More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_2991 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_2991  putative phytochrome sensor protein  100 
 
 
406 aa  795    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000148631  hitchhiker  0.00186594 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21230  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  49.87 
 
 
419 aa  332  1e-89  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.259809  normal  0.259363 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1944  GAF domain protein  44.75 
 
 
410 aa  289  6e-77  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.844857  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0619  putative GAF sensor protein  42.93 
 
 
437 aa  284  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.351547 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2239  putative phytochrome sensor protein  44.87 
 
 
439 aa  283  3.0000000000000004e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0494571  normal  0.300779 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0626  putative GAF sensor protein  42.93 
 
 
438 aa  283  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.19593  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0639  putative GAF sensor protein  42.93 
 
 
437 aa  283  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2406  putative phytochrome sensor protein  45.19 
 
 
411 aa  283  4.0000000000000003e-75  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.264352  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0123  putative GAF sensor protein  43.77 
 
 
435 aa  279  5e-74  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0710006  normal  0.587329 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0790  putative GAF sensor protein  41.65 
 
 
441 aa  268  2e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.7264 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2144  putative phytochrome sensor protein  47.72 
 
 
422 aa  266  5.999999999999999e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0926933  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1488  transcriptional regulator domain protein  36.92 
 
 
414 aa  228  2e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.446993  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1781  putative phytochrome sensor protein  40.73 
 
 
488 aa  211  2e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1088  putative phytochrome sensor protein  41.84 
 
 
471 aa  198  2.0000000000000003e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1985  putative phytochrome sensor protein  39.2 
 
 
501 aa  191  1e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000196464  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0281  putative phytochrome sensor protein  40 
 
 
503 aa  190  4e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4867  putative phytochrome sensor protein  34.37 
 
 
538 aa  168  2e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.752345  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1094  transcriptional regulator domain protein  32.65 
 
 
556 aa  159  7e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4927  putative phytochrome sensor protein  41.63 
 
 
464 aa  144  2e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2789  putative phytochrome sensor protein  41.12 
 
 
448 aa  139  1e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0234289 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0878  putative GAF sensor protein  41 
 
 
428 aa  139  1e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3089  transcriptional regulator  41.01 
 
 
466 aa  136  7.000000000000001e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.973377  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4955  putative GAF sensor protein  41.88 
 
 
439 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.925113  normal  0.421333 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1466  putative GAF sensor protein  41.88 
 
 
441 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.515948 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0896  putative phytochrome sensor protein  40.11 
 
 
426 aa  130  3e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0355459 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0958  GAF domain-containing protein  41.15 
 
 
426 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.165428 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13420  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  40.66 
 
 
463 aa  127  3e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.439429 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  29.1 
 
 
643 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1777  putative phytochrome sensor protein  41.21 
 
 
460 aa  124  3e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00250628  normal  0.11028 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4882  putative phytochrome sensor protein  40.51 
 
 
445 aa  121  3e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4057  putative phytochrome sensor protein  36.54 
 
 
409 aa  119  9.999999999999999e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0169  putative phytochrome sensor protein  37 
 
 
440 aa  116  6e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.234973  hitchhiker  0.00233014 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6170  helix-turn-helix, Fis-type  34.39 
 
 
677 aa  113  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0094108  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3971  transcriptional regulator domain-containing protein  35.48 
 
 
411 aa  110  3e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1017  helix-turn-helix, Fis-type  32.08 
 
 
679 aa  108  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2091  transcriptional regulator  37.58 
 
 
417 aa  108  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4104  sigma54 specific transcriptional regulator  33.04 
 
 
661 aa  107  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3637  putative sigma-54-dependent transcriptional regulator  34.32 
 
 
646 aa  103  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.772793 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2035  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.36 
 
 
655 aa  102  1e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1556  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.68 
 
 
657 aa  102  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3538  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.12 
 
 
660 aa  100  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1028  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.37 
 
 
642 aa  100  4e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.833434 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0108  GAF domain protein  33.14 
 
 
422 aa  100  6e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0472317  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3273  putative GAF sensor protein  37.77 
 
 
438 aa  99.8  8e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0845343 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1000  helix-turn-helix, Fis-type  30.33 
 
 
661 aa  98.6  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2870  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.88 
 
 
676 aa  98.2  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.360055  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6248  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.11 
 
 
708 aa  97.8  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423516  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20940  sigma54-dependent activator protein AcxR  32.92 
 
 
664 aa  97.1  5e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.627215  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2521  putative acetoin operon transcriptional activator  30.27 
 
 
616 aa  97.1  5e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0060669 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0944  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.41 
 
 
673 aa  96.7  7e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2574  acetoin operon transcriptional activator  29.19 
 
 
616 aa  95.9  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.500823  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2530  sigma-54-dependent transcriptional activator  29.19 
 
 
616 aa  95.5  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000702364  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2495  sigma-54-dependent transcriptional activator  29.19 
 
 
616 aa  95.9  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.292908  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2815  putative acetoin operon transcriptional activator  29.19 
 
 
616 aa  95.9  1e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.183654  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2761  acetoin operon transcriptional activator  29.19 
 
 
616 aa  95.9  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.822061  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2768  putative acetoin operon transcriptional activator  29.19 
 
 
616 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00807774 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11420  sigma54-dependent activator protein  34.4 
 
 
664 aa  95.5  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2794  acetoin operon transcriptional activator, putative  29.19 
 
 
616 aa  95.5  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000141006  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0885  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  28.84 
 
 
661 aa  95.1  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0287148  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2563  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.19 
 
 
616 aa  95.5  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.067017  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2772  putative acetoin operon transcriptional activator  28.65 
 
 
616 aa  95.1  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1744  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.02 
 
 
652 aa  94.4  4e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0785861  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3392  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.8 
 
 
689 aa  93.6  6e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.549461  normal  0.181007 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2583  sigma-54 activated regulatory protein  33.86 
 
 
709 aa  93.6  6e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2800  putative AcoR, transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  31.12 
 
 
645 aa  93.2  7e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1500  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.12 
 
 
645 aa  93.2  7e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.18284  normal  0.234549 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3466  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.18 
 
 
677 aa  93.2  8e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.297654  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2813  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.64 
 
 
699 aa  92.8  9e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.475478  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2864  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.09 
 
 
651 aa  92.8  9e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414238  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1963  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.62 
 
 
647 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3906  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  31.5 
 
 
680 aa  90.9  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6153  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.54 
 
 
689 aa  90.9  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.936504 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1790  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.97 
 
 
753 aa  90.9  4e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000112297 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21450  Transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  39.5 
 
 
489 aa  90.5  4e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1337  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.68 
 
 
679 aa  90.1  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0608  sigma-54 dependent transcriptional activator  32.41 
 
 
664 aa  90.1  7e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00482359 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0698  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.78 
 
 
637 aa  89.7  8e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5308  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.23 
 
 
634 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0711362 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0285  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.7 
 
 
687 aa  89.4  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3388  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.23 
 
 
637 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4979  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.23 
 
 
637 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.219279  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0800  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.17 
 
 
646 aa  87.8  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.236546  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2160  sigma-54 activated regulatory protein  36.17 
 
 
724 aa  87.4  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0367  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.34 
 
 
696 aa  87.4  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.569096  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7189  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.56 
 
 
662 aa  87.4  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000334896  normal  0.517977 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2736  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.39 
 
 
662 aa  87.4  4e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.419098 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0932  sigma54 specific transcriptional regulator  32.44 
 
 
653 aa  87  5e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.702555  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4569  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.99 
 
 
638 aa  87  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.375383 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0396  sigma-54 dependent transcriptional activator  29.77 
 
 
664 aa  87  5e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6164  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.32 
 
 
666 aa  86.7  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1819  sigma-54 activated regulatory protein  35.46 
 
 
651 aa  86.7  7e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4363  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.59 
 
 
653 aa  86.7  8e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4403  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.16 
 
 
628 aa  86.3  8e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.235944 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4922  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.16 
 
 
629 aa  86.3  8e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.330349  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4264  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.5 
 
 
602 aa  86.7  8e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1646  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32 
 
 
689 aa  86.3  9e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.346775 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0479  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.47 
 
 
712 aa  86.3  9e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0309  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.29 
 
 
657 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0735  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  27.32 
 
 
683 aa  85.9  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.431182  normal  0.0765632 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1166  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.05 
 
 
675 aa  85.5  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.321857  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>