More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3031 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3031  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 339 aa  699    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000013989  hitchhiker  0.000160975 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 332 aa  132  9e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000327  transcriptional regulator AraC family  29.29 
 
 		 322 aa  116  5e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000791228  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1692  AraC family transcriptional regulator  22.48 
 
 		 323 aa  90.5  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0997  AraC/XylS family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 358 aa  88.2  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000441723  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0117  AraC family transcriptional regulator  24 
 
 		 342 aa  79  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0679  transcriptional regulator, AraC family  22.07 
 
 		 333 aa  75.1  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00764856  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3086  transcriptional regulator, AraC family  25.43 
 
 		 317 aa  75.1  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0131175  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3744  transcriptional regulator, AraC family  26.06 
 
 		 377 aa  70.1  0.00000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2540  AraC family transcriptional regulator  22.9 
 
 		 351 aa  69.7  0.00000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1094  AraC family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 259 aa  69.3  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0072  transcriptional regulator, AraC family  23.97 
 
 		 315 aa  68.2  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.582796 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1192  AraC family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 259 aa  68.2  0.0000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.933136  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3558  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 377 aa  68.2  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1776  helix-turn-helix domain-containing protein  21 
 
 		 329 aa  65.9  0.0000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.23577 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37.35 
 
 		 325 aa  65.5  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0415  AraC-family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 334 aa  62.8  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023741 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0492  helix-turn-helix domain-containing protein  35.05 
 
 		 324 aa  62.4  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  26.28 
 
 		 305 aa  61.6  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 299 aa  62  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  23.48 
 
 		 1374 aa  61.6  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  31.61 
 
 		 791 aa  61.6  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 277 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 277 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 277 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 384 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0457  AraC family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 334 aa  60.1  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000383728 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 320 aa  60.1  0.00000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0394  AraC family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 334 aa  60.1  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000164357 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2365  transcriptional regulator, AraC family  23.03 
 
 		 317 aa  59.7  0.00000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.417221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0397  AraC-family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 334 aa  59.7  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  26.67 
 
 		 289 aa  59.7  0.00000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0403  AraC family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 334 aa  59.7  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000043058 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  35.23 
 
 		 347 aa  59.7  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 277 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2261  AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 327 aa  59.3  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 300 aa  58.2  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5109  AraC family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 330 aa  58.2  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0905505  normal  0.0237076 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 300 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 300 aa  58.2  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 300 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  34.48 
 
 		 310 aa  58.5  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 278 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1114  AraC family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 300 aa  58.2  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3774  transcriptional regulator, AraC family  25.44 
 
 		 345 aa  58.2  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1106  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 388 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.189934 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  34.09 
 
 		 347 aa  58.2  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0851  helix-turn-helix domain-containing protein  32.47 
 
 		 285 aa  58.2  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.79639  normal  0.0269486 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1170  transcriptional regulator, AraC family  28.18 
 
 		 300 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00906983  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  29.09 
 
 		 300 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  28.18 
 
 		 300 aa  57.8  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 300 aa  57.8  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  32.1 
 
 		 515 aa  57.4  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1001  AraC family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 324 aa  57.4  0.0000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0569552  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4910  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 388 aa  57  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.45379  normal  0.327083 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  29.09 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  40.74 
 
 		 332 aa  57  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 399 aa  57  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3482  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 140 aa  56.6  0.0000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.119803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2960  putative transcriptional regulator  31.19 
 
 		 314 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236013  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1123  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 361 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.408169  normal  0.947213 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.61 
 
 		 315 aa  56.6  0.0000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 		 282 aa  56.2  0.0000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  32.1 
 
 		 513 aa  56.2  0.0000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  38.67 
 
 		 330 aa  56.2  0.0000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2225  AraC family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 337 aa  55.5  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120601  normal  0.705003 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2165  AraC family transcriptional regulator  24.13 
 
 		 277 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  35.44 
 
 		 278 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  35.44 
 
 		 278 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 398 aa  55.8  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  35.44 
 
 		 278 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  35.44 
 
 		 278 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2755  transcriptional regulator, AraC family  33.75 
 
 		 300 aa  55.5  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4443  transcriptional activator RhaS  35.44 
 
 		 278 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3601  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 		 304 aa  55.5  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  38.75 
 
 		 326 aa  55.5  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4017  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 255 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00173287 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4511  AraC family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 255 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0764519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1747  transcriptional regulator, AraC family  21.8 
 
 		 337 aa  55.1  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0934  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 365 aa  54.7  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3259  AraC family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 332 aa  54.7  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.560164  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3715  transcriptional regulator, AraC family  36.47 
 
 		 279 aa  54.7  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.424878 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1993  transcriptional regulator, AraC family  25.45 
 
 		 508 aa  55.1  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.04683  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35070  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 284 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 282 aa  54.7  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  31.17 
 
 		 1373 aa  55.1  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1946  AraC family transcriptional regulator  21.8 
 
 		 337 aa  55.1  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.73017  normal  0.353562 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1804  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 316 aa  55.1  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0697858 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 291 aa  55.1  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0301  transcriptional regulator, AraC family  32.93 
 
 		 304 aa  54.7  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2797  transcription activator effector binding  36.47 
 
 		 279 aa  53.9  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.338998 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1770  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 320 aa  53.9  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2825  helix-turn-helix domain-containing protein  36.23 
 
 		 320 aa  54.3  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00154924  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2833  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 128 aa  54.3  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.360969  hitchhiker  0.00326998 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3564  transcriptional regulator, AraC family  35.11 
 
 		 285 aa  54.3  0.000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1101  Ada metal-binding domain-containing protein  32.47 
 
 		 511 aa  53.9  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.12283  normal  0.610277 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4555  transcriptional regulator, AraC family  24.07 
 
 		 315 aa  54.3  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.897307 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0987  transcriptional regulator  29.63 
 
 		 375 aa  53.9  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2914  AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 318 aa  53.9  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>