88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0142 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0142  putative cyclase  100 
 
 		 320 aa  639    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.470871  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5985  cyclase family protein  78.52 
 
 		 308 aa  456  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.180575  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5760  cyclase family protein  76.06 
 
 		 310 aa  429  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.29365  normal  0.670301 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0077  cyclase family protein  60 
 
 		 303 aa  353  2.9999999999999997e-96  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1384  cyclase family protein  57.51 
 
 		 306 aa  336  2.9999999999999997e-91  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3341  cyclase family protein  39.92 
 
 		 287 aa  174  1.9999999999999998e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.528433  normal  0.0821262 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3295  Extracellular ligand-binding receptor  39.46 
 
 		 249 aa  169  8e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0741916 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0115  metal-dependent hydrolase  38.43 
 
 		 248 aa  155  1e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1082  cyclase family protein  38.15 
 
 		 247 aa  144  2e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0033  cyclase, putative  34.75 
 
 		 247 aa  140  3e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1523  metal-dependent hydrolase  34.12 
 
 		 244 aa  138  1e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.959878  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0413  hypothetical protein  35.25 
 
 		 250 aa  138  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.931168  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0403  hypothetical protein  35.25 
 
 		 250 aa  138  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0373  hypothetical protein  36.43 
 
 		 243 aa  135  9.999999999999999e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000249402  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01310  predicted metal-dependent hydrolase  33.2 
 
 		 251 aa  128  1.0000000000000001e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3556  cyclase family protein  34.11 
 
 		 249 aa  127  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3970  cyclase family protein  35.32 
 
 		 248 aa  124  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1255  cyclase family protein  38.38 
 
 		 244 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4160  cyclase family protein  34.52 
 
 		 249 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0715238  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2610  putative cyclase  31.08 
 
 		 261 aa  114  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4050  cyclase family protein  31.47 
 
 		 275 aa  101  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0384767 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1973  cyclase family protein  28 
 
 		 280 aa  101  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.720532  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0140  cyclase family protein  32.49 
 
 		 264 aa  100  3e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1211  cyclase family protein  31.93 
 
 		 275 aa  98.2  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2933  cyclase family protein  30.61 
 
 		 268 aa  97.1  3e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0677  cyclase superfamily protein  29.51 
 
 		 220 aa  92.8  7e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.516879  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3256  hypothetical protein  30.12 
 
 		 260 aa  92.4  9e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.794257 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3374  cyclase family protein  30.24 
 
 		 319 aa  91.7  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.640611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1555  putative cyclase  29.41 
 
 		 237 aa  90.5  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.168649 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1902  putative cyclase  24.65 
 
 		 280 aa  90.5  4e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4925  cyclase family protein  32.52 
 
 		 259 aa  90.1  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.346514  normal  0.557491 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2035  cyclase family protein  32.84 
 
 		 273 aa  87.4  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.968158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4027  cyclase family protein  30.43 
 
 		 268 aa  87.4  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2674  cyclase family protein  28.69 
 
 		 270 aa  87  4e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.962186  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1835  hypothetical protein  32.81 
 
 		 263 aa  86.3  7e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.162181  normal  0.188486 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5434  putative cyclase  29.88 
 
 		 259 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1749  twin-arginine translocation pathway signal  30.17 
 
 		 272 aa  84.7  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.651596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3029  cyclase family protein  29.85 
 
 		 272 aa  82.4  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.297763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3383  hypothetical protein  29.85 
 
 		 272 aa  82.4  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2674  cyclase family protein  30.04 
 
 		 257 aa  81.3  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000430104  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1337  putative cyclase  29.02 
 
 		 258 aa  79.3  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1498  cyclase family protein  27.34 
 
 		 270 aa  79  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.730756  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0520  cyclase family protein  27.89 
 
 		 268 aa  77.4  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.669822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1475  cyclase family protein  27.92 
 
 		 284 aa  77  0.0000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1294  cyclase family protein  25 
 
 		 265 aa  75.1  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000824208  normal  0.153386 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2147  cyclase family protein  33.86 
 
 		 260 aa  75.1  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.267005  normal  0.0828736 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1664  cyclase, putative  28.65 
 
 		 231 aa  74.3  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.547861  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1937  cyclase family protein  26.59 
 
 		 257 aa  74.3  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2272  putative cyclase  26.4 
 
 		 260 aa  74.7  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1881  cyclase family protein  28 
 
 		 267 aa  73.9  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.232813  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0647  cyclase family protein  29.17 
 
 		 259 aa  73.6  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3859  hypothetical protein  28.36 
 
 		 269 aa  73.6  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.912715 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1120  cyclase family protein  28.42 
 
 		 278 aa  71.2  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.140197  normal  0.104236 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1964  cyclase family protein  29.17 
 
 		 259 aa  71.6  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0378  cyclase family protein  28.19 
 
 		 262 aa  70.9  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0313  cyclase family protein  30.53 
 
 		 256 aa  69.3  0.00000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5013  cyclase family protein  27.84 
 
 		 256 aa  69.3  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.309055  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2415  hypothetical protein  28.82 
 
 		 231 aa  65.1  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2561  hypothetical protein  28.82 
 
 		 230 aa  62.4  0.00000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3051  hypothetical protein  25.67 
 
 		 257 aa  62.4  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.550945 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2646  putative cyclase  24.88 
 
 		 270 aa  57.4  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0456  putative cyclase  26.58 
 
 		 210 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1863  cyclase family protein  23.39 
 
 		 212 aa  55.1  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.171593  normal  0.0594978 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0461  hypothetical protein  26.58 
 
 		 210 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0564  cyclase family protein  27.31 
 
 		 244 aa  53.9  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0204288 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0341  cyclase family protein  25.74 
 
 		 210 aa  53.1  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4339  cyclase family protein  30.61 
 
 		 217 aa  53.1  0.000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0530585  decreased coverage  0.000845413 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4910  putative cyclase  25.74 
 
 		 210 aa  53.1  0.000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0408  putative cyclase  26.16 
 
 		 210 aa  53.1  0.000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0329  cyclase  26.16 
 
 		 210 aa  51.2  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0332  cyclase  26.16 
 
 		 210 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0361  hypothetical protein  26.16 
 
 		 210 aa  50.8  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0346  hypothetical protein  26.16 
 
 		 210 aa  50.8  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0395  putative cyclase  26.16 
 
 		 210 aa  50.4  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1310  cyclase family protein  22.82 
 
 		 216 aa  48.9  0.0001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.308551  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1793  putative cyclase  24.52 
 
 		 267 aa  48.1  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.675258  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1761  cyclase family protein  25.73 
 
 		 213 aa  48.5  0.0002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3149  cyclase family protein  26.29 
 
 		 259 aa  47  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.568603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0956  cyclase family protein  28.73 
 
 		 223 aa  44.7  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.161877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2775  cyclase  26.09 
 
 		 329 aa  44.3  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00443869 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5611  putative cyclase  25.12 
 
 		 268 aa  43.9  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2320  putative cyclase  24.14 
 
 		 291 aa  43.5  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000000962152  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5975  cyclase family protein  25.12 
 
 		 268 aa  43.9  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00514235  decreased coverage  0.000132794 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2407  putative cyclase  27.87 
 
 		 267 aa  43.5  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0264873  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7460  putative cyclase  25.96 
 
 		 275 aa  43.1  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.625222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5044  cyclase family protein  23.7 
 
 		 219 aa  43.1  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.250627  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2761  cyclase family protein  25.97 
 
 		 216 aa  43.1  0.007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0103  cyclase family protein  24.2 
 
 		 211 aa  42.7  0.007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>