More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_1088 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_1088  putative phytochrome sensor protein  100 
 
 
471 aa  886    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1781  putative phytochrome sensor protein  54.08 
 
 
488 aa  394  1e-108  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0281  putative phytochrome sensor protein  50.42 
 
 
503 aa  385  1e-105  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1985  putative phytochrome sensor protein  51.45 
 
 
501 aa  382  1e-105  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000196464  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1094  transcriptional regulator domain protein  41.59 
 
 
556 aa  264  3e-69  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2239  putative phytochrome sensor protein  45.21 
 
 
439 aa  262  8.999999999999999e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0494571  normal  0.300779 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0123  putative GAF sensor protein  39.53 
 
 
435 aa  237  3e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0710006  normal  0.587329 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0790  putative GAF sensor protein  38.84 
 
 
441 aa  220  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.7264 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4867  putative phytochrome sensor protein  35.43 
 
 
538 aa  219  7.999999999999999e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.752345  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0639  putative GAF sensor protein  37.95 
 
 
437 aa  215  9.999999999999999e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0626  putative GAF sensor protein  37.95 
 
 
438 aa  215  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.19593  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0619  putative GAF sensor protein  37.71 
 
 
437 aa  214  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.351547 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2991  putative phytochrome sensor protein  41.84 
 
 
406 aa  198  2.0000000000000003e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000148631  hitchhiker  0.00186594 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2789  putative phytochrome sensor protein  34.2 
 
 
448 aa  196  6e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0234289 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1944  GAF domain protein  39.14 
 
 
410 aa  193  6e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.844857  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21230  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  40.27 
 
 
419 aa  191  2e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.259809  normal  0.259363 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1777  putative phytochrome sensor protein  36.01 
 
 
460 aa  191  2.9999999999999997e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00250628  normal  0.11028 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2144  putative phytochrome sensor protein  42.9 
 
 
422 aa  187  3e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0926933  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0878  putative GAF sensor protein  33.26 
 
 
428 aa  187  5e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1466  putative GAF sensor protein  35.64 
 
 
441 aa  176  6e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.515948 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1488  transcriptional regulator domain protein  36.9 
 
 
414 aa  176  9.999999999999999e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.446993  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2406  putative phytochrome sensor protein  39.63 
 
 
411 aa  170  5e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.264352  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0169  putative phytochrome sensor protein  34 
 
 
440 aa  163  5.0000000000000005e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.234973  hitchhiker  0.00233014 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21450  Transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  34.32 
 
 
489 aa  155  2e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4057  putative phytochrome sensor protein  35.42 
 
 
409 aa  154  2.9999999999999998e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3089  transcriptional regulator  42.62 
 
 
466 aa  152  1e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.973377  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4955  putative GAF sensor protein  34 
 
 
439 aa  149  7e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.925113  normal  0.421333 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4927  putative phytochrome sensor protein  45 
 
 
464 aa  147  5e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0958  GAF domain-containing protein  43.46 
 
 
426 aa  134  3e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.165428 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1017  helix-turn-helix, Fis-type  40.19 
 
 
679 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3273  putative GAF sensor protein  43.92 
 
 
438 aa  132  2.0000000000000002e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0845343 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0584  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  43.41 
 
 
560 aa  131  3e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000469603 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4882  putative phytochrome sensor protein  43.53 
 
 
445 aa  130  6e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4104  sigma54 specific transcriptional regulator  38.3 
 
 
661 aa  130  7.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0896  putative phytochrome sensor protein  41.92 
 
 
426 aa  126  8.000000000000001e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0355459 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6170  helix-turn-helix, Fis-type  32.66 
 
 
677 aa  124  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0094108  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2091  transcriptional regulator  41.67 
 
 
417 aa  124  3e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3637  putative sigma-54-dependent transcriptional regulator  41.49 
 
 
646 aa  124  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.772793 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3508  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.69 
 
 
631 aa  124  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.62585  normal  0.777237 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11420  sigma54-dependent activator protein  41.18 
 
 
664 aa  124  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4400  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.6 
 
 
669 aa  123  8e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.916028  normal  0.547202 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0956  transcriptional regulatory protein  37.44 
 
 
678 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1337  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38 
 
 
679 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13420  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  39.44 
 
 
463 aa  120  6e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.439429 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5524  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.92 
 
 
640 aa  118  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.118768 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0108  GAF domain protein  40.49 
 
 
422 aa  117  6e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0472317  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2979  hypothetical protein  43.75 
 
 
194 aa  114  3e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3971  transcriptional regulator domain-containing protein  41.71 
 
 
411 aa  114  6e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20940  sigma54-dependent activator protein AcxR  37.04 
 
 
664 aa  112  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.627215  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3906  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  36.98 
 
 
680 aa  112  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1556  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.32 
 
 
657 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4264  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.86 
 
 
602 aa  112  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3466  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.59 
 
 
677 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.297654  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0944  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.65 
 
 
673 aa  110  5e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1166  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  41.48 
 
 
675 aa  110  6e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.321857  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1028  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.17 
 
 
642 aa  109  8.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.833434 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.97 
 
 
643 aa  109  9.000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4403  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  42.67 
 
 
628 aa  107  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.235944 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4922  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  42.67 
 
 
629 aa  107  6e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.330349  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3388  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  43.33 
 
 
637 aa  106  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5308  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  43.33 
 
 
634 aa  107  7e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0711362 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4979  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  43.33 
 
 
637 aa  106  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.219279  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2563  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.85 
 
 
616 aa  106  8e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.067017  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2800  putative AcoR, transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  36.22 
 
 
645 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1500  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.22 
 
 
645 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.18284  normal  0.234549 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0698  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  42.67 
 
 
637 aa  105  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2815  putative acetoin operon transcriptional activator  30.32 
 
 
616 aa  105  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.183654  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2794  acetoin operon transcriptional activator, putative  30.32 
 
 
616 aa  104  3e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000141006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2574  acetoin operon transcriptional activator  30.32 
 
 
616 aa  104  3e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.500823  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2530  sigma-54-dependent transcriptional activator  30.32 
 
 
616 aa  104  3e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000702364  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2768  putative acetoin operon transcriptional activator  30.32 
 
 
616 aa  104  3e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00807774 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2761  acetoin operon transcriptional activator  30.32 
 
 
616 aa  104  3e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.822061  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2010  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.43 
 
 
454 aa  104  4e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2495  sigma-54-dependent transcriptional activator  30.32 
 
 
616 aa  104  4e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.292908  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2095  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.43 
 
 
454 aa  104  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2772  putative acetoin operon transcriptional activator  30.32 
 
 
616 aa  103  6e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2521  putative acetoin operon transcriptional activator  30.32 
 
 
616 aa  103  8e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0060669 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3538  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.73 
 
 
660 aa  101  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0932  sigma54 specific transcriptional regulator  38.05 
 
 
653 aa  102  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.702555  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1819  sigma-54 activated regulatory protein  40.51 
 
 
651 aa  101  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3641  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  41.33 
 
 
691 aa  101  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.651676  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1375  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.6 
 
 
644 aa  100  4e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0800  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.51 
 
 
646 aa  100  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.236546  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2160  sigma-54 activated regulatory protein  40.51 
 
 
724 aa  100  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1741  sigma-54 dependent transcriptional regulator  39.43 
 
 
609 aa  100  5e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.606989  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6153  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.2 
 
 
689 aa  100  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.936504 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3427  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.95 
 
 
648 aa  99  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.535868 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0890  sigma-54 dependent transcriptional regulator  39.87 
 
 
646 aa  99  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.245781  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1744  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.12 
 
 
652 aa  98.2  3e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0785861  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2092  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.83 
 
 
676 aa  97.4  5e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000637573  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3606  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.91 
 
 
647 aa  97.1  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.833415  normal  0.824204 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2486  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.29 
 
 
672 aa  97.1  6e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.141183 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3234  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.43 
 
 
699 aa  97.1  7e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0436708  normal  0.309737 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4569  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.82 
 
 
638 aa  96.7  8e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.375383 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5969  putative phytochrome sensor protein  35.83 
 
 
663 aa  95.9  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.118543  normal  0.0102226 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3148  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.11 
 
 
628 aa  95.9  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5127  putative sigma-54-dependent transcriptional regulator, HTH Fis-type family  32.66 
 
 
654 aa  95.9  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.53901  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5659  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.43 
 
 
663 aa  95.5  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1075  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.19 
 
 
687 aa  95.1  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.990194  normal  0.0882884 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3392  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.46 
 
 
689 aa  95.5  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.549461  normal  0.181007 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>