More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0108 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_0108  GAF domain protein  100 
 
 
422 aa  828    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0472317  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1466  putative GAF sensor protein  40.98 
 
 
441 aa  265  1e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.515948 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0169  putative phytochrome sensor protein  41.36 
 
 
440 aa  261  1e-68  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.234973  hitchhiker  0.00233014 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4955  putative GAF sensor protein  40.15 
 
 
439 aa  239  9e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.925113  normal  0.421333 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4057  putative phytochrome sensor protein  41.46 
 
 
409 aa  236  8e-61  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1777  putative phytochrome sensor protein  38.27 
 
 
460 aa  234  3e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00250628  normal  0.11028 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0958  GAF domain-containing protein  41.23 
 
 
426 aa  231  2e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.165428 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4927  putative phytochrome sensor protein  38.3 
 
 
464 aa  230  4e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0896  putative phytochrome sensor protein  40.47 
 
 
426 aa  228  1e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0355459 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2789  putative phytochrome sensor protein  33.41 
 
 
448 aa  220  3e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0234289 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2091  transcriptional regulator  37.87 
 
 
417 aa  220  5e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3089  transcriptional regulator  33.11 
 
 
466 aa  209  8e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.973377  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4882  putative phytochrome sensor protein  38.5 
 
 
445 aa  207  4e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13420  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  35.03 
 
 
463 aa  201  3e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.439429 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3273  putative GAF sensor protein  38.32 
 
 
438 aa  185  1.0000000000000001e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0845343 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21450  Transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  31.89 
 
 
489 aa  155  1e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4867  putative phytochrome sensor protein  42.63 
 
 
538 aa  144  3e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.752345  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0878  putative GAF sensor protein  30.93 
 
 
428 aa  141  3e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3971  transcriptional regulator domain-containing protein  31.98 
 
 
411 aa  138  2e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2239  putative phytochrome sensor protein  38.21 
 
 
439 aa  130  6e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0494571  normal  0.300779 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1166  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.62 
 
 
675 aa  129  7.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.321857  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1017  helix-turn-helix, Fis-type  36.82 
 
 
679 aa  129  9.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0944  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.85 
 
 
673 aa  127  3e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1781  putative phytochrome sensor protein  34.54 
 
 
488 aa  120  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1337  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.39 
 
 
679 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0281  putative phytochrome sensor protein  35.38 
 
 
503 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1088  putative phytochrome sensor protein  37.37 
 
 
471 aa  117  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6170  helix-turn-helix, Fis-type  36.32 
 
 
677 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0094108  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3466  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.67 
 
 
677 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.297654  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6153  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.01 
 
 
689 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.936504 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2144  putative phytochrome sensor protein  39.47 
 
 
422 aa  113  7.000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0926933  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.56 
 
 
643 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0619  putative GAF sensor protein  34.67 
 
 
437 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.351547 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3637  putative sigma-54-dependent transcriptional regulator  34.93 
 
 
646 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.772793 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11420  sigma54-dependent activator protein  32.39 
 
 
664 aa  111  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1985  putative phytochrome sensor protein  37.91 
 
 
501 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000196464  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0626  putative GAF sensor protein  34.67 
 
 
438 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.19593  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0639  putative GAF sensor protein  34.67 
 
 
437 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1836  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.48 
 
 
601 aa  109  9.000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1944  GAF domain protein  33.78 
 
 
410 aa  109  1e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.844857  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4104  sigma54 specific transcriptional regulator  34.39 
 
 
661 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2794  acetoin operon transcriptional activator, putative  32.46 
 
 
616 aa  108  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000141006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2574  acetoin operon transcriptional activator  31.94 
 
 
616 aa  108  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.500823  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2530  sigma-54-dependent transcriptional activator  31.94 
 
 
616 aa  108  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000702364  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2495  sigma-54-dependent transcriptional activator  31.94 
 
 
616 aa  108  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.292908  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2768  putative acetoin operon transcriptional activator  31.94 
 
 
616 aa  108  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00807774 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2761  acetoin operon transcriptional activator  31.94 
 
 
616 aa  108  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.822061  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1028  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.56 
 
 
642 aa  108  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.833434 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2521  putative acetoin operon transcriptional activator  32.46 
 
 
616 aa  107  3e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0060669 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2035  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.45 
 
 
655 aa  107  5e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2815  putative acetoin operon transcriptional activator  31.41 
 
 
616 aa  105  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.183654  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3508  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.57 
 
 
631 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.62585  normal  0.777237 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2563  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.41 
 
 
616 aa  105  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.067017  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2772  putative acetoin operon transcriptional activator  29.9 
 
 
616 aa  105  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2406  putative phytochrome sensor protein  36.36 
 
 
411 aa  105  2e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.264352  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2991  putative phytochrome sensor protein  32.65 
 
 
406 aa  105  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000148631  hitchhiker  0.00186594 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1094  transcriptional regulator domain protein  36.63 
 
 
556 aa  104  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0123  putative GAF sensor protein  34.52 
 
 
435 aa  104  3e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0710006  normal  0.587329 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0956  transcriptional regulatory protein  34 
 
 
678 aa  104  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20940  sigma54-dependent activator protein AcxR  28.15 
 
 
664 aa  101  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.627215  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0790  putative GAF sensor protein  34.17 
 
 
441 aa  102  2e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.7264 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3906  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  27.88 
 
 
680 aa  100  4e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1863  sigma-54 dependent transcriptional regulator  32.98 
 
 
605 aa  99.8  8e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21230  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  35.47 
 
 
419 aa  99.8  9e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.259809  normal  0.259363 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1975  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.53 
 
 
614 aa  99.8  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5524  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.55 
 
 
640 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.118768 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2510  transcriptional regulator  33.65 
 
 
615 aa  94.7  2e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.583312  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4264  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.15 
 
 
602 aa  95.5  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4400  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.43 
 
 
669 aa  94.4  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.916028  normal  0.547202 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0367  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.64 
 
 
696 aa  94  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.569096  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3606  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.79 
 
 
647 aa  93.6  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.833415  normal  0.824204 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3538  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.62 
 
 
660 aa  92.4  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4518  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.32 
 
 
633 aa  92.8  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.543638 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1488  transcriptional regulator domain protein  29.13 
 
 
414 aa  92.8  1e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.446993  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0885  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.21 
 
 
661 aa  92  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0287148  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3392  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.2 
 
 
689 aa  92  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.549461  normal  0.181007 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4895  Fis family transcriptional regulator  30.52 
 
 
615 aa  89.7  9e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.695547  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1646  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.84 
 
 
689 aa  89.4  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.346775 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2800  putative AcoR, transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  32.73 
 
 
645 aa  88.6  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1500  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.73 
 
 
645 aa  88.2  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.18284  normal  0.234549 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4363  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34 
 
 
653 aa  88.2  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4569  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.85 
 
 
638 aa  86.3  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.375383 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2010  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.92 
 
 
454 aa  85.1  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2095  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.92 
 
 
454 aa  85.1  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1691  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.43 
 
 
667 aa  84  0.000000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1840  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.43 
 
 
667 aa  84  0.000000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.286624  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2864  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.88 
 
 
651 aa  83.6  0.000000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414238  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0735  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.79 
 
 
683 aa  83.2  0.000000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.431182  normal  0.0765632 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2979  hypothetical protein  34.62 
 
 
194 aa  82.8  0.000000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  32.62 
 
 
587 aa  82.8  0.00000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1000  helix-turn-helix, Fis-type  29.35 
 
 
661 aa  82  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3234  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.85 
 
 
699 aa  82  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0436708  normal  0.309737 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1744  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.71 
 
 
652 aa  81.3  0.00000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0785861  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1556  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.52 
 
 
657 aa  81.3  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1819  sigma-54 activated regulatory protein  31.44 
 
 
651 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0087  helix-turn-helix Fis-type  32.67 
 
 
588 aa  80.1  0.00000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0750  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.43 
 
 
576 aa  80.1  0.00000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0698  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.57 
 
 
637 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1375  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.13 
 
 
644 aa  79  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1963  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.81 
 
 
647 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>