More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4416 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4416  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 258 aa  508  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.489132  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4147  GntR family transcriptional regulator  81.75 
 
 		 264 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1440  GntR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 248 aa  190  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.944848 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0756  transcriptional regulator, GntR family  43.88 
 
 		 247 aa  187  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.612329  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3677  GntR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 254 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2066  GntR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 254 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.118637  normal  0.754365 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1582  GntR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 245 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.269882 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0013  GntR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 251 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000501062  n/a   
 
 
 
NC_012917  PC1_1484  transcriptional regulator, GntR family  36.17 
 
 		 244 aa  166  4e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.60959  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5470  GntR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 242 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4599  Fis family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 243 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.279562  normal  0.65455 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3625  GntR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 239 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0484961  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4496  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 245 aa  132  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4409  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 245 aa  132  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4790  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 245 aa  132  5e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4083  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1071  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 274 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4699  GntR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 270 aa  129  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0617  transcriptional regulator, GntR family  32.23 
 
 		 250 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0539833 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4965  regulatory protein GntR, HTH  34.31 
 
 		 247 aa  123  3e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4186  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 251 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.349516  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1785  regulatory protein GntR, HTH  32.64 
 
 		 247 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.711067  normal  0.392955 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1509  GntR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 251 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0836  GntR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 256 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00839653 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1886  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 256 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.255199  normal  0.682445 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2738  GntR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 239 aa  75.5  0.0000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1299  GntR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 258 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2652  regulatory protein GntR, HTH  32.88 
 
 		 256 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2005  transcriptional regulator, GntR family  30.52 
 
 		 249 aa  75.1  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00857221  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3604  GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 252 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.890109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5286  GntR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 256 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0794477 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3536  GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 252 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.482817 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3531  GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 252 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.405596  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4179  regulatory protein GntR HTH  28.86 
 
 		 243 aa  73.2  0.000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3927  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  33.48 
 
 		 242 aa  72.8  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.341956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 256 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  27.35 
 
 		 243 aa  72  0.000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 256 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6106  GntR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 256 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.744386  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22940  transcriptional regulator, GntR family  26.48 
 
 		 252 aa  68.6  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1971  GntR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 256 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  26.56 
 
 		 247 aa  67.4  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4840  GntR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 270 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3164  GntR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 248 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.61715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7288  putative transcriptional regulator, GntR family  31.06 
 
 		 249 aa  64.7  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.767574 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 243 aa  64.3  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3544  GntR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 256 aa  62.4  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0335375  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  26.75 
 
 		 243 aa  61.6  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0740  GntR family transcriptional regulator  20.85 
 
 		 245 aa  61.6  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000268297  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 248 aa  60.8  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 243 aa  60.8  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 243 aa  60.8  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 243 aa  60.8  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 243 aa  60.8  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3979  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  45.71 
 
 		 366 aa  60.8  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.562885  normal  0.577756 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0204  GntR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 249 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.168827  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  27.31 
 
 		 260 aa  60.5  0.00000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4206  transcriptional regulator, GntR family  27.45 
 
 		 261 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0283  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 240 aa  60.1  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4094  transcriptional regulator, GntR family  27.45 
 
 		 261 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5014  GntR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 249 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.153895  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1778  transcriptional regulator, GntR family  47.06 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00599457  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1903  GntR family transcriptional regulator  20.94 
 
 		 239 aa  58.9  0.00000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.629939  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2215  transcriptional regulator, GntR family  26.64 
 
 		 270 aa  58.5  0.00000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.587929  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0267  GntR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 248 aa  58.5  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3786  transcriptional regulator, GntR family  26.03 
 
 		 255 aa  58.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4235  transcriptional regulator  26.47 
 
 		 238 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3837  transcriptional regulator, GntR family  26.03 
 
 		 255 aa  58.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.10255  normal  0.78635 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2925  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  27.09 
 
 		 254 aa  57.4  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.608421  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  23.04 
 
 		 225 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49630  transcriptional regulator  26.47 
 
 		 238 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0128402  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1638  GntR family transcriptional regulator  20.94 
 
 		 239 aa  57  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1857  transcriptional regulator, GntR family  27.16 
 
 		 242 aa  57  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.457102  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1409  transcriptional regulator, GntR family  29.96 
 
 		 252 aa  56.6  0.0000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2475  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  27.71 
 
 		 255 aa  56.6  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.505105  normal  0.226466 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1196  GntR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 248 aa  56.6  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1359  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 249 aa  56.2  0.0000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.516922 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3203  transcriptional regulator, GntR family  25.1 
 
 		 249 aa  56.2  0.0000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3318  transcriptional regulator, GntR family  22.41 
 
 		 252 aa  56.2  0.0000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000065866  hitchhiker  0.00380995 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34880  GntR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 249 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000127927  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3762  GntR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1044  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 269 aa  55.8  0.0000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.523425  normal  0.272848 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10808  GntR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 269 aa  55.5  0.0000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.0000218529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1333  GntR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 238 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.415136  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0513  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 257 aa  54.7  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1051  GntR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 252 aa  54.7  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.742044  normal  0.270689 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0154  putative transcriptional regulator, GntR family  36.08 
 
 		 245 aa  54.7  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0447  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 257 aa  54.7  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.567966  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21970  transcriptional regulator  25.63 
 
 		 238 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000109552 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4080  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  28.46 
 
 		 255 aa  55.1  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.515439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5849  GntR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 241 aa  54.3  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499759  normal  0.557144 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1294  histidine utilization repressor  28.12 
 
 		 244 aa  54.3  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 255 aa  54.3  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2757  transcriptional regulator, GntR family  24.11 
 
 		 245 aa  54.3  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4392  GntR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 257 aa  54.7  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.599846 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0220  regulatory protein GntR, HTH  26.29 
 
 		 240 aa  53.5  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288237 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3408  GntR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 254 aa  53.5  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1596  transcriptional regulator, GntR family  27.5 
 
 		 243 aa  53.9  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0922621  normal  0.887864 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0722  GntR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 245 aa  53.9  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0342  transcriptional regulator, GntR family  41.1 
 
 		 245 aa  53.5  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>