More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2066 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2066  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 254 aa  520  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.118637  normal  0.754365 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3677  GntR family transcriptional regulator  96.06 
 
 		 254 aa  500  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1582  GntR family transcriptional regulator  92.24 
 
 		 245 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.269882 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0756  transcriptional regulator, GntR family  49.17 
 
 		 247 aa  211  7e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.612329  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1440  GntR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 248 aa  205  6e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.944848 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0013  GntR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 251 aa  204  1e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000501062  n/a   
 
 
 
NC_008786  Veis_4599  Fis family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 243 aa  198  7.999999999999999e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.279562  normal  0.65455 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1484  transcriptional regulator, GntR family  42.08 
 
 		 244 aa  196  3e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.60959  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4147  GntR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 264 aa  181  8.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4416  GntR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 258 aa  180  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.489132  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3625  GntR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 239 aa  177  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0484961  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1071  GntR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 274 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5470  GntR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 242 aa  155  7e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4083  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 		 250 aa  149  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0617  transcriptional regulator, GntR family  35.6 
 
 		 250 aa  149  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0539833 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4965  regulatory protein GntR, HTH  37.76 
 
 		 247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4186  GntR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 251 aa  143  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.349516  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4790  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 245 aa  128  8.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4409  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 245 aa  128  8.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4496  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 245 aa  128  8.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4699  GntR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 270 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1785  regulatory protein GntR, HTH  33.89 
 
 		 247 aa  125  7e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.711067  normal  0.392955 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1509  GntR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 251 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0836  GntR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 256 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00839653 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4179  regulatory protein GntR HTH  33.2 
 
 		 243 aa  90.5  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2738  GntR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 239 aa  89.4  5e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4068  GntR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 250 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.232008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  28.99 
 
 		 243 aa  77.4  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  26.23 
 
 		 243 aa  75.5  0.0000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7288  putative transcriptional regulator, GntR family  32.62 
 
 		 249 aa  75.5  0.0000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.767574 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 244 aa  71.6  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 243 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1044  GntR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 269 aa  70.5  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.523425  normal  0.272848 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0826  histidine utilization repressor  25.88 
 
 		 236 aa  70.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000366249  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0220  regulatory protein GntR, HTH  29.8 
 
 		 240 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288237 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 243 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 243 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 243 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4235  transcriptional regulator  30.94 
 
 		 238 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 243 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 225 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 248 aa  69.7  0.00000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5638  transcriptional regulator, GntR family  30.8 
 
 		 255 aa  69.7  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.797984 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4157  GntR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 256 aa  69.3  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2778  transcriptional regulator, GntR family  28.69 
 
 		 249 aa  68.9  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.021703  normal  0.068173 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0447  regulatory protein GntR, HTH  30.49 
 
 		 240 aa  67.8  0.0000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49630  transcriptional regulator  30.94 
 
 		 238 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0128402  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  26.97 
 
 		 247 aa  68.6  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4012  transcriptional regulator, GntR family  28.77 
 
 		 240 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.696075  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4125  transcriptional regulator, GntR family  28.77 
 
 		 240 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3203  transcriptional regulator, GntR family  25.49 
 
 		 249 aa  66.6  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2998  transcriptional regulator, GntR family  23.94 
 
 		 239 aa  67  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000222084  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2768  GntR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 257 aa  67  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3004  transcriptional regulator, GntR family  25.88 
 
 		 252 aa  66.6  0.0000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000311693  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2941  GntR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 259 aa  65.9  0.0000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.994772  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0634  UbiC transcription regulator-associated  28.99 
 
 		 243 aa  66.2  0.0000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.124125 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 240 aa  66.2  0.0000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1419  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 247 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03225  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.1 
 
 		 243 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03177  hypothetical protein  25.1 
 
 		 243 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0338  transcriptional regulator, GntR family  25.1 
 
 		 243 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3570  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  25.1 
 
 		 243 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7380  putative transcriptional regulator, GntR family  32.38 
 
 		 251 aa  64.7  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.92051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3844  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  25.1 
 
 		 243 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4687  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  25.1 
 
 		 265 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3752  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  25.1 
 
 		 243 aa  64.7  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0157  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  26.69 
 
 		 245 aa  65.1  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0338  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  25.1 
 
 		 243 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.456013 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0267  GntR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 248 aa  64.7  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3559  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  33.12 
 
 		 241 aa  63.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2966  histidine utilization repressor  27.27 
 
 		 260 aa  64.3  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665384  normal  0.740013 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3164  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 248 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.61715  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1051  GntR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 252 aa  63.9  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.742044  normal  0.270689 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4032  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  33.12 
 
 		 241 aa  63.9  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0704  histidine utilization repressor  23.98 
 
 		 234 aa  64.3  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.240109  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02076  hypothetical protein  25.1 
 
 		 235 aa  64.3  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3693  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  33.12 
 
 		 241 aa  63.9  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.189097  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1312  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 243 aa  63.9  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04320  transcriptional regulator GntR family  28.22 
 
 		 240 aa  63.5  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0291  GntR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 249 aa  63.2  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1033  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family protein  26.97 
 
 		 234 aa  63.2  0.000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1876  transcriptional regulator  31.98 
 
 		 238 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03035  transcription regulator protein  28.37 
 
 		 240 aa  62.8  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.838829  normal  0.141117 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4145  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1621  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 239 aa  62.4  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00823964  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7245  GntR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 286 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.375803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6218  transcriptional regulator, GntR family  24.76 
 
 		 246 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000229973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4253  histidine utilization repressor  26.8 
 
 		 235 aa  62  0.000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3401  GntR domain-containing protein  50.79 
 
 		 233 aa  61.2  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.334761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1333  GntR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 238 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.415136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5996  GntR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 274 aa  61.2  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.473556  normal  0.0312743 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3664  GntR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 249 aa  61.6  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.514259  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2096  putative transcriptional regulator, GntR family  30.86 
 
 		 248 aa  61.6  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.399831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3704  GntR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 240 aa  62  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.317205 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0101  histidine utilization repressor  26.32 
 
 		 235 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1472  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 238 aa  61.6  0.00000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000013898  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0913  transcription regulator GntR family  22.54 
 
 		 232 aa  61.6  0.00000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0175976  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4840  GntR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 270 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1764  GntR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 265 aa  61.2  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.140741  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21970  transcriptional regulator  31.53 
 
 		 238 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000109552 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>