164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1835 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1835  hypothetical protein  100 
 
 		 263 aa  541  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.162181  normal  0.188486 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1964  cyclase family protein  75.39 
 
 		 259 aa  413  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0647  cyclase family protein  73.73 
 
 		 259 aa  405  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5434  putative cyclase  74.41 
 
 		 259 aa  395  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1498  cyclase family protein  62.55 
 
 		 270 aa  340  1e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.730756  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2674  cyclase family protein  60.75 
 
 		 270 aa  330  1e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.962186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1881  cyclase family protein  61.07 
 
 		 267 aa  324  7e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.232813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1337  putative cyclase  57.48 
 
 		 258 aa  310  1e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3256  hypothetical protein  57.54 
 
 		 260 aa  308  5.9999999999999995e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.794257 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4027  cyclase family protein  56.38 
 
 		 268 aa  278  5e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1937  cyclase family protein  52.14 
 
 		 257 aa  270  2e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2674  cyclase family protein  50.97 
 
 		 257 aa  270  2e-71  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000430104  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3051  hypothetical protein  50.19 
 
 		 257 aa  266  4e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.550945 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4925  cyclase family protein  50 
 
 		 259 aa  250  2e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.346514  normal  0.557491 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0313  cyclase family protein  48.41 
 
 		 256 aa  241  7e-63  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0378  cyclase family protein  45.91 
 
 		 262 aa  235  5.0000000000000005e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2272  putative cyclase  46.43 
 
 		 260 aa  230  2e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2147  cyclase family protein  50.2 
 
 		 260 aa  229  4e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.267005  normal  0.0828736 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1211  cyclase family protein  38.74 
 
 		 275 aa  160  2e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4050  cyclase family protein  38.74 
 
 		 275 aa  160  3e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0384767 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2933  cyclase family protein  39.84 
 
 		 268 aa  148  7e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1475  cyclase family protein  36.63 
 
 		 284 aa  139  3e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1973  cyclase family protein  35.09 
 
 		 280 aa  137  1e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.720532  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2610  putative cyclase  35.12 
 
 		 261 aa  137  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0033  cyclase, putative  34.31 
 
 		 247 aa  135  9e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3383  hypothetical protein  36.08 
 
 		 272 aa  133  3e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3029  cyclase family protein  36.08 
 
 		 272 aa  133  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.297763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0140  cyclase family protein  38.4 
 
 		 264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3556  cyclase family protein  35.98 
 
 		 249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3970  cyclase family protein  32.92 
 
 		 248 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1749  twin-arginine translocation pathway signal  36.36 
 
 		 272 aa  129  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.651596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1555  putative cyclase  34.3 
 
 		 237 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.168649 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0403  hypothetical protein  33.89 
 
 		 250 aa  128  1.0000000000000001e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0413  hypothetical protein  33.89 
 
 		 250 aa  128  1.0000000000000001e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.931168  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3374  cyclase family protein  35.18 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.640611  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4160  cyclase family protein  32.5 
 
 		 249 aa  126  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0715238  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0373  hypothetical protein  33.74 
 
 		 243 aa  122  5e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000249402  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1255  cyclase family protein  32.5 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1902  putative cyclase  32.6 
 
 		 280 aa  117  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2035  cyclase family protein  35.2 
 
 		 273 aa  116  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.968158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0115  metal-dependent hydrolase  31.18 
 
 		 248 aa  116  3.9999999999999997e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0520  cyclase family protein  30.27 
 
 		 268 aa  116  3.9999999999999997e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.669822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3859  hypothetical protein  34.12 
 
 		 269 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.912715 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1082  cyclase family protein  32.64 
 
 		 247 aa  114  2.0000000000000002e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3295  Extracellular ligand-binding receptor  33.47 
 
 		 249 aa  112  7.000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0741916 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1294  cyclase family protein  32.51 
 
 		 265 aa  112  9e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000824208  normal  0.153386 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01310  predicted metal-dependent hydrolase  36.51 
 
 		 251 aa  110  3e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5013  cyclase family protein  36.89 
 
 		 256 aa  107  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.309055  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1523  metal-dependent hydrolase  35.03 
 
 		 244 aa  107  2e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.959878  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1120  cyclase family protein  34.14 
 
 		 278 aa  103  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.140197  normal  0.104236 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1664  cyclase, putative  30.43 
 
 		 231 aa  101  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.547861  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0677  cyclase superfamily protein  28.16 
 
 		 220 aa  101  1e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.516879  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2415  hypothetical protein  29.92 
 
 		 231 aa  94  2e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1384  cyclase family protein  31.71 
 
 		 306 aa  91.7  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3341  cyclase family protein  26.14 
 
 		 287 aa  89.4  5e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.528433  normal  0.0821262 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0077  cyclase family protein  31.5 
 
 		 303 aa  88.2  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2561  hypothetical protein  28.93 
 
 		 230 aa  87.8  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1029  cyclase family protein  31.94 
 
 		 277 aa  87  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.121896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0142  putative cyclase  32.81 
 
 		 320 aa  86.7  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.470871  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5985  cyclase family protein  33.33 
 
 		 308 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.180575  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5760  cyclase family protein  33.85 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.29365  normal  0.670301 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0341  cyclase family protein  28.11 
 
 		 210 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0956  cyclase family protein  30.21 
 
 		 223 aa  82.8  0.000000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.161877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0564  cyclase family protein  32.2 
 
 		 244 aa  82  0.000000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0204288 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1936  hypothetical protein  29.63 
 
 		 215 aa  81.3  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0346  hypothetical protein  27.24 
 
 		 210 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0361  hypothetical protein  27.24 
 
 		 210 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0329  cyclase  26.83 
 
 		 210 aa  79.3  0.00000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0332  cyclase  26.83 
 
 		 210 aa  79.3  0.00000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4910  putative cyclase  26.83 
 
 		 210 aa  79.3  0.00000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0395  putative cyclase  27.24 
 
 		 210 aa  79.3  0.00000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0408  putative cyclase  27.64 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0456  putative cyclase  26.83 
 
 		 210 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0461  hypothetical protein  26.72 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4339  cyclase family protein  28.69 
 
 		 217 aa  74.3  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0530585  decreased coverage  0.000845413 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1761  cyclase family protein  24.79 
 
 		 213 aa  74.7  0.000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2854  cyclase family protein  30.77 
 
 		 213 aa  73.6  0.000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0367  putative cyclase  30.51 
 
 		 269 aa  72.8  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.43914  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2042  cyclase family protein  28.87 
 
 		 210 aa  68.9  0.00000000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0111986 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1863  cyclase family protein  27.84 
 
 		 212 aa  67.4  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.171593  normal  0.0594978 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1663  cyclase family protein  27.82 
 
 		 220 aa  67.8  0.0000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.673184  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1077  cyclase family protein  27.46 
 
 		 210 aa  67  0.0000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.323976  normal  0.0992095 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0973  cyclase family protein  30.54 
 
 		 208 aa  66.2  0.0000000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.0579739 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2003  cyclase family protein  25.4 
 
 		 222 aa  65.9  0.0000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.134376  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2761  cyclase family protein  27.16 
 
 		 216 aa  65.5  0.0000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3555  cyclase family protein  25.88 
 
 		 226 aa  65.1  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3621  cyclase family protein  26.48 
 
 		 226 aa  64.7  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1310  cyclase family protein  26.64 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.308551  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1367  cyclase family protein  30.73 
 
 		 213 aa  63.2  0.000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0951074 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16260  cyclase family protein  25.13 
 
 		 192 aa  62.4  0.000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0275  hypothetical protein  24.61 
 
 		 238 aa  61.6  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.228886 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0623  cyclase family protein  28.81 
 
 		 220 aa  61.6  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0347  cyclase family protein  25.81 
 
 		 205 aa  62  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2278  cyclase family protein  25.13 
 
 		 205 aa  60.5  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000843972  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2218  cyclase family protein  27.84 
 
 		 219 aa  61.2  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3915  cyclase family protein  30.65 
 
 		 249 aa  60.5  0.00000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.229122  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0130  cyclase family protein  29.22 
 
 		 216 aa  60.1  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2550  cyclase family protein  26.84 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.22324  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2646  putative cyclase  27.64 
 
 		 270 aa  58.2  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1641  cyclase family protein  25 
 
 		 254 aa  58.2  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>