More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0021 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0021  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 334 aa  694    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 277 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 277 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 278 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  25.82 
 
 		 330 aa  73.9  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 277 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 277 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  35.79 
 
 		 269 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 268 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 277 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0681  AraC family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 357 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4364  transcriptional regulator, AraC family  26.48 
 
 		 279 aa  72.8  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196876  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 		 333 aa  72.8  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 271 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 271 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  26.49 
 
 		 333 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 271 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6528  two component AraC family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 271 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485144  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6762  two component AraC family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 271 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  26.84 
 
 		 292 aa  68.2  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  33.33 
 
 		 261 aa  67.8  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  30.97 
 
 		 312 aa  67.4  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2358  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 234 aa  65.9  0.0000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.738853  normal  0.890173 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 398 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 399 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1805  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 312 aa  63.5  0.000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  20.19 
 
 		 332 aa  63.5  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  27.67 
 
 		 384 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 313 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  31.78 
 
 		 305 aa  62.4  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1439  transcriptional regulator, AraC family  34.86 
 
 		 322 aa  61.6  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.257773  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5371  transcriptional regulator, AraC family  24.89 
 
 		 326 aa  61.6  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 		 310 aa  61.6  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1432  transcriptional regulator, AraC family  28.1 
 
 		 387 aa  60.8  0.00000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.185359  normal  0.618503 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  61.2  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0729  transcriptional regulator, AraC family protein  27.63 
 
 		 284 aa  59.7  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.513058  normal  0.846206 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 313 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4999  AraC family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 313 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0916348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5288  AraC family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 313 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0305089  normal  0.89359 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0876  regulatory protein PchR  32.41 
 
 		 299 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1400  helix-turn-helix domain-containing protein  29.59 
 
 		 255 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113749  normal  0.478615 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1829  AraC family transcription regulator  33.33 
 
 		 323 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4511  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 255 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0764519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2149  AraC family transcription regulator  32.41 
 
 		 323 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0183353  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0674  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 284 aa  58.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0614  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 284 aa  58.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.45205 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.51 
 
 		 315 aa  58.5  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4017  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 255 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00173287 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  30.58 
 
 		 302 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0664  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 284 aa  58.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0786  regulatory protein PchR  32.41 
 
 		 351 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4605  two component transcriptional regulator, AraC family  33.72 
 
 		 271 aa  57.4  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4250  transcriptional regulator, AraC family  26 
 
 		 311 aa  57.8  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  34.41 
 
 		 295 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0608  transcriptional regulator, AraC family protein  27.1 
 
 		 284 aa  57.4  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5796  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 317 aa  57.8  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2189  transcriptional regulator  34.41 
 
 		 343 aa  57.4  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.156364  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  25.93 
 
 		 326 aa  57.4  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 350 aa  57.4  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1518  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 288 aa  57.4  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0862  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 295 aa  57.4  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185798  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0360  transcriptional regulator, AraC family  30.65 
 
 		 131 aa  57  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  31.48 
 
 		 296 aa  57  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  19.11 
 
 		 332 aa  56.6  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2825  helix-turn-helix domain-containing protein  26.24 
 
 		 320 aa  56.6  0.0000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00154924  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0626  AraC family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 330 aa  56.2  0.0000007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.653952  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3086  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 317 aa  56.2  0.0000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0131175  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1474  AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.705391  normal  0.109317 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5980  transcriptional regulator, AraC family  41.54 
 
 		 357 aa  55.8  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5702  transcriptional regulator, AraC family  23.78 
 
 		 319 aa  55.5  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.946416 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 382 aa  55.5  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1107  AraC family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 502 aa  55.5  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0739915 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0422  AraC family transcriptional regulator  22.66 
 
 		 241 aa  55.5  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0394  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 334 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000164357 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0706  transcriptional regulator, AraC family  25.73 
 
 		 330 aa  55.1  0.000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0374737  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4604  two component transcriptional regulator, AraC family  27.73 
 
 		 281 aa  55.1  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.514268  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3800  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 257 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000600898 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2126  transcriptional regulator, AraC family  35.96 
 
 		 325 aa  55.1  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000362922  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0403  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 334 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000043058 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0457  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 334 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000383728 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0589  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 335 aa  54.7  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.564804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54190  proline utilization regulator  24.14 
 
 		 250 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1299  transcriptional regulator, AraC family  20.89 
 
 		 334 aa  55.1  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3450  AraC family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 492 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4071  AraC family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 492 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0397  AraC-family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 334 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0492  helix-turn-helix domain-containing protein  30.77 
 
 		 324 aa  55.1  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5315  transcriptional regulator Ada  29.87 
 
 		 509 aa  54.3  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 352 aa  53.9  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0934  AraC family transcriptional regulator  22.81 
 
 		 365 aa  53.9  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2535  transcriptional regulator, AraC family  28.45 
 
 		 408 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2225  AraC family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 337 aa  54.3  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120601  normal  0.705003 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5912  transcriptional regulator Ada / DNA-3-methyladenine glycosylase II / DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase  27.06 
 
 		 500 aa  54.3  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.838028 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4739  proline utilization regulator  24.14 
 
 		 250 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  33.75 
 
 		 303 aa  53.9  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4154  AraC family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 308 aa  53.9  0.000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2788  transcriptional regulator, AraC family  28.45 
 
 		 408 aa  53.9  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435011  hitchhiker  0.0000000035636 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  26.28 
 
 		 343 aa  53.9  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  24.32 
 
 		 318 aa  53.5  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22580  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 254 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000567306  hitchhiker  0.000118862 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>