270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_1777 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_1777  putative phytochrome sensor protein  100 
 
 
460 aa  889    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00250628  normal  0.11028 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4927  putative phytochrome sensor protein  50.46 
 
 
464 aa  342  8e-93  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4882  putative phytochrome sensor protein  46.3 
 
 
445 aa  279  9e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1466  putative GAF sensor protein  43.84 
 
 
441 aa  276  7e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.515948 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0169  putative phytochrome sensor protein  43.02 
 
 
440 aa  270  5e-71  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.234973  hitchhiker  0.00233014 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4955  putative GAF sensor protein  42.89 
 
 
439 aa  269  5.9999999999999995e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.925113  normal  0.421333 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4057  putative phytochrome sensor protein  44.12 
 
 
409 aa  269  7e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2789  putative phytochrome sensor protein  40.42 
 
 
448 aa  260  3e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0234289 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13420  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  42.66 
 
 
463 aa  260  4e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.439429 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0896  putative phytochrome sensor protein  41.28 
 
 
426 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0355459 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3089  transcriptional regulator  40.28 
 
 
466 aa  252  1e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.973377  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0958  GAF domain-containing protein  41.84 
 
 
426 aa  250  4e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.165428 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2091  transcriptional regulator  41.12 
 
 
417 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3273  putative GAF sensor protein  45.1 
 
 
438 aa  242  7.999999999999999e-63  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0845343 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0108  GAF domain protein  38.27 
 
 
422 aa  229  1e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0472317  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1781  putative phytochrome sensor protein  36.97 
 
 
488 aa  199  1.0000000000000001e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1088  putative phytochrome sensor protein  36.01 
 
 
471 aa  196  6e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21450  Transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  35.32 
 
 
489 aa  187  4e-46  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3971  transcriptional regulator domain-containing protein  36.22 
 
 
411 aa  173  5e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0878  putative GAF sensor protein  33.33 
 
 
428 aa  167  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4867  putative phytochrome sensor protein  46.45 
 
 
538 aa  152  8.999999999999999e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.752345  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2239  putative phytochrome sensor protein  39.35 
 
 
439 aa  144  3e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0494571  normal  0.300779 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0281  putative phytochrome sensor protein  39.13 
 
 
503 aa  134  3e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2991  putative phytochrome sensor protein  41.21 
 
 
406 aa  127  5e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000148631  hitchhiker  0.00186594 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2144  putative phytochrome sensor protein  45.25 
 
 
422 aa  125  2e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0926933  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0626  putative GAF sensor protein  39.38 
 
 
438 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.19593  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0639  putative GAF sensor protein  39.38 
 
 
437 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0619  putative GAF sensor protein  38.86 
 
 
437 aa  121  3e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.351547 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1094  transcriptional regulator domain protein  38.78 
 
 
556 aa  117  3e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0123  putative GAF sensor protein  36.41 
 
 
435 aa  116  8.999999999999998e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0710006  normal  0.587329 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1944  GAF domain protein  38.89 
 
 
410 aa  114  3e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.844857  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  27.25 
 
 
643 aa  113  6e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1985  putative phytochrome sensor protein  40.21 
 
 
501 aa  113  8.000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000196464  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2406  putative phytochrome sensor protein  39.91 
 
 
411 aa  109  1e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.264352  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21230  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  33.76 
 
 
419 aa  108  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.259809  normal  0.259363 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0790  putative GAF sensor protein  34.1 
 
 
441 aa  106  7e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.7264 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1017  helix-turn-helix, Fis-type  32.17 
 
 
679 aa  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6170  helix-turn-helix, Fis-type  36.07 
 
 
677 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0094108  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2035  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.16 
 
 
655 aa  105  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11420  sigma54-dependent activator protein  31.58 
 
 
664 aa  101  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20940  sigma54-dependent activator protein AcxR  32.26 
 
 
664 aa  100  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.627215  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0944  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.19 
 
 
673 aa  99  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1166  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.55 
 
 
675 aa  97.1  6e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.321857  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1000  helix-turn-helix, Fis-type  30.69 
 
 
661 aa  96.3  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1337  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.88 
 
 
679 aa  95.9  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0885  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.34 
 
 
661 aa  95.1  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0287148  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3466  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.1 
 
 
677 aa  94.7  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.297654  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6153  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.21 
 
 
689 aa  94.4  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.936504 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4104  sigma54 specific transcriptional regulator  34.2 
 
 
661 aa  93.2  8e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3637  putative sigma-54-dependent transcriptional regulator  33 
 
 
646 aa  91.7  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.772793 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2800  putative AcoR, transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  32.84 
 
 
645 aa  91.7  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1500  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.84 
 
 
645 aa  91.3  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.18284  normal  0.234549 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4363  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.91 
 
 
653 aa  90.5  6e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2772  putative acetoin operon transcriptional activator  28.28 
 
 
616 aa  87.8  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2574  acetoin operon transcriptional activator  27.5 
 
 
616 aa  87.4  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.500823  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2761  acetoin operon transcriptional activator  27.5 
 
 
616 aa  87.4  4e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.822061  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2521  putative acetoin operon transcriptional activator  27.92 
 
 
616 aa  87.4  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0060669 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2563  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  26.87 
 
 
616 aa  87.8  4e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.067017  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5524  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.34 
 
 
640 aa  87.8  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.118768 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2768  putative acetoin operon transcriptional activator  27.5 
 
 
616 aa  87.4  5e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00807774 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2815  putative acetoin operon transcriptional activator  28.73 
 
 
616 aa  87.4  5e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.183654  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2794  acetoin operon transcriptional activator, putative  28 
 
 
616 aa  87.4  5e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000141006  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2530  sigma-54-dependent transcriptional activator  27.5 
 
 
616 aa  87.4  5e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000702364  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2495  sigma-54-dependent transcriptional activator  27.5 
 
 
616 aa  87.4  5e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.292908  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1028  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.17 
 
 
642 aa  86.7  8e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.833434 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1836  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.42 
 
 
601 aa  85.9  0.000000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1375  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.53 
 
 
644 aa  85.1  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3392  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.67 
 
 
689 aa  85.1  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.549461  normal  0.181007 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1556  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  28.86 
 
 
657 aa  83.6  0.000000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3906  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  31.75 
 
 
680 aa  83.6  0.000000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4400  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.39 
 
 
669 aa  83.6  0.000000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.916028  normal  0.547202 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3508  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.66 
 
 
631 aa  83.6  0.000000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.62585  normal  0.777237 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1488  transcriptional regulator domain protein  30.77 
 
 
414 aa  83.6  0.000000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.446993  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4264  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.33 
 
 
602 aa  83.2  0.000000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2010  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.25 
 
 
454 aa  82.8  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3559  helix-turn-helix Fis-type  30.24 
 
 
590 aa  82.4  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0123539  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2095  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.25 
 
 
454 aa  82  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2979  hypothetical protein  34.9 
 
 
194 aa  81.3  0.00000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3538  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.91 
 
 
660 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0515  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  28.27 
 
 
623 aa  79  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000178347  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1691  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.96 
 
 
667 aa  79  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1840  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.96 
 
 
667 aa  78.6  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.286624  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  30.65 
 
 
587 aa  77.8  0.0000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4569  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.72 
 
 
638 aa  77.4  0.0000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.375383 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3434  sigma-54 dependent transcriptional regulator  31.62 
 
 
602 aa  76.6  0.0000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.66609  normal  0.268345 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4479  sigma-54 dependent transcriptional regulator  30.88 
 
 
616 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0956  transcriptional regulatory protein  29.33 
 
 
678 aa  75.9  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1963  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.3 
 
 
647 aa  74.3  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3234  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.97 
 
 
699 aa  73.9  0.000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0436708  normal  0.309737 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2864  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.33 
 
 
651 aa  73.6  0.000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414238  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1741  sigma-54 dependent transcriptional regulator  31.43 
 
 
609 aa  73.2  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.606989  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0932  sigma54 specific transcriptional regulator  32.63 
 
 
653 aa  72.8  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.702555  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2510  transcriptional regulator  30.1 
 
 
615 aa  72.8  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.583312  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0250  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.13 
 
 
619 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000206516 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1699  acetoin operon expression regulatory protein  27.57 
 
 
671 aa  72.4  0.00000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.263456  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1646  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  29.26 
 
 
689 aa  72  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.346775 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.33 
 
 
1045 aa  71.2  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0251  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.69 
 
 
628 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000347396 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3771  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.69 
 
 
619 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4895  Fis family transcriptional regulator  30.43 
 
 
615 aa  71.2  0.00000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.695547  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>