290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Achl_2789 on replicon NC_011886
Organism: Arthrobacter chlorophenolicus A6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011886  Achl_2789  putative phytochrome sensor protein  100 
 
 
448 aa  882    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0234289 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3089  transcriptional regulator  80.09 
 
 
466 aa  659    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.973377  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13420  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  50.22 
 
 
463 aa  368  1e-100  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.439429 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4927  putative phytochrome sensor protein  43.08 
 
 
464 aa  290  3e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1466  putative GAF sensor protein  43.96 
 
 
441 aa  267  4e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.515948 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4955  putative GAF sensor protein  43.56 
 
 
439 aa  260  3e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.925113  normal  0.421333 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1777  putative phytochrome sensor protein  40.42 
 
 
460 aa  260  4e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00250628  normal  0.11028 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4882  putative phytochrome sensor protein  42.06 
 
 
445 aa  258  1e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21450  Transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  39.14 
 
 
489 aa  252  8.000000000000001e-66  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2091  transcriptional regulator  40.81 
 
 
417 aa  252  1e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4057  putative phytochrome sensor protein  43.68 
 
 
409 aa  250  4e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0169  putative phytochrome sensor protein  39.46 
 
 
440 aa  243  6e-63  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.234973  hitchhiker  0.00233014 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0896  putative phytochrome sensor protein  39.32 
 
 
426 aa  227  4e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0355459 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0958  GAF domain-containing protein  39.9 
 
 
426 aa  225  1e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.165428 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1088  putative phytochrome sensor protein  36.3 
 
 
471 aa  221  3e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0108  GAF domain protein  35.19 
 
 
422 aa  214  1.9999999999999998e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0472317  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3273  putative GAF sensor protein  37.26 
 
 
438 aa  196  9e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0845343 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1781  putative phytochrome sensor protein  34.47 
 
 
488 aa  193  4e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3971  transcriptional regulator domain-containing protein  35.79 
 
 
411 aa  177  2e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0878  putative GAF sensor protein  30.13 
 
 
428 aa  162  1e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2239  putative phytochrome sensor protein  31.72 
 
 
439 aa  159  7e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0494571  normal  0.300779 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4867  putative phytochrome sensor protein  46.93 
 
 
538 aa  155  1e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.752345  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1985  putative phytochrome sensor protein  37.91 
 
 
501 aa  144  4e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000196464  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21230  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  33.6 
 
 
419 aa  143  5e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.259809  normal  0.259363 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0123  putative GAF sensor protein  31.68 
 
 
435 aa  142  9.999999999999999e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0710006  normal  0.587329 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1944  GAF domain protein  31.81 
 
 
410 aa  141  1.9999999999999998e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.844857  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2991  putative phytochrome sensor protein  39.91 
 
 
406 aa  140  4.999999999999999e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000148631  hitchhiker  0.00186594 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0281  putative phytochrome sensor protein  39.46 
 
 
503 aa  135  9.999999999999999e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2144  putative phytochrome sensor protein  32.35 
 
 
422 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0926933  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.63 
 
 
643 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1488  transcriptional regulator domain protein  31.92 
 
 
414 aa  126  6e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.446993  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0639  putative GAF sensor protein  30.03 
 
 
437 aa  126  8.000000000000001e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0626  putative GAF sensor protein  30.03 
 
 
438 aa  126  9e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.19593  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0619  putative GAF sensor protein  29.76 
 
 
437 aa  122  9e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.351547 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1094  transcriptional regulator domain protein  35.48 
 
 
556 aa  120  3e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11420  sigma54-dependent activator protein  33.62 
 
 
664 aa  119  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0790  putative GAF sensor protein  36.96 
 
 
441 aa  116  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.7264 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2406  putative phytochrome sensor protein  41.9 
 
 
411 aa  114  3e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.264352  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1166  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.62 
 
 
675 aa  111  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.321857  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0944  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.39 
 
 
673 aa  108  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1337  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.82 
 
 
679 aa  108  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3466  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.18 
 
 
677 aa  107  4e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.297654  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6170  helix-turn-helix, Fis-type  35.42 
 
 
677 aa  103  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0094108  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3906  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  31.86 
 
 
680 aa  101  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4264  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.43 
 
 
602 aa  100  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2794  acetoin operon transcriptional activator, putative  30.85 
 
 
616 aa  98.2  3e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000141006  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3637  putative sigma-54-dependent transcriptional regulator  36.57 
 
 
646 aa  97.8  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.772793 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6153  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.04 
 
 
689 aa  97.4  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.936504 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2563  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.32 
 
 
616 aa  97.1  6e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.067017  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2574  acetoin operon transcriptional activator  29.79 
 
 
616 aa  96.7  8e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.500823  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2495  sigma-54-dependent transcriptional activator  29.79 
 
 
616 aa  96.7  8e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.292908  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2761  acetoin operon transcriptional activator  29.79 
 
 
616 aa  96.7  8e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.822061  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2815  putative acetoin operon transcriptional activator  29.41 
 
 
616 aa  96.7  8e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.183654  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2768  putative acetoin operon transcriptional activator  29.79 
 
 
616 aa  96.7  8e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00807774 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2530  sigma-54-dependent transcriptional activator  29.79 
 
 
616 aa  96.3  9e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000702364  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1017  helix-turn-helix, Fis-type  33.53 
 
 
679 aa  95.9  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2035  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.42 
 
 
655 aa  95.9  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20940  sigma54-dependent activator protein AcxR  30.92 
 
 
664 aa  94.7  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.627215  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2521  putative acetoin operon transcriptional activator  28.64 
 
 
616 aa  94  5e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0060669 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1699  acetoin operon expression regulatory protein  30.6 
 
 
671 aa  93.2  7e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.263456  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2010  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.17 
 
 
454 aa  92.4  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2095  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.17 
 
 
454 aa  92.4  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5524  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.33 
 
 
640 aa  91.7  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.118768 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0956  transcriptional regulatory protein  33.53 
 
 
678 aa  91.7  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2979  hypothetical protein  36.14 
 
 
194 aa  91.3  3e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2772  putative acetoin operon transcriptional activator  28.19 
 
 
616 aa  91.3  3e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3606  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.33 
 
 
647 aa  88.6  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.833415  normal  0.824204 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0343  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.48 
 
 
640 aa  87.8  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00036469  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0885  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.84 
 
 
661 aa  87.8  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0287148  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4104  sigma54 specific transcriptional regulator  32.42 
 
 
661 aa  86.7  8e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4400  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.53 
 
 
669 aa  86.7  8e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.916028  normal  0.547202 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2864  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  29.63 
 
 
651 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414238  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0602  hypothetical protein  40.68 
 
 
529 aa  85.5  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.779269  normal  0.126723 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1000  helix-turn-helix, Fis-type  32.05 
 
 
661 aa  84.7  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3641  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.43 
 
 
691 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.651676  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2092  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.85 
 
 
676 aa  84.3  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000637573  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4403  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.17 
 
 
628 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.235944 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4922  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.17 
 
 
629 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.330349  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2160  sigma-54 activated regulatory protein  38.4 
 
 
724 aa  84  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0800  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.4 
 
 
646 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.236546  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3508  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.77 
 
 
631 aa  83.6  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.62585  normal  0.777237 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1500  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  28.93 
 
 
645 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.18284  normal  0.234549 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3538  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.96 
 
 
660 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2800  putative AcoR, transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  28.93 
 
 
645 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0698  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.72 
 
 
637 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0890  sigma-54 dependent transcriptional regulator  38.21 
 
 
646 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.245781  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1691  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.15 
 
 
667 aa  82  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1819  sigma-54 activated regulatory protein  38.21 
 
 
651 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0309  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.82 
 
 
657 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1840  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.15 
 
 
667 aa  82  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.286624  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1963  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.74 
 
 
647 aa  81.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1556  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.89 
 
 
657 aa  80.9  0.00000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1375  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.69 
 
 
644 aa  81.3  0.00000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0608  sigma-54 dependent transcriptional activator  32.79 
 
 
664 aa  80.5  0.00000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00482359 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0285  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.49 
 
 
687 aa  80.5  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1741  sigma-54 dependent transcriptional regulator  38.35 
 
 
609 aa  80.5  0.00000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.606989  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5969  putative phytochrome sensor protein  31.94 
 
 
663 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.118543  normal  0.0102226 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2486  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.07 
 
 
672 aa  79.3  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.141183 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7189  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.79 
 
 
662 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000334896  normal  0.517977 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1836  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  29.84 
 
 
601 aa  79.3  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>