More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1509 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1509  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 251 aa  518  1e-146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0617  transcriptional regulator, GntR family  31.06 
 
 		 250 aa  139  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0539833 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4083  GntR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 250 aa  138  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4186  GntR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 251 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.349516  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1440  GntR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.944848 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4965  regulatory protein GntR, HTH  33.48 
 
 		 247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1785  regulatory protein GntR, HTH  31.72 
 
 		 247 aa  130  3e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.711067  normal  0.392955 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1484  transcriptional regulator, GntR family  32.64 
 
 		 244 aa  128  8.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.60959  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4790  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 245 aa  125  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4496  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 245 aa  125  6e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4409  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 245 aa  125  6e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1071  GntR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 274 aa  125  9e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4699  GntR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 270 aa  123  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1582  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 245 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.269882 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2066  GntR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 254 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.118637  normal  0.754365 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4416  GntR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 258 aa  112  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.489132  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3677  GntR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 254 aa  111  9e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4147  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4599  Fis family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.279562  normal  0.65455 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0013  GntR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 251 aa  109  5e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000501062  n/a   
 
 
 
NC_008254  Meso_3625  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 239 aa  108  7.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0484961  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5470  GntR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 242 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0836  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 256 aa  106  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00839653 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0756  transcriptional regulator, GntR family  28.14 
 
 		 247 aa  95.9  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.612329  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  27.43 
 
 		 243 aa  91.3  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4068  GntR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 250 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.232008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 255 aa  78.2  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3408  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 254 aa  77.8  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2963  GntR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 241 aa  77.4  0.0000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2646  GntR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 241 aa  77  0.0000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2648  histidine utilization repressor transcription regulator protein  26.32 
 
 		 237 aa  75.5  0.0000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2738  GntR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0913  transcription regulator GntR family  27.43 
 
 		 232 aa  72  0.000000000007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0175976  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1409  transcriptional regulator, GntR family  26.05 
 
 		 252 aa  70.9  0.00000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1903  GntR family transcriptional regulator  21.65 
 
 		 239 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.629939  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1638  GntR family transcriptional regulator  21.65 
 
 		 239 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0148  histidine utilization repressor  24.03 
 
 		 262 aa  70.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.387267 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  22.82 
 
 		 248 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  22.82 
 
 		 243 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  22.82 
 
 		 243 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  22.82 
 
 		 243 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1535  transcriptional regulator  26.53 
 
 		 233 aa  70.1  0.00000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.178039  normal  0.468584 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  22.82 
 
 		 243 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0283  GntR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 233 aa  69.7  0.00000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.696412  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0649  DNA-binding transcriptional repressor MngR  26.92 
 
 		 240 aa  69.3  0.00000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2737  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  41.56 
 
 		 364 aa  69.3  0.00000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0756  DNA-binding transcriptional repressor MngR  26.5 
 
 		 240 aa  69.3  0.00000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1606  histidine utilization repressor  24.17 
 
 		 244 aa  69.7  0.00000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.971553  normal  0.693248 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00689  DNA-binding transcriptional dual regulator, fatty-acyl-binding  26.5 
 
 		 240 aa  68.9  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00678  hypothetical protein  26.5 
 
 		 240 aa  68.9  0.00000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2926  DNA-binding transcriptional repressor MngR  26.5 
 
 		 240 aa  68.9  0.00000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.594583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0777  DNA-binding transcriptional repressor MngR  26.5 
 
 		 240 aa  68.9  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1857  transcriptional regulator, GntR family  25.23 
 
 		 242 aa  67.8  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.457102  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1526  GntR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 235 aa  68.2  0.0000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.059282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2906  transcriptional regulator, GntR family  26.07 
 
 		 240 aa  67  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0169787  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5286  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 256 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0794477 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  22.41 
 
 		 243 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1813  histidine utilization repressor  26.81 
 
 		 234 aa  67  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.167757 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  22.77 
 
 		 225 aa  67  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0020  transcriptional regulator, GntR family  27.23 
 
 		 238 aa  66.6  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4049  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 238 aa  66.6  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.855147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1531  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  30.34 
 
 		 231 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.250236  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2476  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  25.85 
 
 		 237 aa  66.2  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00699876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2757  transcriptional regulator, GntR family  23.46 
 
 		 245 aa  66.2  0.0000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0019  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 238 aa  66.6  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5116  transcriptional regulator, GntR family  27.23 
 
 		 238 aa  66.6  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.391901 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  23.71 
 
 		 243 aa  66.2  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3606  histidine utilization repressor  26.47 
 
 		 231 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 256 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4235  transcriptional regulator, GntR family  27.23 
 
 		 238 aa  66.6  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 256 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  25 
 
 		 260 aa  66.2  0.0000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4157  GntR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 236 aa  66.2  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.497952  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4145  GntR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 247 aa  66.2  0.0000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5462  histidine utilization repressor  26.89 
 
 		 231 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1971  GntR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 256 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4170  histidine utilization repressor  46.15 
 
 		 234 aa  65.9  0.0000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6106  GntR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 256 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.744386  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4192  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 238 aa  65.9  0.0000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1165  histidine utilization repressor  25.97 
 
 		 236 aa  65.5  0.0000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1886  GntR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 256 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.255199  normal  0.682445 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 244 aa  65.5  0.0000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2760  GntR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 231 aa  65.5  0.0000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0304853  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4094  transcriptional regulator, GntR family  27.67 
 
 		 261 aa  65.5  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4198  GntR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 262 aa  65.1  0.0000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3164  GntR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 248 aa  65.1  0.0000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.61715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5005  histidine utilization repressor  32.82 
 
 		 231 aa  65.1  0.0000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2416  GntR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 246 aa  65.1  0.0000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.47741  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1359  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 249 aa  65.1  0.0000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.516922 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3895  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 238 aa  65.5  0.0000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4206  transcriptional regulator, GntR family  27.67 
 
 		 261 aa  65.5  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0267  GntR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 248 aa  64.7  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000763  2-aminoethylphosphonate uptake and metabolism regulator  27.91 
 
 		 233 aa  65.1  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0968  GntR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 232 aa  64.7  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04882  histidine utilization repressor  27.7 
 
 		 234 aa  64.7  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0542  putative repressor protein PhnR  26.67 
 
 		 234 aa  63.9  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.706261  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4489  GntR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 236 aa  63.9  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.666836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2946  histidine utilization repressor  25.53 
 
 		 231 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.696218 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2882  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  25.85 
 
 		 237 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1740  GntR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 232 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.40989  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>