106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3970 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3970  cyclase family protein  100 
 
 		 248 aa  510  1e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4160  cyclase family protein  95.97 
 
 		 249 aa  492  9.999999999999999e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0715238  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0403  hypothetical protein  52.26 
 
 		 250 aa  252  3e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0413  hypothetical protein  52.26 
 
 		 250 aa  252  3e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.931168  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0033  cyclase, putative  50.85 
 
 		 247 aa  250  2e-65  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0373  hypothetical protein  52.08 
 
 		 243 aa  237  2e-61  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000249402  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0115  metal-dependent hydrolase  46.94 
 
 		 248 aa  219  1.9999999999999999e-56  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1255  cyclase family protein  46.93 
 
 		 244 aa  219  1.9999999999999999e-56  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1082  cyclase family protein  46.28 
 
 		 247 aa  219  3.9999999999999997e-56  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1523  metal-dependent hydrolase  45.12 
 
 		 244 aa  209  4e-53  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.959878  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0677  cyclase superfamily protein  46.35 
 
 		 220 aa  204  1e-51  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.516879  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3556  cyclase family protein  44.02 
 
 		 249 aa  193  2e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01310  predicted metal-dependent hydrolase  43.33 
 
 		 251 aa  186  2e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3295  Extracellular ligand-binding receptor  42.36 
 
 		 249 aa  186  3e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0741916 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2933  cyclase family protein  38.82 
 
 		 268 aa  151  7e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3341  cyclase family protein  34.26 
 
 		 287 aa  150  2e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.528433  normal  0.0821262 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1211  cyclase family protein  35.84 
 
 		 275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4050  cyclase family protein  35.93 
 
 		 275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0384767 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2610  putative cyclase  36.24 
 
 		 261 aa  143  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1555  putative cyclase  34.76 
 
 		 237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.168649 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0647  cyclase family protein  35.12 
 
 		 259 aa  139  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1475  cyclase family protein  34.2 
 
 		 284 aa  138  7.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1384  cyclase family protein  38.21 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3374  cyclase family protein  34.16 
 
 		 319 aa  130  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.640611  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1835  hypothetical protein  32.92 
 
 		 263 aa  129  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.162181  normal  0.188486 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2674  cyclase family protein  34.03 
 
 		 257 aa  128  7.000000000000001e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000430104  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1964  cyclase family protein  32.64 
 
 		 259 aa  127  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5013  cyclase family protein  37.09 
 
 		 256 aa  128  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.309055  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2272  putative cyclase  34.31 
 
 		 260 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5985  cyclase family protein  34.78 
 
 		 308 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.180575  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0077  cyclase family protein  36.84 
 
 		 303 aa  125  6e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0142  putative cyclase  35.32 
 
 		 320 aa  124  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.470871  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0140  cyclase family protein  32.91 
 
 		 264 aa  123  2e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5434  putative cyclase  32.17 
 
 		 259 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5760  cyclase family protein  33.47 
 
 		 310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.29365  normal  0.670301 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1498  cyclase family protein  31.12 
 
 		 270 aa  115  7.999999999999999e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.730756  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4925  cyclase family protein  33.89 
 
 		 259 aa  114  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.346514  normal  0.557491 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2674  cyclase family protein  31.12 
 
 		 270 aa  113  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.962186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2035  cyclase family protein  32.9 
 
 		 273 aa  112  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.968158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4027  cyclase family protein  32.51 
 
 		 268 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1337  putative cyclase  30.17 
 
 		 258 aa  110  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1881  cyclase family protein  31.54 
 
 		 267 aa  110  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.232813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2147  cyclase family protein  34.31 
 
 		 260 aa  109  3e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.267005  normal  0.0828736 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1120  cyclase family protein  36.51 
 
 		 278 aa  108  7.000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.140197  normal  0.104236 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3051  hypothetical protein  29.83 
 
 		 257 aa  107  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.550945 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3256  hypothetical protein  30.29 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.794257 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1749  twin-arginine translocation pathway signal  33.62 
 
 		 272 aa  106  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.651596  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1973  cyclase family protein  31.67 
 
 		 280 aa  106  4e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.720532  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3859  hypothetical protein  33.33 
 
 		 269 aa  104  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.912715 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1937  cyclase family protein  28.15 
 
 		 257 aa  104  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0378  cyclase family protein  29.69 
 
 		 262 aa  99.4  5e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0313  cyclase family protein  35.45 
 
 		 256 aa  99.4  5e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3383  hypothetical protein  32.47 
 
 		 272 aa  99  7e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1664  cyclase, putative  30.15 
 
 		 231 aa  98.6  7e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.547861  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3029  cyclase family protein  32.47 
 
 		 272 aa  99  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.297763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1902  putative cyclase  29.17 
 
 		 280 aa  98.2  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0520  cyclase family protein  29.27 
 
 		 268 aa  95.9  5e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.669822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1294  cyclase family protein  25.85 
 
 		 265 aa  87  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000824208  normal  0.153386 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2561  hypothetical protein  29.25 
 
 		 230 aa  80.1  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2415  hypothetical protein  28.17 
 
 		 231 aa  80.5  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1761  cyclase family protein  26.96 
 
 		 213 aa  79.7  0.00000000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0564  cyclase family protein  27.82 
 
 		 244 aa  78.6  0.00000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0204288 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4071  cyclase family protein  31.62 
 
 		 207 aa  71.2  0.00000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.65145  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1936  hypothetical protein  27.27 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1863  cyclase family protein  25.86 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.171593  normal  0.0594978 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2854  cyclase family protein  25.11 
 
 		 213 aa  58.9  0.00000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1029  cyclase family protein  25.94 
 
 		 277 aa  58.2  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.121896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4339  cyclase family protein  26.75 
 
 		 217 aa  57.8  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0530585  decreased coverage  0.000845413 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0986  hypothetical protein  28.95 
 
 		 219 aa  57  0.0000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.428694  normal  0.859391 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1310  cyclase family protein  26.89 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.308551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0956  cyclase family protein  26.26 
 
 		 223 aa  55.5  0.0000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.161877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1500  cyclase family protein  27.57 
 
 		 238 aa  55.5  0.0000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.256572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0103  cyclase family protein  27.07 
 
 		 211 aa  53.1  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5193  cyclase family protein  26.45 
 
 		 295 aa  53.1  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.98741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1971  cyclase family protein  26.32 
 
 		 294 aa  52  0.000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.674736 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1077  cyclase family protein  26.96 
 
 		 210 aa  51.6  0.00001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.323976  normal  0.0992095 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1663  cyclase family protein  23.11 
 
 		 220 aa  50.8  0.00002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.673184  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1870  putative cyclase  26.18 
 
 		 217 aa  50.1  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0124068  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2646  putative cyclase  28.51 
 
 		 270 aa  50.1  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0973  cyclase family protein  29.93 
 
 		 208 aa  50.4  0.00003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.0579739 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0374  putative cyclase  24.69 
 
 		 228 aa  49.7  0.00004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2444  cyclase family protein  28.32 
 
 		 214 aa  49.7  0.00005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2609  cyclase family protein  23.11 
 
 		 222 aa  48.9  0.00008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2042  cyclase family protein  26.52 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0111986 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11731  hypothetical protein  25.9 
 
 		 276 aa  48.5  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000634695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1722  hypothetical protein  24.15 
 
 		 201 aa  47.4  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.990715  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4034  putative cyclase  26.23 
 
 		 377 aa  47.4  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.368561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0130  cyclase family protein  25.88 
 
 		 216 aa  47.8  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1005  cyclase family protein  26.67 
 
 		 214 aa  47  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.319318  normal  0.15577 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1205  cyclase family protein  26.96 
 
 		 210 aa  47  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2262  cyclase family protein  24.14 
 
 		 236 aa  45.4  0.001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5058  cyclase family protein  24.1 
 
 		 290 aa  44.7  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.281204  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5006  cyclase family protein  24.11 
 
 		 264 aa  45.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0383  cyclase family protein  31.94 
 
 		 205 aa  44.7  0.002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.777945  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0591  cyclase family protein  28.19 
 
 		 308 aa  44.3  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2218  cyclase family protein  26.45 
 
 		 219 aa  43.9  0.002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2580  putative cyclase  26.42 
 
 		 219 aa  44.3  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.450576 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1543  cyclase family protein  25.86 
 
 		 255 aa  44.3  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.874935  normal  0.46134 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2083  hypothetical protein  25.43 
 
 		 217 aa  43.5  0.003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2003  cyclase family protein  25 
 
 		 222 aa  43.1  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.134376  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>