More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0013 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0013  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 251 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000501062  n/a   
 
 
 
NC_012917  PC1_1484  transcriptional regulator, GntR family  59.09 
 
 		 244 aa  290  2e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.60959  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0756  transcriptional regulator, GntR family  49.58 
 
 		 247 aa  232  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.612329  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4599  Fis family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 243 aa  217  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.279562  normal  0.65455 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1440  GntR family transcriptional regulator  47.74 
 
 		 248 aa  215  5e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.944848 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1582  GntR family transcriptional regulator  43.83 
 
 		 245 aa  208  7e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.269882 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3677  GntR family transcriptional regulator  43.83 
 
 		 254 aa  204  8e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2066  GntR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 254 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.118637  normal  0.754365 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1071  GntR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 274 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4083  GntR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 250 aa  176  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0617  transcriptional regulator, GntR family  40 
 
 		 250 aa  175  6e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0539833 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3625  GntR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 239 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0484961  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4416  GntR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 258 aa  172  6.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.489132  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5470  GntR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 242 aa  169  5e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4147  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 264 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4496  GntR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 245 aa  156  3e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4409  GntR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 245 aa  156  3e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4790  GntR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 245 aa  156  4e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4965  regulatory protein GntR, HTH  36.6 
 
 		 247 aa  154  9e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1785  regulatory protein GntR, HTH  35.32 
 
 		 247 aa  151  1e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.711067  normal  0.392955 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4186  GntR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.349516  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4699  GntR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 270 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0836  GntR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 256 aa  125  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00839653 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1509  GntR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 251 aa  109  5e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1730  GntR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 252 aa  84.7  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.782156  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4179  regulatory protein GntR HTH  30.29 
 
 		 243 aa  85.1  0.000000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  27.92 
 
 		 243 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  30.83 
 
 		 243 aa  83.2  0.000000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4543  transcriptional regulator, GntR family  30.08 
 
 		 245 aa  82.4  0.000000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4060  transcriptional regulator, GntR family  30.8 
 
 		 245 aa  80.5  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.533333 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 244 aa  80.9  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4840  GntR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 270 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4145  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 247 aa  79.3  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 248 aa  79.3  0.00000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 243 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 243 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 243 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 243 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0836  GntR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 246 aa  78.2  0.0000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.840865  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0220  regulatory protein GntR, HTH  29.39 
 
 		 240 aa  77.4  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288237 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0114  transcriptional regulator  27.87 
 
 		 239 aa  77.8  0.0000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.19312e-17 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1710  GntR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 245 aa  77  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 243 aa  76.3  0.0000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4840  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  30.42 
 
 		 267 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.180839 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1823  histidine utilization repressor  30.99 
 
 		 267 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325999  normal  0.489419 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0958  transcriptional regulator, GntR family  30.13 
 
 		 246 aa  75.5  0.0000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0239  transcriptional regulator, GntR family  26.89 
 
 		 242 aa  75.5  0.0000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  27.92 
 
 		 247 aa  75.1  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5106  histidine utilization repressor  29.75 
 
 		 252 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0814369  hitchhiker  0.00493265 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67420  histidine utilization genes repressor protein  31.62 
 
 		 250 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0447  regulatory protein GntR, HTH  28.12 
 
 		 240 aa  73.6  0.000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5838  histidine utilization repressor  31.62 
 
 		 250 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2738  GntR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1419  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 247 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 225 aa  72.8  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1804  GntR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 246 aa  72.4  0.000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.582068 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0740  GntR family transcriptional regulator  23.71 
 
 		 245 aa  72.4  0.000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000268297  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4030  putative transcriptional regulator, GntR family  28.39 
 
 		 246 aa  71.6  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000148337  normal  0.107748 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5389  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 260 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5870  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 260 aa  71.6  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1165  histidine utilization repressor  28.45 
 
 		 236 aa  70.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0283  GntR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 233 aa  70.9  0.00000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.696412  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2444  GntR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 241 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000401833  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2768  GntR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 257 aa  70.5  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05542  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  28.34 
 
 		 273 aa  70.5  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0364359  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3960  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 278 aa  70.1  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.130566  normal  0.0173208 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3846  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 278 aa  70.1  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00362277  normal  0.959313 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4253  histidine utilization repressor  28.39 
 
 		 235 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0078  histidine utilization repressor  28.39 
 
 		 235 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0404  transcriptional regulator, GntR family  28.69 
 
 		 249 aa  70.1  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0101  histidine utilization repressor  28.39 
 
 		 235 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1606  histidine utilization repressor  27.78 
 
 		 244 aa  69.3  0.00000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.971553  normal  0.693248 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0157  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  27.64 
 
 		 245 aa  69.3  0.00000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1020  histidine utilization repressor  27.16 
 
 		 244 aa  68.9  0.00000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2717  GntR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 255 aa  68.9  0.00000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2856  histidine utilization repressor  29.74 
 
 		 255 aa  68.9  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7288  putative transcriptional regulator, GntR family  31.34 
 
 		 249 aa  68.9  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.767574 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0791  transcriptional regulator, GntR family  27.84 
 
 		 261 aa  68.6  0.00000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2911  GntR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 242 aa  68.2  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.786212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5085  histidine utilization repressor  29.49 
 
 		 248 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0429  histidine utilization repressor  28.76 
 
 		 248 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.245315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5560  putative transcriptional regulator, GntR family  29.41 
 
 		 247 aa  67  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0096  histidine utilization repressor  28.81 
 
 		 235 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5417  transcriptional regulator, GntR family  31.4 
 
 		 271 aa  67.4  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.774443 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1063  transcriptional regulator, GntR family  27.53 
 
 		 242 aa  67.4  0.0000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.188898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1472  GntR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 238 aa  67.4  0.0000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000013898  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3229  histidine utilization repressor  26.47 
 
 		 245 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.259882 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4909  GntR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 248 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.429713 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000412  transcriptional regulator of succinyl CoA synthetase operon  24.58 
 
 		 235 aa  67.8  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2067  transcriptional regulator, GntR family  25.51 
 
 		 243 aa  67.4  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0721  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  27.43 
 
 		 237 aa  67  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.274282  normal  0.4322 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04320  transcriptional regulator GntR family  27.39 
 
 		 240 aa  67  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0075  histidine utilization repressor  26.47 
 
 		 245 aa  67  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.510846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1287  GntR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 242 aa  67  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2475  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  27.84 
 
 		 255 aa  67  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.505105  normal  0.226466 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1903  GntR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 239 aa  66.2  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.629939  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7245  GntR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 286 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.375803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0099  histidine utilization repressor  28.57 
 
 		 235 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0098  histidine utilization repressor  28.16 
 
 		 235 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 256 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>