More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Csal_2540 on replicon NC_007963
Organism: Chromohalobacter salexigens DSM 3043



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007963  Csal_2540  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 351 aa  696    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3558  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 377 aa  150  4e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0679  transcriptional regulator, AraC family  32.84 
 
 		 333 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00764856  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3744  transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 		 377 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0117  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 342 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1692  AraC family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 323 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3086  transcriptional regulator, AraC family  30.72 
 
 		 317 aa  113  5e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0131175  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1946  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.73017  normal  0.353562 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1747  transcriptional regulator, AraC family  30.93 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0072  transcriptional regulator, AraC family  30.17 
 
 		 315 aa  99.8  6e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.582796 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3031  AraC family transcriptional regulator  22.9 
 
 		 339 aa  84.3  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000013989  hitchhiker  0.000160975 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0997  AraC/XylS family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 358 aa  84.3  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000441723  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000327  transcriptional regulator AraC family  26.56 
 
 		 322 aa  81.6  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000791228  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1776  helix-turn-helix domain-containing protein  28.98 
 
 		 329 aa  77.8  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.23577 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  29.58 
 
 		 305 aa  72.4  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1481  transcriptional regulator, AraC family  29.1 
 
 		 312 aa  71.2  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.395688 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0457  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 334 aa  71.6  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000383728 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0394  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 334 aa  71.6  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000164357 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1192  AraC family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 259 aa  70.9  0.00000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.933136  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1094  AraC family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 259 aa  70.9  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 320 aa  69.7  0.00000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0397  AraC-family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 334 aa  69.3  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0403  AraC family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 334 aa  69.3  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000043058 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2365  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 317 aa  68.6  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.417221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3532  AraC family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 320 aa  68.2  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113977 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0415  AraC-family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 334 aa  67.8  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023741 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  40.2 
 
 		 349 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3259  AraC family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 332 aa  66.2  0.0000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.560164  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0492  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 324 aa  66.2  0.0000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2225  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 337 aa  64.3  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120601  normal  0.705003 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 288 aa  63.9  0.000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 311 aa  63.5  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4367  transcriptional regulator, AraC family  36.17 
 
 		 286 aa  62.4  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6047  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  37.62 
 
 		 677 aa  62  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 333 aa  62.4  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0411  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 348 aa  61.6  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 312 aa  61.6  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1905  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 668 aa  62  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0295515  normal  0.210974 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1969  transcriptional regulator, AraC family  37.8 
 
 		 282 aa  61.6  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0909841  normal  0.074502 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  37.18 
 
 		 310 aa  61.6  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0328  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 323 aa  61.2  0.00000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 214 aa  60.8  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0934  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 365 aa  60.5  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3104  AraC family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.187437 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  30.1 
 
 		 129 aa  60.1  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1474  AraC family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 254 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.705391  normal  0.109317 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7171  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 335 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  35.44 
 
 		 330 aa  60.1  0.00000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4443  transcriptional activator RhaS  33.65 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  33.65 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  33.65 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  33.65 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  33.65 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3774  transcriptional regulator, AraC family  45 
 
 		 345 aa  59.3  0.00000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0116  transcriptional regulator, AraC family  33.66 
 
 		 351 aa  58.9  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.615337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 303 aa  59.3  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  26.72 
 
 		 343 aa  58.9  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  30 
 
 		 292 aa  59.3  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6761  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 310 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.844239 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2455  transcriptional regulator, AraC family  31.68 
 
 		 351 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 311 aa  58.5  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 278 aa  57.8  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  37.93 
 
 		 304 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1890  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 120 aa  57.4  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.520011  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.29 
 
 		 301 aa  57  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5109  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 330 aa  57  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0905505  normal  0.0237076 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  34.29 
 
 		 301 aa  57  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  34.29 
 
 		 301 aa  57  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5186  putative AraC-like transcription regulator  39.56 
 
 		 335 aa  57  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0167126 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  34.29 
 
 		 301 aa  57  0.0000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  32.67 
 
 		 278 aa  57.4  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0301  transcriptional regulator, AraC family  37.97 
 
 		 304 aa  57  0.0000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  34.29 
 
 		 301 aa  57  0.0000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5358  transcriptional activator RhaS  32.67 
 
 		 278 aa  57  0.0000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  27.64 
 
 		 322 aa  57  0.0000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 350 aa  57  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03791  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  32.67 
 
 		 278 aa  56.6  0.0000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  32.67 
 
 		 278 aa  56.6  0.0000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8693  transcriptional regulator, AraC family  34.31 
 
 		 313 aa  56.6  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4112  transcriptional activator RhaS  32.67 
 
 		 278 aa  56.6  0.0000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  34.29 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3170  transcriptional regulator  36.05 
 
 		 327 aa  56.6  0.0000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  32.67 
 
 		 278 aa  56.6  0.0000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  32.67 
 
 		 278 aa  56.6  0.0000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  41 
 
 		 307 aa  56.6  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  33.65 
 
 		 278 aa  56.6  0.0000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4297  transcriptional activator RhaS  32.67 
 
 		 278 aa  56.6  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082999 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1931  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 118 aa  56.2  0.0000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0129269  hitchhiker  0.0018191 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  32.2 
 
 		 286 aa  56.2  0.0000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4384  transcriptional activator RhaS  32.67 
 
 		 278 aa  56.2  0.0000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12290  Transcriptional regulator, AraC family  31.97 
 
 		 325 aa  55.5  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2545  transcriptional regulator, AraC family  26.61 
 
 		 314 aa  55.8  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  29.2 
 
 		 296 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0851  helix-turn-helix domain-containing protein  39.51 
 
 		 285 aa  55.8  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.79639  normal  0.0269486 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  31.97 
 
 		 338 aa  55.8  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  29.09 
 
 		 307 aa  55.5  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  37.84 
 
 		 333 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1001  AraC family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 324 aa  55.5  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0569552  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>