More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4186 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_4186  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 251 aa  512  1e-144  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.349516  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4083  GntR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 250 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0617  transcriptional regulator, GntR family  38.31 
 
 		 250 aa  171  9e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0539833 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1484  transcriptional regulator, GntR family  37.14 
 
 		 244 aa  165  5e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.60959  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4965  regulatory protein GntR, HTH  36.9 
 
 		 247 aa  154  1e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0013  GntR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000501062  n/a   
 
 
 
NC_008146  Mmcs_4409  GntR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 245 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4496  GntR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 245 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4790  GntR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 245 aa  145  9e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2066  GntR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 254 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.118637  normal  0.754365 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3677  GntR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 254 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1785  regulatory protein GntR, HTH  32.27 
 
 		 247 aa  139  6e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.711067  normal  0.392955 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1582  GntR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 245 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.269882 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4699  GntR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 270 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1509  GntR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 251 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1440  GntR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.944848 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0836  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 256 aa  125  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00839653 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0756  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 247 aa  123  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.612329  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4599  Fis family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 243 aa  122  8e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.279562  normal  0.65455 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4416  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 258 aa  121  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.489132  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5470  GntR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 242 aa  120  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3625  GntR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 239 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0484961  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1071  GntR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 274 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4147  GntR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 264 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4187  hypothetical protein  67.57 
 
 		 94 aa  102  7e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.270411  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4188  hypothetical protein  59.21 
 
 		 81 aa  99  6e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0569972  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  27.05 
 
 		 243 aa  84.7  0.000000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  27.53 
 
 		 243 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2738  GntR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 239 aa  80.9  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0704  histidine utilization repressor  26.45 
 
 		 234 aa  78.2  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.240109  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4179  regulatory protein GntR HTH  28.12 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2768  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 257 aa  77  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  30.35 
 
 		 241 aa  76.3  0.0000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  27.03 
 
 		 247 aa  76.3  0.0000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 240 aa  74.7  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1359  GntR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 249 aa  74.3  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.516922 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1333  GntR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.415136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1033  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family protein  23.98 
 
 		 234 aa  72.8  0.000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2911  GntR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 242 aa  72.8  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.786212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1730  GntR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 252 aa  72.8  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.782156  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 244 aa  72  0.000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2866  GntR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 251 aa  70.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15830  GntR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 247 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.800651  normal  0.0246518 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0826  histidine utilization repressor  28.11 
 
 		 236 aa  69.7  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000366249  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1876  transcriptional regulator  32.16 
 
 		 238 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2122  transcriptional regulator, GntR family  28.69 
 
 		 244 aa  69.7  0.00000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21970  transcriptional regulator  32.16 
 
 		 238 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000109552 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1554  GntR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 241 aa  69.7  0.00000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00139668  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5518  transcriptional regulator, GntR family  28.11 
 
 		 241 aa  69.3  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0560672  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4543  transcriptional regulator, GntR family  27.98 
 
 		 245 aa  68.9  0.00000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3150  GntR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 251 aa  68.9  0.00000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000981065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3927  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  26.38 
 
 		 242 aa  68.9  0.00000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.341956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1723  transcriptional regulator, GntR family  25.32 
 
 		 246 aa  68.6  0.00000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2171  GntR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 258 aa  68.2  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.233669 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8309  putative transcriptional regulator, GntR family  25.4 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0848138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1361  putative transcriptional regulator  26.91 
 
 		 277 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1804  GntR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 246 aa  67.8  0.0000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.582068 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2288  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  26.46 
 
 		 263 aa  67.4  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.718754  normal  0.252794 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1710  GntR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 245 aa  67.4  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3536  GntR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 252 aa  67.8  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.482817 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2760  GntR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 231 aa  67  0.0000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0304853  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3531  GntR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 252 aa  67.8  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.405596  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 255 aa  67.8  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3604  GntR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 252 aa  67.8  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.890109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2741  transcriptional regulator, GntR family  26.02 
 
 		 242 aa  67  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.0041351  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10808  GntR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 269 aa  67  0.0000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.0000218529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2301  GntR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 242 aa  67  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1419  GntR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 247 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2998  transcriptional regulator, GntR family  24.3 
 
 		 239 aa  66.6  0.0000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000222084  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7288  putative transcriptional regulator, GntR family  28.34 
 
 		 249 aa  66.2  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.767574 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1857  transcriptional regulator, GntR family  26.02 
 
 		 242 aa  66.2  0.0000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.457102  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4068  GntR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 250 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.232008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4030  putative transcriptional regulator, GntR family  26.34 
 
 		 246 aa  65.9  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000148337  normal  0.107748 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4157  GntR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 256 aa  65.9  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 243 aa  65.9  0.0000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0551  GntR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 268 aa  65.9  0.0000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0114  transcriptional regulator  25.81 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.19312e-17 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1606  histidine utilization repressor  25.1 
 
 		 244 aa  65.5  0.0000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.971553  normal  0.693248 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0157  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  25.63 
 
 		 245 aa  65.5  0.0000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2420  transcriptional regulator, GntR family  25.49 
 
 		 243 aa  64.7  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.333552 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2216  GntR domain protein  41.57 
 
 		 225 aa  65.1  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981571  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5259  transcriptional regulator, GntR family  27.35 
 
 		 254 aa  65.1  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3408  GntR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 254 aa  65.1  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2717  GntR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 255 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0836  GntR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 246 aa  65.1  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.840865  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0490  transcriptional regulator protein  25.88 
 
 		 239 aa  64.7  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0753  UbiC transcription regulator-associated domain protein  25 
 
 		 243 aa  65.1  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6236  transcriptional regulator GntR family  27.6 
 
 		 250 aa  64.7  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.83701  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1997  transcription regulator protein  25.2 
 
 		 274 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.38113  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0532  transcriptional regulator protein  25.88 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.603923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0477  transcriptional regulator protein  25.88 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.489197  normal  0.580276 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04320  transcriptional regulator GntR family  26.69 
 
 		 240 aa  63.9  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1007  GntR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 267 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497463  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0469  transcriptional regulator protein  25.88 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2652  regulatory protein GntR, HTH  24.71 
 
 		 256 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5417  transcriptional regulator, GntR family  31.65 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.774443 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0471  2-aminoethylphosphonate transport, repressor  25.88 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.481476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2856  histidine utilization repressor  25.85 
 
 		 255 aa  64.3  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0554  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 248 aa  63.5  0.000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.799552  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2943  GntR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 246 aa  63.5  0.000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>