291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_1094 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_1094  transcriptional regulator domain protein  100 
 
 
556 aa  1084    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0281  putative phytochrome sensor protein  39.63 
 
 
503 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1088  putative phytochrome sensor protein  41.59 
 
 
471 aa  264  4e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1985  putative phytochrome sensor protein  38.19 
 
 
501 aa  235  2.0000000000000002e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000196464  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0878  putative GAF sensor protein  52.68 
 
 
428 aa  229  8e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1781  putative phytochrome sensor protein  37.91 
 
 
488 aa  229  1e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4867  putative phytochrome sensor protein  33.4 
 
 
538 aa  199  1.0000000000000001e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.752345  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0123  putative GAF sensor protein  36.7 
 
 
435 aa  193  6e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0710006  normal  0.587329 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1944  GAF domain protein  36.98 
 
 
410 aa  191  2.9999999999999997e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.844857  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2239  putative phytochrome sensor protein  35.6 
 
 
439 aa  185  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0494571  normal  0.300779 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0790  putative GAF sensor protein  34.91 
 
 
441 aa  183  8.000000000000001e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.7264 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2406  putative phytochrome sensor protein  38.46 
 
 
411 aa  178  2e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.264352  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0626  putative GAF sensor protein  36.18 
 
 
438 aa  176  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.19593  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0619  putative GAF sensor protein  35.34 
 
 
437 aa  176  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.351547 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0639  putative GAF sensor protein  36.18 
 
 
437 aa  176  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2991  putative phytochrome sensor protein  32.65 
 
 
406 aa  159  1e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000148631  hitchhiker  0.00186594 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21230  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  34.61 
 
 
419 aa  146  1e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.259809  normal  0.259363 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2144  putative phytochrome sensor protein  36.12 
 
 
422 aa  139  2e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0926933  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4927  putative phytochrome sensor protein  41.55 
 
 
464 aa  137  5e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1466  putative GAF sensor protein  40.8 
 
 
441 aa  137  5e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.515948 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0958  GAF domain-containing protein  38.35 
 
 
426 aa  136  8e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.165428 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4955  putative GAF sensor protein  39.3 
 
 
439 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.925113  normal  0.421333 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0896  putative phytochrome sensor protein  37.63 
 
 
426 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0355459 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1488  transcriptional regulator domain protein  31.17 
 
 
414 aa  131  3e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.446993  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4057  putative phytochrome sensor protein  42.29 
 
 
409 aa  120  9e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2789  putative phytochrome sensor protein  35.51 
 
 
448 aa  119  9.999999999999999e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0234289 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3089  transcriptional regulator  36.93 
 
 
466 aa  118  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.973377  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13420  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  41.71 
 
 
463 aa  117  5e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.439429 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4882  putative phytochrome sensor protein  41.18 
 
 
445 aa  117  6.9999999999999995e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0169  putative phytochrome sensor protein  40.93 
 
 
440 aa  114  3e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.234973  hitchhiker  0.00233014 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2091  transcriptional regulator  41.14 
 
 
417 aa  114  4.0000000000000004e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1777  putative phytochrome sensor protein  38.78 
 
 
460 aa  113  7.000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00250628  normal  0.11028 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.34 
 
 
643 aa  107  4e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11420  sigma54-dependent activator protein  36.44 
 
 
664 aa  104  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3273  putative GAF sensor protein  40 
 
 
438 aa  103  7e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0845343 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3971  transcriptional regulator domain-containing protein  38.46 
 
 
411 aa  102  2e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3906  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  33.6 
 
 
680 aa  99.8  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1556  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.79 
 
 
657 aa  97.8  4e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0108  GAF domain protein  35.87 
 
 
422 aa  97.1  9e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0472317  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1699  acetoin operon expression regulatory protein  29.76 
 
 
671 aa  96.3  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.263456  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1337  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.37 
 
 
679 aa  96.3  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0944  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.67 
 
 
673 aa  96.7  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0956  transcriptional regulatory protein  32.02 
 
 
678 aa  95.1  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3538  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.41 
 
 
660 aa  94.7  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1028  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.16 
 
 
642 aa  94.7  4e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.833434 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3637  putative sigma-54-dependent transcriptional regulator  30.59 
 
 
646 aa  94  7e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.772793 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0698  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  41.88 
 
 
637 aa  93.6  9e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0932  sigma54 specific transcriptional regulator  33.33 
 
 
653 aa  93.6  9e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.702555  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2794  acetoin operon transcriptional activator, putative  29.61 
 
 
616 aa  93.2  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000141006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2574  acetoin operon transcriptional activator  29.13 
 
 
616 aa  92.8  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.500823  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2530  sigma-54-dependent transcriptional activator  29.13 
 
 
616 aa  92.8  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000702364  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2495  sigma-54-dependent transcriptional activator  29.13 
 
 
616 aa  92.8  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.292908  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2768  putative acetoin operon transcriptional activator  29.13 
 
 
616 aa  92.8  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00807774 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2815  putative acetoin operon transcriptional activator  29.13 
 
 
616 aa  92.8  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.183654  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2761  acetoin operon transcriptional activator  29.13 
 
 
616 aa  92.8  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.822061  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5524  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.32 
 
 
640 aa  92.8  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.118768 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2035  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.16 
 
 
655 aa  92.8  1e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4400  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  28.07 
 
 
669 aa  93.2  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.916028  normal  0.547202 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0800  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.88 
 
 
646 aa  92  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.236546  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1017  helix-turn-helix, Fis-type  28.69 
 
 
679 aa  92  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5127  putative sigma-54-dependent transcriptional regulator, HTH Fis-type family  35.54 
 
 
654 aa  92.8  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.53901  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3388  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  42.74 
 
 
637 aa  92.8  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4979  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  42.74 
 
 
637 aa  92.8  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.219279  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5308  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  42.74 
 
 
634 aa  92.4  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0711362 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0735  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.59 
 
 
683 aa  92  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.431182  normal  0.0765632 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3641  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  43.59 
 
 
691 aa  92.8  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.651676  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2160  sigma-54 activated regulatory protein  41.88 
 
 
724 aa  92  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1819  sigma-54 activated regulatory protein  41.88 
 
 
651 aa  91.7  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2563  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  28.16 
 
 
616 aa  91.3  5e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.067017  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4104  sigma54 specific transcriptional regulator  34.2 
 
 
661 aa  91.3  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0890  sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.04 
 
 
646 aa  90.9  6e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.245781  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2521  putative acetoin operon transcriptional activator  28.64 
 
 
616 aa  90.9  6e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0060669 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4922  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  41.88 
 
 
629 aa  90.1  9e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.330349  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4403  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  41.88 
 
 
628 aa  90.1  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.235944 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2092  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.46 
 
 
676 aa  89.7  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000637573  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20940  sigma54-dependent activator protein AcxR  31.76 
 
 
664 aa  89  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.627215  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1778  helix-turn-helix, Fis-type  31.47 
 
 
673 aa  89  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3466  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.85 
 
 
677 aa  89.4  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.297654  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2772  putative acetoin operon transcriptional activator  28.99 
 
 
616 aa  88.6  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4569  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.17 
 
 
638 aa  89  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.375383 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6170  helix-turn-helix, Fis-type  33.83 
 
 
677 aa  88.6  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0094108  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2864  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.79 
 
 
651 aa  88.2  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414238  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2486  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.46 
 
 
672 aa  87.8  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.141183 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4363  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.63 
 
 
653 aa  87.8  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1790  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.48 
 
 
753 aa  87.8  5e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000112297 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1166  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.97 
 
 
675 aa  87.4  6e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.321857  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0750  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.5 
 
 
576 aa  87  8e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1000  helix-turn-helix, Fis-type  35.03 
 
 
661 aa  86.3  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1500  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.33 
 
 
645 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.18284  normal  0.234549 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2800  putative AcoR, transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  29 
 
 
645 aa  86.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3606  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.28 
 
 
647 aa  86.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.833415  normal  0.824204 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6248  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.58 
 
 
708 aa  85.9  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423516  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0309  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.8 
 
 
657 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1741  sigma-54 dependent transcriptional regulator  33.71 
 
 
609 aa  85.5  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.606989  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0885  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.68 
 
 
661 aa  85.5  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0287148  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1744  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.67 
 
 
652 aa  85.5  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0785861  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1400  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.44 
 
 
629 aa  84.7  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1963  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  29.09 
 
 
647 aa  84  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0608  sigma-54 dependent transcriptional activator  29.84 
 
 
664 aa  83.6  0.000000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00482359 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1863  sigma-54 dependent transcriptional regulator  29.19 
 
 
605 aa  83.6  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>