291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_2406 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_2406  putative phytochrome sensor protein  100 
 
 
411 aa  799    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.264352  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0123  putative GAF sensor protein  56.68 
 
 
435 aa  430  1e-119  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0710006  normal  0.587329 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0626  putative GAF sensor protein  56.85 
 
 
438 aa  415  9.999999999999999e-116  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.19593  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0619  putative GAF sensor protein  56.6 
 
 
437 aa  414  1e-114  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.351547 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0639  putative GAF sensor protein  56.85 
 
 
437 aa  414  1e-114  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0790  putative GAF sensor protein  56.57 
 
 
441 aa  411  1e-114  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.7264 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1944  GAF domain protein  57.22 
 
 
410 aa  403  1e-111  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.844857  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2239  putative phytochrome sensor protein  49.25 
 
 
439 aa  334  2e-90  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0494571  normal  0.300779 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2144  putative phytochrome sensor protein  50.25 
 
 
422 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0926933  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2991  putative phytochrome sensor protein  45.19 
 
 
406 aa  291  1e-77  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000148631  hitchhiker  0.00186594 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21230  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  43.92 
 
 
419 aa  286  5e-76  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.259809  normal  0.259363 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1488  transcriptional regulator domain protein  38.07 
 
 
414 aa  239  6.999999999999999e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.446993  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1985  putative phytochrome sensor protein  42.27 
 
 
501 aa  202  9.999999999999999e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000196464  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1781  putative phytochrome sensor protein  39.09 
 
 
488 aa  193  4e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0281  putative phytochrome sensor protein  38.3 
 
 
503 aa  192  1e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1094  transcriptional regulator domain protein  38.46 
 
 
556 aa  189  5.999999999999999e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1088  putative phytochrome sensor protein  39.63 
 
 
471 aa  181  2e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4867  putative phytochrome sensor protein  33.88 
 
 
538 aa  158  1e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.752345  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0878  putative GAF sensor protein  43.69 
 
 
428 aa  145  1e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0958  GAF domain-containing protein  41.67 
 
 
426 aa  130  3e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.165428 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4927  putative phytochrome sensor protein  40.28 
 
 
464 aa  130  6e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0896  putative phytochrome sensor protein  39.23 
 
 
426 aa  126  7e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0355459 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3089  transcriptional regulator  41.67 
 
 
466 aa  125  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.973377  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2789  putative phytochrome sensor protein  41.9 
 
 
448 aa  124  3e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0234289 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1466  putative GAF sensor protein  43.5 
 
 
441 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.515948 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4955  putative GAF sensor protein  43.82 
 
 
439 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.925113  normal  0.421333 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6153  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.71 
 
 
689 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.936504 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1777  putative phytochrome sensor protein  39.91 
 
 
460 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00250628  normal  0.11028 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3637  putative sigma-54-dependent transcriptional regulator  38.97 
 
 
646 aa  113  6e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.772793 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0944  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.33 
 
 
673 aa  113  7.000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0169  putative phytochrome sensor protein  40.44 
 
 
440 aa  112  9e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.234973  hitchhiker  0.00233014 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4882  putative phytochrome sensor protein  45.18 
 
 
445 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4057  putative phytochrome sensor protein  41.34 
 
 
409 aa  110  4.0000000000000004e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1017  helix-turn-helix, Fis-type  36.36 
 
 
679 aa  110  6e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6170  helix-turn-helix, Fis-type  37.31 
 
 
677 aa  109  8.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0094108  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5524  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.72 
 
 
640 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.118768 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1028  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.86 
 
 
642 aa  106  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.833434 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.16 
 
 
643 aa  105  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0108  GAF domain protein  36.36 
 
 
422 aa  104  2e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0472317  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2521  putative acetoin operon transcriptional activator  29.7 
 
 
616 aa  103  6e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0060669 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2772  putative acetoin operon transcriptional activator  30.56 
 
 
616 aa  102  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4104  sigma54 specific transcriptional regulator  35.98 
 
 
661 aa  102  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2530  sigma-54-dependent transcriptional activator  31.28 
 
 
616 aa  100  3e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000702364  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2768  putative acetoin operon transcriptional activator  31.28 
 
 
616 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00807774 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2794  acetoin operon transcriptional activator, putative  31.84 
 
 
616 aa  100  4e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000141006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2574  acetoin operon transcriptional activator  31.28 
 
 
616 aa  100  4e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.500823  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2495  sigma-54-dependent transcriptional activator  31.28 
 
 
616 aa  100  4e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.292908  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2761  acetoin operon transcriptional activator  31.28 
 
 
616 aa  100  4e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.822061  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2815  putative acetoin operon transcriptional activator  31.28 
 
 
616 aa  100  4e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.183654  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3971  transcriptional regulator domain-containing protein  36.78 
 
 
411 aa  100  4e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2035  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.27 
 
 
655 aa  100  5e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3392  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  28.81 
 
 
689 aa  100  6e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.549461  normal  0.181007 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1646  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  29.8 
 
 
689 aa  100  7e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.346775 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2563  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.17 
 
 
616 aa  99.8  8e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.067017  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4400  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.93 
 
 
669 aa  99.4  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.916028  normal  0.547202 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1337  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.72 
 
 
679 aa  99.4  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0956  transcriptional regulatory protein  37.3 
 
 
678 aa  99.4  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3466  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.27 
 
 
677 aa  99  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.297654  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4363  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.11 
 
 
653 aa  98.2  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1963  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.62 
 
 
647 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3606  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.77 
 
 
647 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.833415  normal  0.824204 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3508  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.97 
 
 
631 aa  98.2  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.62585  normal  0.777237 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2091  transcriptional regulator  40.91 
 
 
417 aa  98.6  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0885  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.44 
 
 
661 aa  97.8  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0287148  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1744  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.79 
 
 
652 aa  97.8  3e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0785861  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1375  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.33 
 
 
644 aa  97.1  5e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2864  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.62 
 
 
651 aa  96.7  8e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414238  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11420  sigma54-dependent activator protein  37.84 
 
 
664 aa  95.9  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4569  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.77 
 
 
638 aa  94.4  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.375383 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20940  sigma54-dependent activator protein AcxR  33.02 
 
 
664 aa  92  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.627215  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1166  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.37 
 
 
675 aa  92  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.321857  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2095  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.03 
 
 
454 aa  90.9  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2010  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.03 
 
 
454 aa  90.9  3e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2800  putative AcoR, transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  32.08 
 
 
645 aa  90.9  4e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1500  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.08 
 
 
645 aa  90.5  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.18284  normal  0.234549 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3636  sigma54 specific transcriptional regulator  34.38 
 
 
616 aa  90.5  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.521213 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1699  acetoin operon expression regulatory protein  26.39 
 
 
671 aa  90.5  5e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.263456  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1000  helix-turn-helix, Fis-type  33.64 
 
 
661 aa  89.7  8e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2411  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  40.26 
 
 
595 aa  89.4  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0899  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.33 
 
 
632 aa  89.4  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.599128  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.33 
 
 
632 aa  89.4  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.917083  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1741  sigma-54 dependent transcriptional regulator  33.18 
 
 
609 aa  89  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.606989  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1736  helix-turn-helix, Fis-type  30.38 
 
 
617 aa  89  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.590224  normal 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3906  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  32.13 
 
 
680 aa  88.2  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1863  sigma-54 dependent transcriptional regulator  33.53 
 
 
605 aa  87.8  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0932  sigma54 specific transcriptional regulator  34.72 
 
 
653 aa  87.8  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.702555  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6248  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.87 
 
 
708 aa  87.8  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423516  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1975  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.53 
 
 
614 aa  87.8  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3273  putative GAF sensor protein  44.07 
 
 
438 aa  87.4  5e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0845343 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3741  sigma-54 dependent transcriptional regulator  29.17 
 
 
617 aa  87  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.130884  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1556  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.39 
 
 
657 aa  87  5e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2486  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.16 
 
 
672 aa  87.4  5e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.141183 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2092  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.16 
 
 
676 aa  87  6e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000637573  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2870  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.35 
 
 
676 aa  85.9  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.360055  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4264  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.76 
 
 
602 aa  85.9  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0309  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.33 
 
 
657 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5308  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  40.82 
 
 
634 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0711362 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3388  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  40.82 
 
 
637 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5649  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.58 
 
 
653 aa  85.1  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00169895 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4979  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  40.82 
 
 
637 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.219279  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>