208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0671 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0671  type II secretion system protein  100 
 
 		 326 aa  657    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.732749  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0899  Type II secretion system F domain protein  95.09 
 
 		 326 aa  600  1e-170  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2046  type II secretion system protein  67.69 
 
 		 325 aa  433  1e-120  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0673516  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0310  type II secretion system protein  48.48 
 
 		 329 aa  309  5e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.873631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1724  type II secretion system protein  37.93 
 
 		 315 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0237  type II secretion system protein  33.52 
 
 		 328 aa  123  4e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.383042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3794  type II secretion system protein  36.69 
 
 		 327 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.927579  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1780  type II secretion system protein  31.02 
 
 		 324 aa  119  6e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.131583 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2053  type II secretion system protein  32.61 
 
 		 325 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00000824726  normal  0.0936478 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3425  type II secretion system protein  30.81 
 
 		 325 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.263373  normal  0.657196 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3932  type II secretion system protein  30.81 
 
 		 325 aa  116  6e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0420764  normal  0.280623 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7035  putative pilus assembly protein  32.4 
 
 		 324 aa  115  8.999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.611985 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0587  type II secretion system protein  31.23 
 
 		 325 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.292089  normal  0.415996 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3717  type II secretion system protein  31.84 
 
 		 324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.20351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3524  type II secretion system protein  31.84 
 
 		 324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1076  type II secretion system protein  34.91 
 
 		 324 aa  114  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.195162  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0387  type II secretion system protein  30.6 
 
 		 324 aa  114  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.88705  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1126  type II secretion system protein  31.37 
 
 		 310 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0371029  normal  0.497639 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2412  type II secretion system protein  31.03 
 
 		 323 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0423  type II secretion system protein  29.57 
 
 		 327 aa  112  8.000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0640  type II secretion system protein  28.53 
 
 		 325 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.295246 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4480  type II secretion system protein  34.74 
 
 		 335 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0297  type II secretion system protein  31.28 
 
 		 324 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4865  type II secretion system protein  31.25 
 
 		 324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3795  type II secretion system protein  32.61 
 
 		 325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.187172  normal  0.96616 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0213  component of type IV pilus  26.43 
 
 		 334 aa  110  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1529  type II secretion system protein  30.53 
 
 		 330 aa  109  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0805  type II secretion system protein  28.7 
 
 		 332 aa  108  9.000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0603  type II secretion system protein  32.09 
 
 		 338 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.512211  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4204  type II secretion system protein  32.42 
 
 		 324 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0804917  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0794  TadB protein  35.84 
 
 		 322 aa  108  2e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4189  type II secretion system protein  32 
 
 		 325 aa  107  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.54214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2045  hypothetical protein  32.75 
 
 		 331 aa  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0674023  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4192  type II secretion system protein  33.16 
 
 		 335 aa  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1676  Flp pilus assembly protein TadB  32.75 
 
 		 331 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0332  hypothetical protein  32.75 
 
 		 331 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.100771  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1877  type II secretion system protein  32.75 
 
 		 331 aa  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.395121  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1889  type II secretion system protein  32.75 
 
 		 331 aa  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0829  type II secretion system protein  32.75 
 
 		 331 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.226795  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1317  Flp pilus assembly protein TadB  32.6 
 
 		 325 aa  106  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2455  pilus assembly protein, putative  32.16 
 
 		 330 aa  106  6e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.112538  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2707  type II secretion system protein  31.84 
 
 		 323 aa  106  7e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.608864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3092  type II secretion system protein  32.6 
 
 		 325 aa  106  7e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2967  type II secretion system protein  32.6 
 
 		 325 aa  106  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.350744  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2484  type II secretion system protein  31.84 
 
 		 323 aa  105  8e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0727  type II secretion system protein  30.73 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.352668  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2275  Flp pilus assembly protein TadB  30.95 
 
 		 325 aa  103  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2556  type II secretion system protein  25.23 
 
 		 325 aa  103  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.460971  normal  0.349812 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2648  type II secretion system protein  30.17 
 
 		 325 aa  103  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.846327  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0651  putative tight adherence TadB-related transmembrane protein  27.56 
 
 		 325 aa  102  9e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.280791 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0609  type II secretion system protein  31.89 
 
 		 302 aa  102  9e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0654  TadB protein  31.49 
 
 		 322 aa  102  1e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.179736 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0800  type II secretion system protein  27.41 
 
 		 322 aa  101  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4001  type II secretion system protein  31.28 
 
 		 337 aa  101  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6003  type II secretion system protein  28.89 
 
 		 325 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2353  type II secretion system protein  26.15 
 
 		 323 aa  100  4e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.173092  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3356  type II secretion system protein  30.05 
 
 		 336 aa  100  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6299  type II secretion system protein  32 
 
 		 325 aa  99.8  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5121  type II secretion system protein  32.54 
 
 		 332 aa  99.8  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0725578 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7194  Flp pilus assembly protein TadB  31.46 
 
 		 325 aa  99.4  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666217  normal  0.429019 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4618  type II secretion system protein  30.62 
 
 		 325 aa  99.4  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.347884 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6777  type II secretion system protein  30.9 
 
 		 325 aa  99.4  8e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.270969  normal  0.612228 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06192  Flp pilus assembly protein TadB  32.68 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03348  Flp pilus assembly protein TadB  32 
 
 		 301 aa  99  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6365  type II secretion system protein  30.9 
 
 		 325 aa  98.2  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0373  type II secretion system protein F  31.46 
 
 		 303 aa  96.7  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.232118  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5491  type II secretion system protein  30.34 
 
 		 325 aa  96.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2693  type II secretion system protein  30.06 
 
 		 319 aa  96.7  5e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1753  Flp pilus assembly protein TadB  28.49 
 
 		 325 aa  94  3e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3010  type II secretion system protein  34.86 
 
 		 321 aa  94  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3965  type II secretion system protein  34.02 
 
 		 320 aa  93.6  4e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.264844 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5325  type II secretion system protein  31.11 
 
 		 326 aa  92.4  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.61312  hitchhiker  0.00813406 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0709  putative type II secretion system protein F  31.14 
 
 		 283 aa  90.9  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0544  type II secretion system protein  26.33 
 
 		 325 aa  89.7  5e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.106661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2831  type II secretion system protein  35.84 
 
 		 322 aa  89.7  6e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.532359  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3491  type II secretion system protein  23.91 
 
 		 317 aa  89.7  6e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0435404 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1917  type II secretion system protein  27.49 
 
 		 321 aa  89.7  6e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258716  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2824  type II secretion system protein  31.96 
 
 		 320 aa  88.6  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2350  type II secretion system protein  27.75 
 
 		 322 aa  89  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.363474 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1499  type II secretion system protein  26.98 
 
 		 321 aa  87.8  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.698875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002650  flp pilus assembly protein TadB  30.18 
 
 		 322 aa  88.2  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0301  type II secretion system protein  24.68 
 
 		 322 aa  87.8  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.83716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2912  type II secretion system protein  32.79 
 
 		 320 aa  87  4e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2308  Type II secretion system F domain protein  30.99 
 
 		 284 aa  87  4e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1108  type II secretion system protein  29.21 
 
 		 321 aa  87  4e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.143075  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0643  type II secretion system protein  29.09 
 
 		 283 aa  87  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1523  type II secretion system protein  29.21 
 
 		 328 aa  86.7  5e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3207  type II secretion system protein  28.49 
 
 		 320 aa  86.7  5e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.19811 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2380  type II secretion system protein  27.52 
 
 		 322 aa  85.9  8e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.316858  normal  0.875213 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0747  type II secretion system protein  25 
 
 		 283 aa  85.9  8e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.725692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2365  Flp pilus assembly protein TadB  26.29 
 
 		 325 aa  85.9  9e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0315564  normal  0.0552567 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2762  type II secretion system protein  24.91 
 
 		 333 aa  85.5  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.58237 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2699  type II secretion system protein  25.38 
 
 		 321 aa  85.5  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2017  type II secretion system protein  25.66 
 
 		 319 aa  85.1  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2364  hypothetical protein  29.82 
 
 		 321 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.288668  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1904  putative Flp pilus assembly protein TadB  30.39 
 
 		 322 aa  84  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0239588  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0993  type II secretion system protein  31.85 
 
 		 322 aa  84  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.146883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0553  type II secretion system protein  30.39 
 
 		 322 aa  84  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1054  type II secretion system protein  27.42 
 
 		 320 aa  82.8  0.000000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2737  type II secretion system protein  30.91 
 
 		 321 aa  82.8  0.000000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>