More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3086 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3086  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 317 aa  645    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0131175  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0072  transcriptional regulator, AraC family  48.58 
 
 		 315 aa  290  3e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.582796 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0117  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 342 aa  115  8.999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3558  transcriptional regulator, AraC family  28.09 
 
 		 377 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0679  transcriptional regulator, AraC family  29.83 
 
 		 333 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00764856  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3744  transcriptional regulator, AraC family  27.42 
 
 		 377 aa  108  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1692  AraC family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2540  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 351 aa  100  5e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1747  transcriptional regulator, AraC family  29.66 
 
 		 337 aa  99  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1946  AraC family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 337 aa  99  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.73017  normal  0.353562 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0997  AraC/XylS family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 358 aa  92.4  8e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000441723  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1776  helix-turn-helix domain-containing protein  25.75 
 
 		 329 aa  91.7  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.23577 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000327  transcriptional regulator AraC family  25 
 
 		 322 aa  79.7  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000791228  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3031  AraC family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 339 aa  75.1  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000013989  hitchhiker  0.000160975 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  36.14 
 
 		 330 aa  70.1  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2225  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 337 aa  70.1  0.00000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120601  normal  0.705003 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1192  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 259 aa  69.7  0.00000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.933136  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2365  transcriptional regulator, AraC family  26.6 
 
 		 317 aa  68.9  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.417221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1094  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 259 aa  68.9  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1197  transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 		 335 aa  68.2  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00505676  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  36.17 
 
 		 338 aa  65.9  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  36.17 
 
 		 310 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0851  helix-turn-helix domain-containing protein  41.67 
 
 		 285 aa  63.5  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.79639  normal  0.0269486 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0457  transcriptional regulator, AraC family  24.41 
 
 		 331 aa  63.2  0.000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.761894  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  32.65 
 
 		 292 aa  62.8  0.000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1481  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 312 aa  62.8  0.000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.395688 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4154  AraC family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 308 aa  62.4  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  41.56 
 
 		 305 aa  62.4  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 		 314 aa  61.2  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 329 aa  61.2  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  40.24 
 
 		 302 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 332 aa  61.6  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1022  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 145 aa  60.8  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532062  normal  0.274495 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  33.12 
 
 		 333 aa  60.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1106  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 388 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.189934 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3428  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 265 aa  60.5  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2642  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 198 aa  60.5  0.00000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000194016 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 384 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0862  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185798  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  34.83 
 
 		 329 aa  60.1  0.00000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0457  AraC family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 334 aa  59.7  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000383728 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1123  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 361 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.408169  normal  0.947213 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0394  AraC family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 334 aa  59.7  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000164357 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  35.71 
 
 		 308 aa  59.7  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  38.75 
 
 		 312 aa  59.7  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2914  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  31.37 
 
 		 198 aa  59.3  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.431589  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  30.95 
 
 		 513 aa  59.3  0.00000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3221  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 198 aa  59.3  0.00000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 319 aa  59.3  0.00000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0895  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 315 aa  58.9  0.0000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2338  AraC family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 310 aa  58.9  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.438045  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 328 aa  58.9  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  32.1 
 
 		 261 aa  58.2  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0415  AraC-family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 334 aa  58.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023741 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  37.97 
 
 		 368 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2099  yersiniabactin transcriptional regulator YbtA  26.85 
 
 		 319 aa  57.8  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 263 aa  57.8  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1007  AraC family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 287 aa  57.8  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0114104 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0492  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 324 aa  58.2  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0674  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 321 aa  58.2  0.0000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 326 aa  58.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.94 
 
 		 315 aa  57.4  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0397  AraC-family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 334 aa  57.4  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 350 aa  57.8  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0403  AraC family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 334 aa  57.4  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000043058 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  27.97 
 
 		 329 aa  57.4  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2358  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 234 aa  57.4  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.738853  normal  0.890173 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.32 
 
 		 325 aa  57.4  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 398 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 333 aa  56.6  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  26.4 
 
 		 282 aa  56.2  0.0000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0360  transcriptional regulator, AraC family  31.15 
 
 		 131 aa  56.6  0.0000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 399 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0021  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 334 aa  56.2  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0423  AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 331 aa  55.8  0.0000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1794  putative regulatory protein  28.57 
 
 		 283 aa  55.8  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.227844  normal  0.117823 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1661  putative regulatory protein  28.57 
 
 		 283 aa  55.8  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0701683 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3125  transcriptional regulator, AraC family  32.22 
 
 		 323 aa  55.8  0.0000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000947593  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1480  putative regulatory protein  28.57 
 
 		 283 aa  55.8  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3532  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 320 aa  55.8  0.0000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113977 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 270 aa  55.8  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1796  putative regulatory protein  28.57 
 
 		 283 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.131481  normal  0.259376 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0589  AraC family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 335 aa  55.1  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.564804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  36.59 
 
 		 296 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 311 aa  55.8  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  32.94 
 
 		 269 aa  55.5  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 292 aa  55.1  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3074  transcriptional regulator, AraC family  32.29 
 
 		 313 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.618991  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1482  transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 		 345 aa  54.7  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2987  transcriptional regulator fragment  31.87 
 
 		 111 aa  54.7  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.1494  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  25.74 
 
 		 1374 aa  54.7  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  25.95 
 
 		 773 aa  55.1  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2378  AraC family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 322 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00163707 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 334 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3322  AraC family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 337 aa  54.3  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6310  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 341 aa  54.3  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.933821 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  26.57 
 
 		 335 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 		 322 aa  54.3  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  36.59 
 
 		 295 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>