More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02978 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS02978  putative general secretion pathway GSPG related transmembrane protein  100 
 
 		 172 aa  344  3e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.671308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1301  type II secretion system protein  63.16 
 
 		 168 aa  189  1e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.12689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2582  N-terminal methylation site  58.17 
 
 		 170 aa  188  4e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2413  methylation  60 
 
 		 157 aa  187  5e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3217  N-terminal methylation site  55.97 
 
 		 159 aa  180  1e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.280155 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3885  hypothetical protein  54.66 
 
 		 161 aa  177  7e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1440  type II secretion system transmembrane protein  57.05 
 
 		 158 aa  177  7e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00799419  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29090  general secretion pathway protein G  56.69 
 
 		 160 aa  172  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.260708  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4705  putative secretion type II protein  54.84 
 
 		 176 aa  167  5e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0420147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2620  putative general secretion pathway GspG related transmembrane protein  59.49 
 
 		 159 aa  164  8e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1335  methylation  56.58 
 
 		 161 aa  162  3e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0885873  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2302  GSPG-like signal peptide protein  50 
 
 		 172 aa  160  8.000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186261  normal  0.0333639 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1988  hypothetical protein  51.95 
 
 		 157 aa  155  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0923651  normal  0.190547 
 
 
-
 
NC_003296  RS00349  putative general secretion pathway GSPG-related transmembrane protein  49.06 
 
 		 158 aa  151  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3477  hypothetical protein  53.21 
 
 		 159 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.103302  normal  0.864591 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2460  secretion type II protein  53.21 
 
 		 159 aa  138  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2469  G protein signal peptide-like secretion type II protein  53.21 
 
 		 157 aa  138  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.354384  normal  0.562325 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2294  Type II secretory pathway pseudopilin PulG-like protein  51.92 
 
 		 159 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.797755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1858  N-terminal methylation  45.57 
 
 		 161 aa  134  7.000000000000001e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.450176 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1439  general secretion pathway GspG related transmembrane protein  48.72 
 
 		 160 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0119159  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1678  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  46.25 
 
 		 163 aa  121  5e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1930  hypothetical protein  43.9 
 
 		 164 aa  118  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000900532  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1998  general secretion pathway protein G  42.67 
 
 		 140 aa  116  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.484444  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1777  hypothetical protein  41.14 
 
 		 177 aa  111  5e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00171207  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2414  general secretion pathway protein G  46.2 
 
 		 164 aa  105  3e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0137  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  44.72 
 
 		 161 aa  105  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1285  hypothetical protein  45.62 
 
 		 164 aa  103  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2998  hypothetical protein  45.62 
 
 		 164 aa  100  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000440497 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2997  type II secretion system protein G  40.76 
 
 		 135 aa  92.8  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000413298 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1461  hypothetical protein  40.85 
 
 		 162 aa  89.7  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1460  type II secretion system protein G  37.89 
 
 		 153 aa  81.3  0.000000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52288  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3311  fimbrial protein pilin  38.16 
 
 		 137 aa  79  0.00000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1857  N-terminal methylation  34.36 
 
 		 140 aa  78.6  0.00000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.36825 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0138  putative pilus assembly protein  35.71 
 
 		 149 aa  77.4  0.00000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2413  type II secretion system protein G  37.57 
 
 		 149 aa  77  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.330838  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1931  type II secretion system protein G  33.55 
 
 		 138 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000053439  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1286  type II secretion system protein G  39.87 
 
 		 135 aa  75.1  0.0000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3886  type II secretion system protein G  35.53 
 
 		 122 aa  68.6  0.00000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1441  type II secretion system protein G  35.26 
 
 		 129 aa  65.5  0.0000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000189967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3218  general secretion pathway protein G  33.33 
 
 		 126 aa  63.9  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.427151 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1302  type II secretion system protein  37.76 
 
 		 124 aa  62  0.000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0879623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2581  N-terminal methylation site  31.36 
 
 		 138 aa  61.2  0.000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1334  methylation  33.54 
 
 		 133 aa  59.7  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.372792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2470  type II secretion system protein G  34.18 
 
 		 124 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.335351  normal  0.427711 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0613  Type II secretory pathway pseudopilin PulG-like protein  50.88 
 
 		 165 aa  59.3  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0934015 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3476  type II secretion system protein G  34.18 
 
 		 128 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390478  normal  0.854758 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2295  type II secretion system protein G  34.18 
 
 		 124 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478951  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29080  general secretion pathway protein G  38.74 
 
 		 124 aa  58.2  0.00000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1999  general secretion pathway protein G  28.21 
 
 		 131 aa  57.8  0.00000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.607295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2461  type II secretion system protein G  33.54 
 
 		 124 aa  57.8  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.508549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1440  type II secretion system protein G  31.74 
 
 		 131 aa  57.8  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0197781  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0779  hypothetical protein  49.09 
 
 		 136 aa  57.4  0.00000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1989  hypothetical protein  30.77 
 
 		 124 aa  57  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0788365  normal  0.18788 
 
 
-
 
NC_003296  RS02979  putative general secretion pathway GSPG related transmembrane protein  38.02 
 
 		 129 aa  55.5  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.811632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0877  N-terminal methylation motif domain protein  41.82 
 
 		 142 aa  53.5  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1776  pilin domain-containing protein  31.79 
 
 		 121 aa  52.8  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0337137  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0096  hypothetical protein  41.38 
 
 		 163 aa  53.1  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.062594 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3179  general secretion pathway protein G  31.15 
 
 		 152 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.223664  normal  0.0220476 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4704  Type II secretion system protein G  37.5 
 
 		 145 aa  52.4  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0140964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0878  N-terminal methylation motif domain protein  40 
 
 		 142 aa  52.4  0.000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00348  general secretion pathway GSPG-like transmembrane protein  28.75 
 
 		 128 aa  52  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2301  putative GSPG-related protein  34.78 
 
 		 130 aa  52  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.152629  normal  0.0321295 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0331  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  37.8 
 
 		 172 aa  51.6  0.000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0383  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  33.65 
 
 		 168 aa  51.6  0.000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000492385 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1302  general secretion pathway protein G  33.33 
 
 		 153 aa  51.2  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1473  general secretion pathway protein G  30.95 
 
 		 150 aa  51.2  0.000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.660645  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02835  hypothetical type II secretion protein GspG  32.46 
 
 		 151 aa  50.8  0.000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000370073  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3135  general secretion pathway protein G  32.46 
 
 		 151 aa  50.8  0.000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3409  general secretion pathway protein GspG  32.46 
 
 		 151 aa  50.8  0.000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02785  hypothetical protein  32.46 
 
 		 151 aa  50.8  0.000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000404727  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3424  general secretion pathway protein G  32.46 
 
 		 151 aa  50.8  0.000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1116  general secretion pathway protein G  43.08 
 
 		 143 aa  50.8  0.000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4679  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  38.16 
 
 		 168 aa  50.8  0.000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0476  methylation site containing protein  43.4 
 
 		 141 aa  50.8  0.000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.991113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2372  general secretion pathway protein G  40.58 
 
 		 144 aa  50.1  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.411005  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4444  type IV pilin  31.08 
 
 		 160 aa  50.4  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3312  general secretion pathway protein G  23.88 
 
 		 138 aa  50.8  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3244  general secretion pathway protein GspG  32.46 
 
 		 151 aa  50.4  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.948956  normal  0.749494 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4782  Tfp pilus assembly protein  43.1 
 
 		 179 aa  50.1  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2412  methylation  30.82 
 
 		 126 aa  50.4  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0478  prepilin peptidase dependent protein D  39.06 
 
 		 134 aa  50.4  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183909  normal  0.878303 
 
 
-
 
NC_002936  DET1360  general secretion family protein  37.5 
 
 		 114 aa  49.7  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000388019  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0879  prepilin-type N-terminal cleavage/methylation domain protein  29.25 
 
 		 141 aa  49.7  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4674  methylation  40 
 
 		 169 aa  49.7  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.953976  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0006  general secretion pathway protein G  33.04 
 
 		 144 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0815216 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0152  general secretion pathway protein G  28.57 
 
 		 144 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0480  pilin subfamily protein  35.16 
 
 		 174 aa  49.7  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2621  type II secretion system protein G  34.95 
 
 		 184 aa  49.7  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0156  general secretion pathway protein G  28.57 
 
 		 144 aa  49.3  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.051245 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4203  general secretion pathway protein G  28.57 
 
 		 144 aa  49.3  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12104  fimbrial protein  38.71 
 
 		 165 aa  49.3  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246946  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0156  general secretion pathway protein G  28.57 
 
 		 144 aa  49.3  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1007  general secretion pathway protein G  27.4 
 
 		 145 aa  49.3  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0676  type IV pilin  36.51 
 
 		 144 aa  48.9  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256255  normal  0.685259 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1422  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  40.32 
 
 		 169 aa  48.9  0.00003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3266  general secretion pathway protein G  27.4 
 
 		 145 aa  49.3  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000062887  hitchhiker  0.00000000000000294917 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0719  type IV pilin  36.51 
 
 		 144 aa  48.9  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0956  general secretion pathway protein G  27.4 
 
 		 145 aa  49.3  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.194745  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0100  general secretion pathway protein G  26.43 
 
 		 144 aa  48.9  0.00004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4040  fimbrial protein pilin  39.68 
 
 		 178 aa  48.5  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736529  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>