More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6248 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A0479  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  56.8 
 
 
712 aa  757    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1778  helix-turn-helix, Fis-type  52.1 
 
 
673 aa  647    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2092  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.43 
 
 
676 aa  659    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000637573  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2583  sigma-54 activated regulatory protein  55.54 
 
 
709 aa  710    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0309  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  51.71 
 
 
657 aa  659    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6248  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  100 
 
 
708 aa  1435    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423516  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2486  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.65 
 
 
672 aa  670    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.141183 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1790  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  61.03 
 
 
753 aa  828    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000112297 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5127  putative sigma-54-dependent transcriptional regulator, HTH Fis-type family  50.81 
 
 
654 aa  640    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.53901  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3245  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  52.54 
 
 
680 aa  647    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5158  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  52.54 
 
 
680 aa  652    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.493898 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5123  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  52.54 
 
 
680 aa  647    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0328449  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1075  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.5 
 
 
687 aa  632  1e-179  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.990194  normal  0.0882884 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5969  putative phytochrome sensor protein  56.36 
 
 
663 aa  628  1e-179  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.118543  normal  0.0102226 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5659  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.78 
 
 
663 aa  627  1e-178  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0735  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  50.22 
 
 
683 aa  623  1e-177  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.431182  normal  0.0765632 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1840  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  51.11 
 
 
667 aa  620  1e-176  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.286624  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5897  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  56.13 
 
 
669 aa  615  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.313078 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6164  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  55.97 
 
 
666 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1691  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.52 
 
 
667 aa  610  1e-173  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3234  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  49.21 
 
 
699 aa  605  9.999999999999999e-173  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0436708  normal  0.309737 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3427  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  49.42 
 
 
648 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.535868 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0285  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.14 
 
 
687 aa  598  1e-169  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0800  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.38 
 
 
646 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.236546  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2160  sigma-54 activated regulatory protein  46.38 
 
 
724 aa  561  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1819  sigma-54 activated regulatory protein  47.32 
 
 
651 aa  556  1e-157  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3641  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  47.07 
 
 
691 aa  555  1e-157  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.651676  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4922  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  46 
 
 
629 aa  558  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.330349  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5308  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  47.08 
 
 
634 aa  553  1e-156  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0711362 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0890  sigma-54 dependent transcriptional regulator  46.63 
 
 
646 aa  553  1e-156  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.245781  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3388  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  47.08 
 
 
637 aa  554  1e-156  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4403  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  46.35 
 
 
628 aa  552  1e-156  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.235944 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4979  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  47.08 
 
 
637 aa  554  1e-156  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.219279  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0698  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  47 
 
 
637 aa  551  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3538  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  46.19 
 
 
660 aa  534  1e-150  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1556  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  45.25 
 
 
657 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2813  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.9 
 
 
699 aa  515  1e-144  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.475478  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2864  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.44 
 
 
651 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414238  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2870  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.46 
 
 
676 aa  499  1e-140  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.360055  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1000  helix-turn-helix, Fis-type  43.72 
 
 
661 aa  501  1e-140  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0899  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.03 
 
 
632 aa  498  1e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.599128  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.03 
 
 
632 aa  498  1e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.917083  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1741  sigma-54 dependent transcriptional regulator  42.81 
 
 
609 aa  490  1e-137  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.606989  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4569  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.32 
 
 
638 aa  486  1e-136  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.375383 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0932  sigma54 specific transcriptional regulator  42.97 
 
 
653 aa  478  1e-133  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.702555  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1963  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.32 
 
 
647 aa  465  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5649  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  41.79 
 
 
653 aa  451  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00169895 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1744  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  41.37 
 
 
652 aa  447  1.0000000000000001e-124  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0785861  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0343  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  40.49 
 
 
640 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00036469  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6490  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  40.66 
 
 
701 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519588  normal  0.249204 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2614  putative transcriptional regulator  40.35 
 
 
682 aa  410  1e-113  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5954  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  40.72 
 
 
677 aa  409  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0983903 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3077  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.85 
 
 
682 aa  406  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4584  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.26 
 
 
692 aa  403  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.821565 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3636  sigma54 specific transcriptional regulator  37.01 
 
 
616 aa  404  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.521213 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3145  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.56 
 
 
705 aa  404  1e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2439  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.51 
 
 
625 aa  404  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.255171 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2041  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.11 
 
 
611 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.637814 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7557  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.09 
 
 
627 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0336  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  38.18 
 
 
684 aa  400  9.999999999999999e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2736  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.32 
 
 
662 aa  400  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.419098 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3741  sigma-54 dependent transcriptional regulator  36.46 
 
 
617 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.130884  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1736  helix-turn-helix, Fis-type  38 
 
 
617 aa  393  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.590224  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0598  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  40.09 
 
 
661 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0365  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.46 
 
 
633 aa  394  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0633679  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08020  Sigma54-dependent transcriptional activator  38.71 
 
 
631 aa  394  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.288355  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0367  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.21 
 
 
696 aa  392  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.569096  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0591  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.73 
 
 
671 aa  388  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.495015  normal  0.162414 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0585  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.54 
 
 
671 aa  388  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3175  putative GAF sensor protein  36.14 
 
 
629 aa  383  1e-105  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0546  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.17 
 
 
725 aa  385  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2469  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.35 
 
 
636 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.416044  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1088  transcriptional regulator  38.13 
 
 
640 aa  383  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3771  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.74 
 
 
619 aa  383  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0251  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.04 
 
 
628 aa  384  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000347396 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0252  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.85 
 
 
652 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2301  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.17 
 
 
636 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0249  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.84 
 
 
626 aa  382  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1039  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.54 
 
 
666 aa  380  1e-104  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3467  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.01 
 
 
636 aa  379  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0253  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.92 
 
 
652 aa  378  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000233378 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4988  sigma54 specific transcriptional regulator  38.07 
 
 
638 aa  376  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2951  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.99 
 
 
639 aa  379  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0236757  normal  0.346853 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4479  sigma-54 dependent transcriptional regulator  34.9 
 
 
616 aa  373  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0902  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  37.72 
 
 
672 aa  374  1e-102  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0249  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.63 
 
 
652 aa  375  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1734  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  37.65 
 
 
682 aa  371  1e-101  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0270  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.51 
 
 
598 aa  367  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000773835 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6814  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  41.17 
 
 
630 aa  362  1e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.890865  normal  0.850064 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2338  sigma-54 factor, interaction region  34.06 
 
 
612 aa  359  9.999999999999999e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00232257  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0381  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.64 
 
 
663 aa  356  8.999999999999999e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.24565  normal  0.15807 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11830  transcriptional regulator  40.41 
 
 
643 aa  354  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0962439  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02421  hypothetical protein  33.68 
 
 
587 aa  354  4e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1458  helix-turn-helix, Fis-type  37.11 
 
 
635 aa  353  5e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3573  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.07 
 
 
591 aa  351  2e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2789  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38 
 
 
668 aa  350  5e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4952  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.84 
 
 
666 aa  350  5e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.656553 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3109  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.12 
 
 
666 aa  348  2e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3434  sigma-54 dependent transcriptional regulator  37.5 
 
 
602 aa  347  3e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.66609  normal  0.268345 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3129  transcription regulator protein  40.73 
 
 
637 aa  345  2e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.869922  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>