More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5980 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5980  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 357 aa  729    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  27.03 
 
 		 335 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  26.91 
 
 		 337 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  28.42 
 
 		 348 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 337 aa  106  8e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 336 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 346 aa  105  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1230  AraC family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 350 aa  103  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.593917  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4268  AraC family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 367 aa  103  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  29.71 
 
 		 337 aa  103  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 348 aa  103  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 340 aa  102  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 353 aa  100  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 353 aa  100  6e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 344 aa  99.8  6e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  25.69 
 
 		 353 aa  100  6e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 359 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  25.35 
 
 		 346 aa  99  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 343 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 353 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  27.86 
 
 		 343 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 353 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  26.67 
 
 		 339 aa  94.4  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 337 aa  92.8  9e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  26.03 
 
 		 366 aa  92  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  28.17 
 
 		 343 aa  92  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 347 aa  91.7  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  25.68 
 
 		 345 aa  91.7  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  25.95 
 
 		 366 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 356 aa  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 356 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 355 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4573  AraC family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 342 aa  90.1  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  23.79 
 
 		 343 aa  89.7  8e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 342 aa  89  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  23.96 
 
 		 396 aa  88.6  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5360  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 356 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.307827  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  27.25 
 
 		 334 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0523  helix-turn-helix domain-containing protein  26.22 
 
 		 390 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 342 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0030  AraC family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 341 aa  88.2  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0645159  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2307  Helix-turn-helix, AraC domain protein  26.82 
 
 		 345 aa  87.4  4e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394496  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 360 aa  87  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  25.75 
 
 		 347 aa  87  4e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1446  transcriptional regulator, AraC family  26.86 
 
 		 344 aa  85.5  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37400  AraC family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 344 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0307932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  27.38 
 
 		 356 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2577  AraC family transcriptional regulator  23.25 
 
 		 344 aa  85.1  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5855  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 385 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1260  Helix-turn-helix, AraC domain protein  27.53 
 
 		 339 aa  84.7  0.000000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0717392  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  24.27 
 
 		 339 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11424  transcriptional regulator  27.76 
 
 		 344 aa  84.7  0.000000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.91456e-22  normal  0.0846378 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  27.25 
 
 		 356 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  28.22 
 
 		 362 aa  84  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  25.53 
 
 		 333 aa  83.6  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 341 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1103  transcriptional regulator, AraC family  24.31 
 
 		 331 aa  83.2  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4331  transcriptional regulator, AraC family  24.83 
 
 		 341 aa  83.2  0.000000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 357 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 		 344 aa  81.6  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 344 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  25.07 
 
 		 345 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 337 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  25.17 
 
 		 354 aa  80.9  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6093  AraC family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 398 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0365291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3485  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 345 aa  80.9  0.00000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 337 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2808  transcriptional regulator, AraC family  28.03 
 
 		 337 aa  80.1  0.00000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4360  AraC family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 345 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 352 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 376 aa  79.7  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 364 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 364 aa  79.3  0.00000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  26.01 
 
 		 365 aa  79.3  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  26.2 
 
 		 330 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3167  AraC family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 343 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 360 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  25.8 
 
 		 343 aa  79  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  25.81 
 
 		 347 aa  78.2  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2412  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 386 aa  78.2  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.462091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6017  AraC family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 425 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.938285  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6507  transcriptional regulator, AraC family  24.01 
 
 		 344 aa  78.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739448  normal  0.944873 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 341 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 360 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3952  transcriptional regulator, AraC family  36.3 
 
 		 351 aa  77.4  0.0000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 343 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5340  AraC family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 373 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.566386 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6580  AraC family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 364 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111702  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 344 aa  77  0.0000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  23.34 
 
 		 335 aa  76.6  0.0000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  23.8 
 
 		 341 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0399  putative transcriptional regulator  27.02 
 
 		 350 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1606  AraC family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 358 aa  76.3  0.0000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 365 aa  76.3  0.0000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3748  transcriptional regulator, AraC family  33.99 
 
 		 350 aa  75.9  0.0000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.668173  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  22.89 
 
 		 340 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 357 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1224  AraC family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 335 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1134  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 369 aa  75.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.955983  normal  0.648616 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5492  AraC family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 360 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504835  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>