124 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0788365  normal  0.18788 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2412  methylation  31.21 
 
 
126 aa  64.3  0.0000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3886  type II secretion system protein G  32.03 
 
 
122 aa  63.9  0.0000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2295  type II secretion system protein G  31.41 
 
 
124 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478951  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3476  type II secretion system protein G  30.63 
 
 
128 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390478  normal  0.854758 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2461  type II secretion system protein G  30.77 
 
 
124 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.508549  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2413  type II secretion system protein G  31.25 
 
 
149 aa  61.2  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.330838  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00348  general secretion pathway GSPG-like transmembrane protein  31.85 
 
 
128 aa  60.5  0.000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29080  general secretion pathway protein G  31.41 
 
 
124 aa  60.1  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1999  general secretion pathway protein G  28.12 
 
 
131 aa  59.3  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.607295  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1302  general secretion pathway protein G  33.94 
 
 
153 aa  56.2  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1473  general secretion pathway protein G  33.03 
 
 
150 aa  54.7  0.0000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.660645  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0877  N-terminal methylation motif domain protein  30.07 
 
 
142 aa  54.3  0.0000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1334  methylation  30 
 
 
133 aa  54.3  0.0000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.372792  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1440  type II secretion system protein G  29.49 
 
 
131 aa  54.3  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0197781  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0878  N-terminal methylation motif domain protein  29.37 
 
 
142 aa  53.9  0.0000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00604  general secretion pathway protein G  31.82 
 
 
146 aa  52.4  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4795  putative general (Type II) secretion pathway protein  29.7 
 
 
223 aa  51.6  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.954024  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0124  general secretion pathway protein G  30.97 
 
 
144 aa  50.8  0.000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2621  type II secretion system protein G  37.61 
 
 
184 aa  50.1  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0956  general secretion pathway protein G  27.27 
 
 
145 aa  50.4  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.194745  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0147  general secretion pathway protein G  28.77 
 
 
144 aa  50.4  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1007  general secretion pathway protein G  27.27 
 
 
145 aa  50.4  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0006  general secretion pathway protein G  31.82 
 
 
144 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0815216 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  62.16 
 
 
168 aa  50.4  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3266  general secretion pathway protein G  27.27 
 
 
145 aa  50.4  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000062887  hitchhiker  0.00000000000000294917 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2532  general secretion pathway protein G  36.36 
 
 
156 aa  50.4  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.211317  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4704  Type II secretion system protein G  43.94 
 
 
145 aa  49.3  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0140964  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0108  general secretion pathway protein G  27.1 
 
 
144 aa  49.7  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0100  general secretion pathway protein G  30 
 
 
144 aa  49.3  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1316  type II secretory pathway protein LspG  32.43 
 
 
140 aa  48.5  0.00004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1313  type II secretory pathway protein LspG  32.43 
 
 
140 aa  48.5  0.00004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1413  general secretion pathway protein G  28.4 
 
 
144 aa  48.5  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0288958  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001889  general secretion pathway protein G  30 
 
 
147 aa  48.5  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3384  general secretion pathway protein G  35.45 
 
 
154 aa  48.1  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2303  general secretion pathway protein G  30.09 
 
 
146 aa  48.1  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1351  general secretion pathway protein G  32.37 
 
 
150 aa  48.1  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346821  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2921  general secretion pathway protein G  30.91 
 
 
149 aa  48.1  0.00005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1415  general secretion pathway protein G  30.5 
 
 
146 aa  47.8  0.00007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5180  fimbrial protein pilin  39.34 
 
 
169 aa  47.4  0.00007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0088813  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2857  general secretion pathway protein G  29.79 
 
 
157 aa  47.4  0.00008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4355  general secretion pathway protein G  31.03 
 
 
144 aa  47.4  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2301  putative GSPG-related protein  34.88 
 
 
130 aa  47.4  0.00009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.152629  normal  0.0321295 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4248  general secretion pathway protein G  31.48 
 
 
148 aa  47.4  0.00009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0347967 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2032  general secretion pathway protein G  33.63 
 
 
142 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0169  general secretion pathway protein G  27.43 
 
 
144 aa  46.6  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  34.29 
 
 
164 aa  47  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24020  general secretion pathway protein G  33.63 
 
 
148 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4731  general secretion pathway protein G  27.59 
 
 
144 aa  46.6  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0599807  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4497  general secretion pathway protein G  30.61 
 
 
154 aa  45.8  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.13255 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0159  general secretion pathway protein G  27.43 
 
 
144 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0154  general secretion pathway protein G  27.43 
 
 
144 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0154  general secretion pathway protein G  27.43 
 
 
144 aa  46.6  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0172  general secretion pathway protein G  30.91 
 
 
143 aa  46.2  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3248  hypothetical protein  36.36 
 
 
132 aa  45.8  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3918  methylation site containing protein  42.86 
 
 
143 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000265425  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3616  general secretion pathway protein G  30.09 
 
 
144 aa  46.6  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0257  general secretion pathway protein G  28.67 
 
 
193 aa  45.4  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4203  general secretion pathway protein G  27.43 
 
 
144 aa  45.4  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>