293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1944 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_1944  GAF domain protein  100 
 
 
410 aa  802    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.844857  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0626  putative GAF sensor protein  59.15 
 
 
438 aa  446  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.19593  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0619  putative GAF sensor protein  59.15 
 
 
437 aa  447  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.351547 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0639  putative GAF sensor protein  59.15 
 
 
437 aa  446  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0790  putative GAF sensor protein  57.64 
 
 
441 aa  436  1e-121  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.7264 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0123  putative GAF sensor protein  56.54 
 
 
435 aa  431  1e-119  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0710006  normal  0.587329 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2406  putative phytochrome sensor protein  57.22 
 
 
411 aa  387  1e-106  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.264352  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2239  putative phytochrome sensor protein  49.75 
 
 
439 aa  346  5e-94  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0494571  normal  0.300779 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2144  putative phytochrome sensor protein  47.64 
 
 
422 aa  290  3e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0926933  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2991  putative phytochrome sensor protein  44.75 
 
 
406 aa  289  6e-77  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000148631  hitchhiker  0.00186594 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21230  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  42.89 
 
 
419 aa  254  3e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.259809  normal  0.259363 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1488  transcriptional regulator domain protein  37.08 
 
 
414 aa  216  5.9999999999999996e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.446993  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1781  putative phytochrome sensor protein  39.49 
 
 
488 aa  213  7e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0281  putative phytochrome sensor protein  38.57 
 
 
503 aa  206  7e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1088  putative phytochrome sensor protein  39.14 
 
 
471 aa  193  5e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1094  transcriptional regulator domain protein  36.98 
 
 
556 aa  191  2e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1985  putative phytochrome sensor protein  35.93 
 
 
501 aa  169  1e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000196464  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4867  putative phytochrome sensor protein  32.02 
 
 
538 aa  158  2e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.752345  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0878  putative GAF sensor protein  41.67 
 
 
428 aa  154  2e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2789  putative phytochrome sensor protein  39.69 
 
 
448 aa  133  6e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0234289 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3089  transcriptional regulator  35.59 
 
 
466 aa  132  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.973377  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13420  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  43.41 
 
 
463 aa  127  3e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.439429 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4927  putative phytochrome sensor protein  40.49 
 
 
464 aa  126  5e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0958  GAF domain-containing protein  40.85 
 
 
426 aa  125  1e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.165428 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4882  putative phytochrome sensor protein  45.18 
 
 
445 aa  125  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0896  putative phytochrome sensor protein  38.73 
 
 
426 aa  122  8e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0355459 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6153  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.95 
 
 
689 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.936504 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.75 
 
 
643 aa  117  5e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1017  helix-turn-helix, Fis-type  32.16 
 
 
679 aa  116  7.999999999999999e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2815  putative acetoin operon transcriptional activator  32.98 
 
 
616 aa  113  5e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.183654  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2794  acetoin operon transcriptional activator, putative  33.51 
 
 
616 aa  113  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000141006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2574  acetoin operon transcriptional activator  32.98 
 
 
616 aa  113  7.000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.500823  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3392  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.96 
 
 
689 aa  113  7.000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.549461  normal  0.181007 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2768  putative acetoin operon transcriptional activator  32.98 
 
 
616 aa  113  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00807774 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2761  acetoin operon transcriptional activator  32.98 
 
 
616 aa  113  7.000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.822061  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2530  sigma-54-dependent transcriptional activator  32.98 
 
 
616 aa  113  8.000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000702364  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2495  sigma-54-dependent transcriptional activator  32.98 
 
 
616 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.292908  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0956  transcriptional regulatory protein  32.87 
 
 
678 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2521  putative acetoin operon transcriptional activator  32.98 
 
 
616 aa  113  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0060669 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1466  putative GAF sensor protein  39.89 
 
 
441 aa  110  3e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.515948 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2563  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.94 
 
 
616 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.067017  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1777  putative phytochrome sensor protein  38.89 
 
 
460 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00250628  normal  0.11028 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2772  putative acetoin operon transcriptional activator  31.94 
 
 
616 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11420  sigma54-dependent activator protein  38.55 
 
 
664 aa  110  5e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4955  putative GAF sensor protein  37.31 
 
 
439 aa  108  1e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.925113  normal  0.421333 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5524  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.87 
 
 
640 aa  109  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.118768 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20940  sigma54-dependent activator protein AcxR  34.4 
 
 
664 aa  108  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.627215  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6170  helix-turn-helix, Fis-type  33.75 
 
 
677 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0094108  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3637  putative sigma-54-dependent transcriptional regulator  33.86 
 
 
646 aa  107  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.772793 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2035  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.67 
 
 
655 aa  107  3e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2095  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.07 
 
 
454 aa  107  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0944  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33 
 
 
673 aa  107  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4104  sigma54 specific transcriptional regulator  35.86 
 
 
661 aa  106  9e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4057  putative phytochrome sensor protein  38.2 
 
 
409 aa  105  1e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4400  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33 
 
 
669 aa  105  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.916028  normal  0.547202 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2010  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.61 
 
 
454 aa  104  3e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0800  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.57 
 
 
646 aa  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.236546  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2160  sigma-54 activated regulatory protein  43.51 
 
 
724 aa  103  8e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0108  GAF domain protein  36.05 
 
 
422 aa  103  8e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0472317  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1337  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.26 
 
 
679 aa  102  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1375  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.44 
 
 
644 aa  102  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1646  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.45 
 
 
689 aa  102  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.346775 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2091  transcriptional regulator  35.33 
 
 
417 aa  102  1e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4479  sigma-54 dependent transcriptional regulator  30.84 
 
 
616 aa  101  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1819  sigma-54 activated regulatory protein  37.02 
 
 
651 aa  101  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0890  sigma-54 dependent transcriptional regulator  37.02 
 
 
646 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.245781  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3641  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  43.51 
 
 
691 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.651676  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0169  putative phytochrome sensor protein  37.71 
 
 
440 aa  100  4e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.234973  hitchhiker  0.00233014 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3508  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.57 
 
 
631 aa  100  5e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.62585  normal  0.777237 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1699  acetoin operon expression regulatory protein  26.94 
 
 
671 aa  100  6e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.263456  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1028  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.65 
 
 
642 aa  99.8  8e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.833434 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0251  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.4 
 
 
628 aa  99.4  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000347396 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4922  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  42.75 
 
 
629 aa  99  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.330349  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3466  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.39 
 
 
677 aa  99  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.297654  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0698  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  43.51 
 
 
637 aa  98.2  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3771  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.4 
 
 
619 aa  99  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4403  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  42.75 
 
 
628 aa  98.6  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.235944 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6248  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.59 
 
 
708 aa  97.8  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423516  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1166  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.24 
 
 
675 aa  98.2  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.321857  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1790  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.96 
 
 
753 aa  97.4  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000112297 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5308  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  44.88 
 
 
634 aa  97.4  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0711362 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3388  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  44.88 
 
 
637 aa  97.4  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4979  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  44.88 
 
 
637 aa  97.4  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.219279  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1744  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.22 
 
 
652 aa  97.1  5e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0785861  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0250  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.4 
 
 
619 aa  96.7  6e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000206516 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4363  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.6 
 
 
653 aa  96.7  6e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0885  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  28.86 
 
 
661 aa  96.7  7e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0287148  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0367  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.33 
 
 
696 aa  96.7  7e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.569096  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0365  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.52 
 
 
633 aa  95.5  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0633679  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3971  transcriptional regulator domain-containing protein  37.58 
 
 
411 aa  95.9  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0252  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.52 
 
 
652 aa  94.7  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0249  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.52 
 
 
626 aa  95.1  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0253  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  29.52 
 
 
652 aa  95.1  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000233378 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1556  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.56 
 
 
657 aa  94.7  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4264  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.71 
 
 
602 aa  94.7  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2864  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.97 
 
 
651 aa  94  4e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414238  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0750  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.26 
 
 
576 aa  94  4e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3906  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  28.46 
 
 
680 aa  93.6  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0249  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.07 
 
 
652 aa  94  5e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3273  putative GAF sensor protein  31.71 
 
 
438 aa  93.2  7e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0845343 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>