More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1071 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1071  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
274 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0756  transcriptional regulator, GntR family  45.45 
 
 
247 aa  181  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.612329  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0013  GntR family transcriptional regulator  38.75 
 
 
251 aa  176  3e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000501062  n/a   
 
 
 
NC_010002  Daci_1440  GntR family transcriptional regulator  41.46 
 
 
248 aa  175  6e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.944848 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5470  GntR family transcriptional regulator  38.49 
 
 
242 aa  170  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3625  GntR family transcriptional regulator  40.17 
 
 
239 aa  170  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0484961  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1484  transcriptional regulator, GntR family  38.66 
 
 
244 aa  167  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.60959  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4599  Fis family transcriptional regulator  39.33 
 
 
243 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.279562  normal  0.65455 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1582  GntR family transcriptional regulator  36.99 
 
 
245 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.269882 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3677  GntR family transcriptional regulator  37.4 
 
 
254 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2066  GntR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
254 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.118637  normal  0.754365 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0617  transcriptional regulator, GntR family  36.89 
 
 
250 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0539833 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4083  GntR family transcriptional regulator  36.89 
 
 
250 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4147  GntR family transcriptional regulator  34.96 
 
 
264 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4416  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
258 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.489132  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1509  GntR family transcriptional regulator  30.25 
 
 
251 aa  125  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4790  GntR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
245 aa  124  2e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4409  GntR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
245 aa  124  2e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4496  GntR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
245 aa  124  2e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4965  regulatory protein GntR, HTH  33.2 
 
 
247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0836  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 
256 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00839653 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4186  GntR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
251 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.349516  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1785  regulatory protein GntR, HTH  32.22 
 
 
247 aa  113  3e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.711067  normal  0.392955 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4699  GntR family transcriptional regulator  30.47 
 
 
270 aa  99.4  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4840  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 
270 aa  79.3  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0551  GntR family transcriptional regulator  28.63 
 
 
268 aa  78.6  0.0000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2215  transcriptional regulator, GntR family  25.73 
 
 
270 aa  77  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.587929  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  30.08 
 
 
243 aa  75.1  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2738  GntR family transcriptional regulator  27.07 
 
 
239 aa  72  0.00000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  26.69 
 
 
247 aa  70.1  0.00000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2760  GntR family transcriptional regulator  25.41 
 
 
231 aa  69.7  0.00000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0304853  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2778  transcriptional regulator, GntR family  29.11 
 
 
249 aa  68.9  0.00000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.021703  normal  0.068173 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4179  regulatory protein GntR HTH  26.64 
 
 
243 aa  68.6  0.0000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1903  GntR family transcriptional regulator  22 
 
 
239 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.629939  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1638  GntR family transcriptional regulator  22 
 
 
239 aa  66.6  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1886  GntR family transcriptional regulator  26.86 
 
 
256 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.255199  normal  0.682445 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  26.86 
 
 
256 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1971  GntR family transcriptional regulator  27.24 
 
 
256 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6106  GntR family transcriptional regulator  27.24 
 
 
256 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.744386  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  27.24 
 
 
256 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5417  transcriptional regulator, GntR family  30.43 
 
 
271 aa  65.1  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.774443 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3164  GntR family transcriptional regulator  26.56 
 
 
248 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.61715  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4094  transcriptional regulator, GntR family  28.28 
 
 
261 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4206  transcriptional regulator, GntR family  28.28 
 
 
261 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0157  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  27.63 
 
 
245 aa  63.5  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1903  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  27.92 
 
 
266 aa  63.5  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.380423 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3824  GntR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
242 aa  63.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321657  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4164  transcriptional regulator, GntR family  49.18 
 
 
230 aa  63.2  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000255806  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5704  GntR domain protein  48.33 
 
 
254 aa  62.8  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  27.78 
 
 
243 aa  62.8  0.000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0791  transcriptional regulator, GntR family  26.97 
 
 
261 aa  62.8  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03641  predicted transcriptional regulator  49.18 
 
 
230 aa  62.4  0.000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000792391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4212  GntR domain protein  49.18 
 
 
230 aa  62.4  0.000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000974871  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5191  transcriptional regulator, GntR family  49.18 
 
 
230 aa  62.4  0.000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000012685  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03586  hypothetical protein  49.18 
 
 
230 aa  62.4  0.000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000443765  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3974  GntR family transcriptional regulator  49.18 
 
 
230 aa  62.4  0.000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000445513  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4271  GntR family transcriptional regulator  49.18 
 
 
230 aa  62.4  0.000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000161964  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0081  histidine utilization repressor  28.22 
 
 
234 aa  62.4  0.000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4239  GntR domain-containing protein  49.18 
 
 
230 aa  62.4  0.000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000023918  decreased coverage  0.00261992 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4123  GntR family transcriptional regulator  49.18 
 
 
230 aa  62.4  0.000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000860554  normal  0.0423809 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4060  transcriptional regulator, GntR family  26.27 
 
 
245 aa  62  0.000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.533333 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4088  GntR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
242 aa  62  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.199409  normal  0.0399057 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5286  GntR family transcriptional regulator  27.35 
 
 
256 aa  62  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0794477 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05080  transcriptional regulator  28.45 
 
 
259 aa  61.2  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.764166  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0853  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
282 aa  60.8  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.122159  hitchhiker  0.00270002 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3704  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
240 aa  60.8  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.317205 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4190  transcriptional regulator, GntR family  32.31 
 
 
248 aa  60.8  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0721  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  26.4 
 
 
237 aa  60.5  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.274282  normal  0.4322 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04320  transcriptional regulator GntR family  30 
 
 
240 aa  60.1  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4489  GntR family transcriptional regulator  26.82 
 
 
236 aa  60.5  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.666836  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1596  transcriptional regulator, GntR family  25.99 
 
 
243 aa  60.1  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0922621  normal  0.887864 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08770  transcriptional regulator, GntR family  23.69 
 
 
244 aa  60.1  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000139729  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4068  GntR family transcriptional regulator  24.9 
 
 
250 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.232008  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000412  transcriptional regulator of succinyl CoA synthetase operon  25.32 
 
 
235 aa  60.1  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0204  GntR family transcriptional regulator  26.19 
 
 
249 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.168827  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7722  transcriptional regulator, GntR family  27.03 
 
 
269 aa  59.7  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4115  transcriptional regulator, GntR family  47.54 
 
 
234 aa  59.7  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000173473  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4100  transcriptional regulator, GntR family  47.54 
 
 
234 aa  59.7  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000122034  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4221  GntR family transcriptional regulator  47.54 
 
 
234 aa  59.7  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000881899  normal  0.895287 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4171  GntR family transcriptional regulator  47.54 
 
 
234 aa  59.7  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000336109  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2768  GntR family transcriptional regulator  23.93 
 
 
257 aa  59.7  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4280  GntR family transcriptional regulator  47.54 
 
 
234 aa  59.7  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.003808  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1299  GntR family transcriptional regulator  27.57 
 
 
258 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0114  transcriptional regulator  23.47 
 
 
239 aa  59.7  0.00000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  1.19312e-17 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2707  GntR family transcriptional regulator  24.4 
 
 
259 aa  59.3  0.00000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0952006 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1739  GntR family transcriptional regulator  27.82 
 
 
251 aa  59.3  0.00000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.549482  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0267  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 
248 aa  59.3  0.00000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1033  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family protein  26.14 
 
 
234 aa  59.3  0.00000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1730  GntR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
252 aa  59.3  0.00000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.782156  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5035  histidine utilization repressor  26.61 
 
 
248 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1997  transcription regulator protein  22.67 
 
 
274 aa  58.9  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.38113  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3412  transcriptional regulator, GntR family  30.63 
 
 
245 aa  58.9  0.00000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000144012  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0753  UbiC transcription regulator-associated domain protein  24.23 
 
 
243 aa  58.9  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119752  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4030  putative transcriptional regulator, GntR family  29.3 
 
 
246 aa  58.9  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000148337  normal  0.107748 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3826  GntR family transcriptional regulator  24.7 
 
 
271 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.339728 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2941  GntR family transcriptional regulator  25.98 
 
 
259 aa  58.9  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.994772  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4206  GntR domain-containing protein  45.9 
 
 
229 aa  58.5  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000481189  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1723  transcriptional regulator, GntR family  29.79 
 
 
246 aa  58.5  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5014  GntR family transcriptional regulator  26.83 
 
 
249 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.153895  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0011  GntR family transcriptional regulator  45.9 
 
 
229 aa  58.5  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000019573  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>