More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0634 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0634  UbiC transcription regulator-associated  100 
 
 		 243 aa  496  1e-139  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.124125 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0054  transcriptional regulator, GntR family  33.76 
 
 		 242 aa  140  9.999999999999999e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.514646  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2024  transcriptional regulator, GntR family  29.13 
 
 		 290 aa  92.8  4e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.205752  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1446  transcriptional regulator, GntR family  29.13 
 
 		 290 aa  92.8  4e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  32.02 
 
 		 243 aa  92.8  4e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0551  GntR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 268 aa  92.4  6e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0554  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 248 aa  90.1  3e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.799552  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0076  transcriptional regulator, GntR family  29.06 
 
 		 233 aa  89  7e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8309  putative transcriptional regulator, GntR family  29.87 
 
 		 239 aa  88.2  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0848138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2355  putative transcriptional regulator  29.91 
 
 		 239 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5259  transcriptional regulator, GntR family  30.24 
 
 		 254 aa  85.9  5e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27900  putative transcriptional regulator  29.91 
 
 		 239 aa  85.9  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3697  transcriptional regulator, GntR family  29.57 
 
 		 246 aa  86.3  5e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1419  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 247 aa  85.5  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2760  GntR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 231 aa  85.9  6e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0304853  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2122  transcriptional regulator, GntR family  26.86 
 
 		 244 aa  85.1  9e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9090  putative transcriptional regulator, GntR family  31.93 
 
 		 240 aa  84  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3203  transcriptional regulator, GntR family  30.48 
 
 		 249 aa  83.6  0.000000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1063  transcriptional regulator, GntR family  29.87 
 
 		 242 aa  83.2  0.000000000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.188898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6505  transcriptional regulator, GntR family  26.96 
 
 		 278 aa  83.2  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.381857  normal  0.213544 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2911  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 242 aa  83.6  0.000000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.786212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1424  putative transcriptional regulator, GntR family  32.98 
 
 		 246 aa  82.4  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.07575  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4687  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  29.67 
 
 		 265 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4145  GntR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 247 aa  81.3  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2743  transcriptional regulator, GntR family protein  28.31 
 
 		 263 aa  81.3  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03225  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.12 
 
 		 243 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0338  transcriptional regulator, GntR family  29.12 
 
 		 243 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03177  hypothetical protein  29.12 
 
 		 243 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3752  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  29.12 
 
 		 243 aa  80.5  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0338  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  29.12 
 
 		 243 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.456013 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3570  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  29.12 
 
 		 243 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3844  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  29.12 
 
 		 243 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1251  GntR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 245 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.116745  normal  0.0613053 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0781  GntR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 266 aa  80.1  0.00000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22940  transcriptional regulator, GntR family  28.46 
 
 		 252 aa  80.1  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2477  GntR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 244 aa  78.6  0.00000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.698104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5635  transcriptional regulator, GntR family  29.91 
 
 		 248 aa  77.8  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.613764  normal  0.0151666 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0913  transcription regulator GntR family  26.32 
 
 		 232 aa  78.2  0.0000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0175976  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  29.49 
 
 		 243 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7148  transcriptional regulator, GntR family  28.63 
 
 		 247 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.263147 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1471  transcriptional regulator, GntR family  29.33 
 
 		 257 aa  77.4  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.461855  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0953  transcriptional regulator, GntR family  26.22 
 
 		 244 aa  77.4  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5190  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 240 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.702411  normal  0.0588532 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14010  transcriptional regulator  29.83 
 
 		 253 aa  76.6  0.0000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.646916  normal  0.765571 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2998  transcriptional regulator, GntR family  26.17 
 
 		 239 aa  76.6  0.0000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000222084  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  29.33 
 
 		 244 aa  76.3  0.0000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0426  GntR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 232 aa  76.6  0.0000000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5874  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  28.57 
 
 		 245 aa  76.3  0.0000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.166435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2757  transcriptional regulator, GntR family  29.11 
 
 		 245 aa  75.5  0.0000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1299  GntR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 258 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0724  transcriptional regulator, GntR family  30.19 
 
 		 235 aa  74.7  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 244 aa  73.9  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1636  transcriptional regulator, GntR family  30.51 
 
 		 231 aa  73.9  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.496751  normal  0.709152 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4125  transcriptional regulator, GntR family  31.13 
 
 		 240 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3874  GntR family regulatory protein  28.25 
 
 		 239 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4012  transcriptional regulator, GntR family  31.13 
 
 		 240 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.696075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0114  transcriptional regulator  29.91 
 
 		 239 aa  73.9  0.000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.19312e-17 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0972  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 245 aa  73.9  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0745  transcriptional regulator, GntR family  29.72 
 
 		 235 aa  73.6  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2745  GntR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 240 aa  73.6  0.000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2432  GntR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 240 aa  73.6  0.000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1074  transcriptional regulator, GntR family  27.83 
 
 		 242 aa  72.8  0.000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000120399  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  26.89 
 
 		 247 aa  73.2  0.000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1857  transcriptional regulator, GntR family  29.37 
 
 		 242 aa  72.8  0.000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.457102  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5389  GntR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 260 aa  73.2  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4157  GntR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 256 aa  72.4  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0542  putative repressor protein PhnR  24.88 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.706261  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3977  GntR family regulatory protein  28.22 
 
 		 239 aa  72.4  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3796  GntR family regulatory protein  28.22 
 
 		 239 aa  72.4  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0283  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 233 aa  72  0.000000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.696412  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0433  transcriptional regulator, GntR family  28.05 
 
 		 238 aa  72  0.000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0535711  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0968  GntR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 232 aa  71.6  0.00000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1007  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 267 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497463  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 256 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3118  transcriptional regulator, GntR family  33.11 
 
 		 237 aa  71.6  0.00000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.180499  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04882  histidine utilization repressor  25.68 
 
 		 234 aa  71.2  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3916  GntR family regulatory protein  27.19 
 
 		 239 aa  71.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3927  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  29.17 
 
 		 242 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.341956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3808  GntR family regulatory protein  27.72 
 
 		 239 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2799  GntR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 243 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.726282  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8112  transcriptional regulator, GntR family  29.67 
 
 		 252 aa  70.9  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4392  GntR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 257 aa  70.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.599846 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3410  transcriptional regulator, GntR family  33.57 
 
 		 245 aa  69.7  0.00000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000405117  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0490  transcriptional regulator protein  24.17 
 
 		 239 aa  70.1  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1886  GntR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 256 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.255199  normal  0.682445 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0469  transcriptional regulator protein  24.17 
 
 		 239 aa  69.7  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0477  transcriptional regulator protein  24.17 
 
 		 239 aa  69.7  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.489197  normal  0.580276 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0532  transcriptional regulator protein  24.17 
 
 		 239 aa  69.7  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.603923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000763  2-aminoethylphosphonate uptake and metabolism regulator  25.23 
 
 		 233 aa  69.7  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5286  GntR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 256 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0794477 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0471  2-aminoethylphosphonate transport, repressor  25.51 
 
 		 239 aa  69.7  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.481476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2009  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  27.68 
 
 		 246 aa  69.3  0.00000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.378179  normal  0.0458399 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7722  transcriptional regulator, GntR family  25.76 
 
 		 269 aa  69.3  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2284  transcriptional regulator, GntR family  25.56 
 
 		 242 aa  68.9  0.00000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 256 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6106  GntR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 256 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.744386  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1971  GntR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 256 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3697  transcriptional regulator, GntR family  30.8 
 
 		 252 aa  68.9  0.00000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00311768  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5870  GntR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 260 aa  68.9  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>