295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_3089 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011886  Achl_2789  putative phytochrome sensor protein  79.42 
 
 
448 aa  675    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0234289 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3089  transcriptional regulator  100 
 
 
466 aa  914    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.973377  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13420  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  49.44 
 
 
463 aa  360  4e-98  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.439429 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4927  putative phytochrome sensor protein  44.04 
 
 
464 aa  288  1e-76  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1466  putative GAF sensor protein  43.52 
 
 
441 aa  263  6.999999999999999e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.515948 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4882  putative phytochrome sensor protein  43.44 
 
 
445 aa  258  1e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1777  putative phytochrome sensor protein  41 
 
 
460 aa  256  4e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00250628  normal  0.11028 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4057  putative phytochrome sensor protein  43.6 
 
 
409 aa  253  5.000000000000001e-66  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4955  putative GAF sensor protein  42.23 
 
 
439 aa  250  4e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.925113  normal  0.421333 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2091  transcriptional regulator  40.62 
 
 
417 aa  249  6e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21450  Transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  38.98 
 
 
489 aa  246  6e-64  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0169  putative phytochrome sensor protein  38.89 
 
 
440 aa  230  4e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.234973  hitchhiker  0.00233014 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0958  GAF domain-containing protein  40.89 
 
 
426 aa  229  8e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.165428 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0896  putative phytochrome sensor protein  39.81 
 
 
426 aa  227  3e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0355459 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1088  putative phytochrome sensor protein  36.5 
 
 
471 aa  223  6e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1781  putative phytochrome sensor protein  34.24 
 
 
488 aa  211  3e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0108  GAF domain protein  34.84 
 
 
422 aa  206  7e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0472317  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3273  putative GAF sensor protein  37.35 
 
 
438 aa  195  1e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0845343 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3971  transcriptional regulator domain-containing protein  37.02 
 
 
411 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4867  putative phytochrome sensor protein  49.16 
 
 
538 aa  164  4.0000000000000004e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.752345  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0878  putative GAF sensor protein  30.53 
 
 
428 aa  161  3e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2239  putative phytochrome sensor protein  39.49 
 
 
439 aa  142  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0494571  normal  0.300779 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0281  putative phytochrome sensor protein  37.24 
 
 
503 aa  139  1e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2991  putative phytochrome sensor protein  32.72 
 
 
406 aa  137  4e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000148631  hitchhiker  0.00186594 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1944  GAF domain protein  39.36 
 
 
410 aa  133  6e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.844857  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21230  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  32.39 
 
 
419 aa  127  3e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.259809  normal  0.259363 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1985  putative phytochrome sensor protein  36.32 
 
 
501 aa  125  1e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000196464  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0123  putative GAF sensor protein  38.74 
 
 
435 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0710006  normal  0.587329 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2144  putative phytochrome sensor protein  39.69 
 
 
422 aa  119  9.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0926933  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1094  transcriptional regulator domain protein  36.87 
 
 
556 aa  119  9.999999999999999e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0790  putative GAF sensor protein  35.79 
 
 
441 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.7264 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0619  putative GAF sensor protein  35.64 
 
 
437 aa  118  3e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.351547 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.52 
 
 
643 aa  117  3e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0626  putative GAF sensor protein  35.64 
 
 
438 aa  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.19593  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0639  putative GAF sensor protein  35.64 
 
 
437 aa  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11420  sigma54-dependent activator protein  35.33 
 
 
664 aa  117  3.9999999999999997e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1166  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.2 
 
 
675 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.321857  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2406  putative phytochrome sensor protein  41.67 
 
 
411 aa  115  2.0000000000000002e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.264352  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1488  transcriptional regulator domain protein  28.17 
 
 
414 aa  112  2.0000000000000002e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.446993  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3466  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.85 
 
 
677 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.297654  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1337  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.51 
 
 
679 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0944  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.98 
 
 
673 aa  107  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3637  putative sigma-54-dependent transcriptional regulator  36.84 
 
 
646 aa  107  7e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.772793 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6170  helix-turn-helix, Fis-type  35.33 
 
 
677 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0094108  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6153  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.94 
 
 
689 aa  101  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.936504 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3906  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  31.91 
 
 
680 aa  101  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3508  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.9 
 
 
631 aa  100  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.62585  normal  0.777237 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20940  sigma54-dependent activator protein AcxR  29.62 
 
 
664 aa  98.6  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.627215  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0885  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.63 
 
 
661 aa  98.2  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0287148  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1699  acetoin operon expression regulatory protein  29.83 
 
 
671 aa  97.1  6e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.263456  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1017  helix-turn-helix, Fis-type  34.12 
 
 
679 aa  96.3  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4264  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.51 
 
 
602 aa  96.3  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2521  putative acetoin operon transcriptional activator  29.44 
 
 
616 aa  95.1  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0060669 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0956  transcriptional regulatory protein  33.33 
 
 
678 aa  94.7  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5524  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.69 
 
 
640 aa  94.7  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.118768 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2563  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  28.97 
 
 
616 aa  94.4  4e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.067017  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2035  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.12 
 
 
655 aa  93.6  6e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2772  putative acetoin operon transcriptional activator  28.97 
 
 
616 aa  93.6  6e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2574  acetoin operon transcriptional activator  28.97 
 
 
616 aa  93.6  7e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.500823  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2530  sigma-54-dependent transcriptional activator  28.97 
 
 
616 aa  93.6  7e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000702364  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2495  sigma-54-dependent transcriptional activator  28.97 
 
 
616 aa  93.6  7e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.292908  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2768  putative acetoin operon transcriptional activator  28.97 
 
 
616 aa  93.6  7e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00807774 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2761  acetoin operon transcriptional activator  28.97 
 
 
616 aa  93.6  7e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.822061  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2794  acetoin operon transcriptional activator, putative  29.44 
 
 
616 aa  93.2  9e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000141006  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2815  putative acetoin operon transcriptional activator  30.11 
 
 
616 aa  92.8  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.183654  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4400  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.76 
 
 
669 aa  92.4  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.916028  normal  0.547202 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1963  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.46 
 
 
647 aa  90.1  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0343  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.91 
 
 
640 aa  89.4  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00036469  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4104  sigma54 specific transcriptional regulator  32.97 
 
 
661 aa  89.7  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2979  hypothetical protein  37.72 
 
 
194 aa  89.4  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2092  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.33 
 
 
676 aa  84.7  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000637573  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0584  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  35.79 
 
 
560 aa  84  0.000000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000469603 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2160  sigma-54 activated regulatory protein  36 
 
 
724 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0800  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36 
 
 
646 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.236546  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3606  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.61 
 
 
647 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.833415  normal  0.824204 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0608  sigma-54 dependent transcriptional activator  31.29 
 
 
664 aa  82  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00482359 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0932  sigma54 specific transcriptional regulator  32.29 
 
 
653 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.702555  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2010  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.16 
 
 
454 aa  81.3  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1744  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.5 
 
 
652 aa  81.6  0.00000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0785861  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2095  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.16 
 
 
454 aa  81.3  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0698  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.18 
 
 
637 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1819  sigma-54 activated regulatory protein  35.2 
 
 
651 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1028  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.4 
 
 
642 aa  80.9  0.00000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.833434 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1646  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  28.99 
 
 
689 aa  81.3  0.00000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.346775 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0890  sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.2 
 
 
646 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.245781  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0515  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.43 
 
 
623 aa  80.5  0.00000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000178347  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1691  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.46 
 
 
667 aa  80.5  0.00000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4922  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.18 
 
 
629 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.330349  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4403  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.18 
 
 
628 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.235944 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1840  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.46 
 
 
667 aa  80.5  0.00000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.286624  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3641  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.09 
 
 
691 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.651676  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0602  hypothetical protein  38.29 
 
 
529 aa  79.7  0.00000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.779269  normal  0.126723 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1375  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.63 
 
 
644 aa  79.7  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3392  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  26.57 
 
 
689 aa  79.3  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.549461  normal  0.181007 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1741  sigma-54 dependent transcriptional regulator  32.2 
 
 
609 aa  79  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.606989  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0309  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.2 
 
 
657 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3388  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.62 
 
 
637 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0285  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.94 
 
 
687 aa  79  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4979  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.62 
 
 
637 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.219279  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5308  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.62 
 
 
634 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0711362 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>