292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4927 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_4927  putative phytochrome sensor protein  100 
 
 
464 aa  884    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1777  putative phytochrome sensor protein  50.92 
 
 
460 aa  355  1e-96  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00250628  normal  0.11028 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1466  putative GAF sensor protein  48.22 
 
 
441 aa  308  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.515948 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4955  putative GAF sensor protein  48.14 
 
 
439 aa  300  3e-80  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.925113  normal  0.421333 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0896  putative phytochrome sensor protein  47.24 
 
 
426 aa  297  3e-79  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0355459 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2789  putative phytochrome sensor protein  42.92 
 
 
448 aa  295  1e-78  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0234289 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0958  GAF domain-containing protein  47 
 
 
426 aa  295  1e-78  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.165428 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3089  transcriptional regulator  44.04 
 
 
466 aa  291  2e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.973377  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4882  putative phytochrome sensor protein  49.89 
 
 
445 aa  289  7e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13420  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  45.63 
 
 
463 aa  281  1e-74  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.439429 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4057  putative phytochrome sensor protein  48.38 
 
 
409 aa  280  4e-74  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0169  putative phytochrome sensor protein  46.9 
 
 
440 aa  280  5e-74  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.234973  hitchhiker  0.00233014 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2091  transcriptional regulator  44.83 
 
 
417 aa  262  1e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3273  putative GAF sensor protein  45.08 
 
 
438 aa  240  2.9999999999999997e-62  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0845343 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0108  GAF domain protein  39.86 
 
 
422 aa  233  5e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0472317  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0281  putative phytochrome sensor protein  37.39 
 
 
503 aa  205  2e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21450  Transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  37.24 
 
 
489 aa  198  1.0000000000000001e-49  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1088  putative phytochrome sensor protein  36.12 
 
 
471 aa  189  7e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1094  transcriptional regulator domain protein  33.73 
 
 
556 aa  187  3e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0878  putative GAF sensor protein  32.55 
 
 
428 aa  171  3e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2239  putative phytochrome sensor protein  35.47 
 
 
439 aa  168  2e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0494571  normal  0.300779 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4867  putative phytochrome sensor protein  44.44 
 
 
538 aa  164  2.0000000000000002e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.752345  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3971  transcriptional regulator domain-containing protein  33.49 
 
 
411 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2991  putative phytochrome sensor protein  41.63 
 
 
406 aa  145  2e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000148631  hitchhiker  0.00186594 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1781  putative phytochrome sensor protein  43.01 
 
 
488 aa  145  2e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21230  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  34.12 
 
 
419 aa  141  1.9999999999999998e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.259809  normal  0.259363 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1944  GAF domain protein  34.13 
 
 
410 aa  139  1e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.844857  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0123  putative GAF sensor protein  31.9 
 
 
435 aa  138  2e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0710006  normal  0.587329 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2406  putative phytochrome sensor protein  32.9 
 
 
411 aa  134  3.9999999999999996e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.264352  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0626  putative GAF sensor protein  36.49 
 
 
438 aa  126  1e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.19593  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0639  putative GAF sensor protein  36.49 
 
 
437 aa  125  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0619  putative GAF sensor protein  36.02 
 
 
437 aa  125  2e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.351547 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1985  putative phytochrome sensor protein  42.13 
 
 
501 aa  123  6e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000196464  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3466  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.93 
 
 
677 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.297654  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11420  sigma54-dependent activator protein  33.9 
 
 
664 aa  118  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1337  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.56 
 
 
679 aa  117  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2144  putative phytochrome sensor protein  41.12 
 
 
422 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0926933  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0944  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.74 
 
 
673 aa  114  4.0000000000000004e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0790  putative GAF sensor protein  35.07 
 
 
441 aa  114  5e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.7264 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.03 
 
 
643 aa  113  6e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1017  helix-turn-helix, Fis-type  35.59 
 
 
679 aa  113  9e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3906  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  32.23 
 
 
680 aa  112  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1166  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.45 
 
 
675 aa  111  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.321857  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3637  putative sigma-54-dependent transcriptional regulator  38.21 
 
 
646 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.772793 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20940  sigma54-dependent activator protein AcxR  32.72 
 
 
664 aa  107  5e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.627215  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6170  helix-turn-helix, Fis-type  32.92 
 
 
677 aa  106  8e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0094108  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6153  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.11 
 
 
689 aa  105  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.936504 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4400  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.93 
 
 
669 aa  104  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.916028  normal  0.547202 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1028  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.59 
 
 
642 aa  102  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.833434 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4104  sigma54 specific transcriptional regulator  35.79 
 
 
661 aa  101  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1488  transcriptional regulator domain protein  33.33 
 
 
414 aa  101  3e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.446993  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1836  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.36 
 
 
601 aa  101  3e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5524  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.98 
 
 
640 aa  101  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.118768 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2815  putative acetoin operon transcriptional activator  29.89 
 
 
616 aa  100  5e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.183654  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2563  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.89 
 
 
616 aa  100  5e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.067017  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2794  acetoin operon transcriptional activator, putative  30.15 
 
 
616 aa  100  6e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000141006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2574  acetoin operon transcriptional activator  29.89 
 
 
616 aa  99.4  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.500823  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2761  acetoin operon transcriptional activator  29.89 
 
 
616 aa  99.4  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.822061  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2768  putative acetoin operon transcriptional activator  29.89 
 
 
616 aa  99.4  1e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00807774 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1691  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.68 
 
 
667 aa  99.4  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1840  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.68 
 
 
667 aa  99.4  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.286624  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2530  sigma-54-dependent transcriptional activator  29.89 
 
 
616 aa  99  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000702364  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2495  sigma-54-dependent transcriptional activator  29.89 
 
 
616 aa  99  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.292908  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2521  putative acetoin operon transcriptional activator  29.89 
 
 
616 aa  98.2  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0060669 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2772  putative acetoin operon transcriptional activator  29.89 
 
 
616 aa  98.2  3e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3234  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  40.82 
 
 
699 aa  96.7  9e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0436708  normal  0.309737 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4363  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.27 
 
 
653 aa  96.3  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2035  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.96 
 
 
655 aa  95.1  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3538  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.82 
 
 
660 aa  94.4  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3508  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.52 
 
 
631 aa  92.4  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.62585  normal  0.777237 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3606  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.27 
 
 
647 aa  92  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.833415  normal  0.824204 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4264  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.02 
 
 
602 aa  91.3  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0956  transcriptional regulatory protein  32.83 
 
 
678 aa  90.1  7e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3392  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.93 
 
 
689 aa  89.7  9e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.549461  normal  0.181007 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1500  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.01 
 
 
645 aa  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.18284  normal  0.234549 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2800  putative AcoR, transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  29.01 
 
 
645 aa  89.7  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0698  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.1 
 
 
637 aa  89.7  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2979  hypothetical protein  40.48 
 
 
194 aa  89  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4569  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.86 
 
 
638 aa  87.8  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.375383 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3388  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.1 
 
 
637 aa  87.8  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4979  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.1 
 
 
637 aa  87.8  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.219279  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5308  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.1 
 
 
634 aa  87.4  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0711362 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4922  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.35 
 
 
629 aa  86.7  8e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.330349  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0608  sigma-54 dependent transcriptional activator  32.23 
 
 
664 aa  86.7  9e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00482359 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4403  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.35 
 
 
628 aa  86.7  9e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.235944 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2010  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.96 
 
 
454 aa  85.9  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2095  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.96 
 
 
454 aa  85.5  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0890  sigma-54 dependent transcriptional regulator  36.36 
 
 
646 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.245781  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3641  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.59 
 
 
691 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.651676  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0800  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.36 
 
 
646 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.236546  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2160  sigma-54 activated regulatory protein  36.36 
 
 
724 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1556  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  28.87 
 
 
657 aa  84.7  0.000000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1819  sigma-54 activated regulatory protein  35.66 
 
 
651 aa  84  0.000000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2092  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.58 
 
 
676 aa  84  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000637573  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0251  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.31 
 
 
628 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000347396 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3559  helix-turn-helix Fis-type  29.65 
 
 
590 aa  83.6  0.000000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0123539  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1741  sigma-54 dependent transcriptional regulator  32.43 
 
 
609 aa  83.6  0.000000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.606989  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0343  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.09 
 
 
640 aa  83.2  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00036469  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3771  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.31 
 
 
619 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2486  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.89 
 
 
672 aa  82.8  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.141183 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>