More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2708 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_2708  beta-lactamase  100 
 
 		 417 aa  829    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33850  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  45.88 
 
 		 453 aa  308  1.0000000000000001e-82  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4519  beta-lactamase  44.92 
 
 		 451 aa  294  2e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.302372  normal  0.700128 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7012  beta-lactamase  43.87 
 
 		 467 aa  290  5.0000000000000004e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.858592 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4863  beta-lactamase  45.13 
 
 		 441 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.625101  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1755  beta-lactamase  43.36 
 
 		 450 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3187  beta-lactamase  41.65 
 
 		 454 aa  273  4.0000000000000004e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000216369  hitchhiker  0.000000000911992 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3287  beta-lactamase  42.39 
 
 		 463 aa  268  2e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0209216 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01490  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  37.31 
 
 		 460 aa  215  9e-55  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.697704 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1501  beta-lactamase  34.2 
 
 		 447 aa  169  7e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.130484  normal  0.872303 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3247  beta-lactamase  28.48 
 
 		 513 aa  100  5e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0660544 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6205  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  32.57 
 
 		 378 aa  98.2  3e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5142  alkaline D-peptidase  32.88 
 
 		 428 aa  96.7  7e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00324654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1507  Beta-lactamase  28.21 
 
 		 595 aa  95.9  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3027  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  31.8 
 
 		 406 aa  93.6  5e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.899556  normal  0.874043 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0759  putative beta-lactamase class C penicillin binding protein  29 
 
 		 498 aa  94  5e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.445171  normal  0.118882 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1013  beta-lactamase  30.07 
 
 		 449 aa  92  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2991  beta-lactamase  30.9 
 
 		 475 aa  90.5  5e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0801  beta-lactamase  30.25 
 
 		 478 aa  90.1  6e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.87828  normal  0.048033 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2923  beta-lactamase  29.63 
 
 		 356 aa  90.1  6e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0860  beta-lactamase  32.95 
 
 		 457 aa  90.1  6e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.164383  normal  0.834143 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1832  beta-lactamase  28.03 
 
 		 446 aa  90.1  7e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.29245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7182  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  27.68 
 
 		 420 aa  89  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0226696 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3615  beta-lactamase  30.12 
 
 		 611 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0663146 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2539  beta-lactamase  30.22 
 
 		 567 aa  89.4  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.470437  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3206  beta-lactamase  29.3 
 
 		 389 aa  88.6  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2647  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  31.54 
 
 		 429 aa  89  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.180779  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15810  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  31.66 
 
 		 488 aa  87.8  3e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.091319  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1906  beta-lactamase  28 
 
 		 369 aa  87.4  5e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6304  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  27.4 
 
 		 420 aa  87  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397924  normal  0.258712 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3422  beta-lactamase  30.36 
 
 		 593 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.126074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6008  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  27.12 
 
 		 420 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.960624  normal  0.883146 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1946  Beta-lactamase  27.06 
 
 		 588 aa  85.9  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0618  beta-lactamase  25.85 
 
 		 450 aa  84.7  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1018  beta-lactamase  30.92 
 
 		 461 aa  84.7  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.624623 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0368  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  33.71 
 
 		 399 aa  84  0.000000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00562308  normal  0.495103 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2043  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  30.89 
 
 		 421 aa  84  0.000000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.956781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2650  beta-lactamase  31.56 
 
 		 497 aa  84  0.000000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0361544  hitchhiker  0.00491611 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0097  beta-lactamase  28.76 
 
 		 601 aa  83.6  0.000000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3018  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  28.57 
 
 		 389 aa  83.6  0.000000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.470862  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3731  beta-lactamase  29.57 
 
 		 603 aa  83.2  0.000000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.227339 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0772  beta-lactamase  30.11 
 
 		 431 aa  82.8  0.000000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2316  beta-lactamase  28.69 
 
 		 467 aa  83.2  0.000000000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0048462  decreased coverage  0.0000015739 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2587  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  27.22 
 
 		 413 aa  82.4  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.607083  normal  0.306741 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5714  beta-lactamase  32.2 
 
 		 446 aa  81.6  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2143  beta-lactamase  30.16 
 
 		 401 aa  80.9  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.559529  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0099  D-stereospecific peptide hydrolase  28.46 
 
 		 443 aa  80.9  0.00000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000129924  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1856  beta-lactamase  29.15 
 
 		 498 aa  80.9  0.00000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35970  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  29.82 
 
 		 582 aa  80.5  0.00000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.796833  normal  0.223324 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0159  beta-lactamase  25.33 
 
 		 410 aa  80.5  0.00000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3468  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.58 
 
 		 415 aa  80.1  0.00000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.560934  normal  0.0158413 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3144  beta-lactamase  25.86 
 
 		 590 aa  79.7  0.00000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4546  beta-lactamase  29.18 
 
 		 740 aa  79.7  0.00000000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207661  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1664  beta-lactamase  32 
 
 		 348 aa  79.7  0.00000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.15284 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3062  beta-lactamase  26.1 
 
 		 614 aa  79.7  0.00000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.367625  hitchhiker  0.002383 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2824  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.28 
 
 		 388 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.130693  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0831  beta-lactamase  25.54 
 
 		 422 aa  79  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.146809  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1164  beta-lactamase  28.04 
 
 		 501 aa  79.3  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.255434 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0375  beta-lactamase  28.77 
 
 		 381 aa  79.3  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2019  fmtA-like protein  22.05 
 
 		 505 aa  78.2  0.0000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.15249  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2538  beta-lactamase  30.04 
 
 		 416 aa  78.2  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2576  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  29.2 
 
 		 389 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.145811 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4191  beta-lactamase  25.73 
 
 		 386 aa  78.6  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.249358 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2616  beta-lactamase  23.81 
 
 		 353 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5167  beta-lactamase  30.27 
 
 		 713 aa  79  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.619685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1031  beta-lactamase  23.19 
 
 		 358 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4308  beta-lactamase  32.46 
 
 		 459 aa  78.2  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0244726  normal  0.721784 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4325  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  28.06 
 
 		 405 aa  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0248121  normal  0.0483573 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0606  serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  30.9 
 
 		 438 aa  77.4  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2312  beta-lactamase  28.53 
 
 		 406 aa  77.4  0.0000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30360  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  32.95 
 
 		 550 aa  77.4  0.0000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1713  beta-lactamase  30.19 
 
 		 347 aa  77.8  0.0000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4094  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  28.06 
 
 		 405 aa  77.4  0.0000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4170  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  28.06 
 
 		 405 aa  77.4  0.0000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3069  alkaline D-peptidase  28.41 
 
 		 388 aa  77.4  0.0000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0417304  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4882  beta-lactamase  25.51 
 
 		 497 aa  77.4  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0201  beta-lactamase  30.93 
 
 		 530 aa  77.4  0.0000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.494145 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3274  beta-lactamase  27.09 
 
 		 524 aa  77  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.847415 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2416  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  32.13 
 
 		 411 aa  77.4  0.0000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.758876  normal  0.129808 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2208  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  28.28 
 
 		 442 aa  76.6  0.0000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.474098  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3391  beta-lactamase  30.56 
 
 		 420 aa  76.6  0.0000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.351493 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1795  beta-lactamase  25.48 
 
 		 494 aa  76.6  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.478102  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13238  penicillin-binding protein, putative  27.56 
 
 		 431 aa  76.6  0.0000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.652866  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1788  beta-lactamase  30.66 
 
 		 560 aa  76.6  0.0000000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.358741  normal  0.761746 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0999  beta-lactamase  28.67 
 
 		 367 aa  76.6  0.0000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0117018 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41280  putative beta-lactamase  27.07 
 
 		 610 aa  76.3  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.607486 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2638  beta-lactamase  28.08 
 
 		 445 aa  76.3  0.0000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.034507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4257  beta-lactamase  30.99 
 
 		 464 aa  76.3  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.240658 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2755  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  28.03 
 
 		 388 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0494186  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2813  beta-lactamase  28.67 
 
 		 499 aa  75.5  0.000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.119288 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3873  amino acid adenylation domain protein  30.95 
 
 		 5698 aa  75.9  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.166545 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1818  beta-lactamase  29.36 
 
 		 513 aa  75.9  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2459  beta-lactamase  28.99 
 
 		 466 aa  75.1  0.000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3022  alkaline D-peptidase and alkaline D-peptidase fusion  30 
 
 		 720 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0802631  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2381  alkaline D-peptidase  27.63 
 
 		 385 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0825231  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0500  beta-lactamase  30.5 
 
 		 487 aa  75.5  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03210  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  29.45 
 
 		 521 aa  74.7  0.000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.205122  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4788  beta-lactamase  29.59 
 
 		 400 aa  74.7  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.416977  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3534  amino acid adenylation  27.72 
 
 		 2457 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2615  hypothetical protein  26.15 
 
 		 793 aa  74.3  0.000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.377093  normal  0.895738 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>