More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_2144 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_2144  putative phytochrome sensor protein  100 
 
 
422 aa  795    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0926933  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0619  putative GAF sensor protein  51.54 
 
 
437 aa  379  1e-104  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.351547 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0626  putative GAF sensor protein  51.54 
 
 
438 aa  379  1e-104  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.19593  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0639  putative GAF sensor protein  51.54 
 
 
437 aa  379  1e-104  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0123  putative GAF sensor protein  49.77 
 
 
435 aa  367  1e-100  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0710006  normal  0.587329 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0790  putative GAF sensor protein  48.94 
 
 
441 aa  365  1e-100  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.7264 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2239  putative phytochrome sensor protein  50.71 
 
 
439 aa  352  5.9999999999999994e-96  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0494571  normal  0.300779 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2406  putative phytochrome sensor protein  50.25 
 
 
411 aa  323  5e-87  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.264352  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1944  GAF domain protein  47.64 
 
 
410 aa  311  1e-83  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.844857  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2991  putative phytochrome sensor protein  47.8 
 
 
406 aa  291  1e-77  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000148631  hitchhiker  0.00186594 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21230  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  44.33 
 
 
419 aa  260  3e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.259809  normal  0.259363 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1781  putative phytochrome sensor protein  41.72 
 
 
488 aa  219  1e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1088  putative phytochrome sensor protein  43.92 
 
 
471 aa  214  1.9999999999999998e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1488  transcriptional regulator domain protein  36.57 
 
 
414 aa  206  5e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.446993  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0281  putative phytochrome sensor protein  40.15 
 
 
503 aa  199  6e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1985  putative phytochrome sensor protein  38.06 
 
 
501 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000196464  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4867  putative phytochrome sensor protein  34.89 
 
 
538 aa  169  1e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.752345  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1094  transcriptional regulator domain protein  36.12 
 
 
556 aa  154  4e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1777  putative phytochrome sensor protein  42.65 
 
 
460 aa  139  8.999999999999999e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00250628  normal  0.11028 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0958  GAF domain-containing protein  42.36 
 
 
426 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.165428 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4927  putative phytochrome sensor protein  41.15 
 
 
464 aa  136  5e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1466  putative GAF sensor protein  32.07 
 
 
441 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.515948 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4882  putative phytochrome sensor protein  43.08 
 
 
445 aa  134  3e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0896  putative phytochrome sensor protein  42.08 
 
 
426 aa  134  3.9999999999999996e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0355459 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4955  putative GAF sensor protein  32.39 
 
 
439 aa  132  7.999999999999999e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.925113  normal  0.421333 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13420  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  41.21 
 
 
463 aa  130  5.0000000000000004e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.439429 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2789  putative phytochrome sensor protein  37.82 
 
 
448 aa  127  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0234289 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3089  transcriptional regulator  38.76 
 
 
466 aa  127  5e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.973377  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0878  putative GAF sensor protein  37.86 
 
 
428 aa  124  3e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6170  helix-turn-helix, Fis-type  37.85 
 
 
677 aa  123  8e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0094108  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0108  GAF domain protein  41.01 
 
 
422 aa  120  3e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0472317  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0169  putative phytochrome sensor protein  41.54 
 
 
440 aa  119  9e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.234973  hitchhiker  0.00233014 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.65 
 
 
643 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2091  transcriptional regulator  41.67 
 
 
417 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1017  helix-turn-helix, Fis-type  32.13 
 
 
679 aa  111  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11420  sigma54-dependent activator protein  37.43 
 
 
664 aa  110  5e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4104  sigma54 specific transcriptional regulator  31.15 
 
 
661 aa  109  9.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1028  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.91 
 
 
642 aa  108  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.833434 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0944  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.29 
 
 
673 aa  108  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3273  putative GAF sensor protein  43.26 
 
 
438 aa  107  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0845343 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1166  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.16 
 
 
675 aa  107  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.321857  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1337  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.79 
 
 
679 aa  106  8e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3466  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.11 
 
 
677 aa  106  8e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.297654  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1744  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.34 
 
 
652 aa  106  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0785861  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3508  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.84 
 
 
631 aa  104  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.62585  normal  0.777237 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20940  sigma54-dependent activator protein AcxR  33.53 
 
 
664 aa  103  6e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.627215  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3637  putative sigma-54-dependent transcriptional regulator  37.36 
 
 
646 aa  102  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.772793 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1375  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.54 
 
 
644 aa  100  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3971  transcriptional regulator domain-containing protein  31.97 
 
 
411 aa  100  4e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1000  helix-turn-helix, Fis-type  33.64 
 
 
661 aa  99.8  8e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6153  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.52 
 
 
689 aa  99  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.936504 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4057  putative phytochrome sensor protein  35.06 
 
 
409 aa  99.4  1e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5524  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.95 
 
 
640 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.118768 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2521  putative acetoin operon transcriptional activator  29.41 
 
 
616 aa  97.8  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0060669 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0956  transcriptional regulatory protein  37.43 
 
 
678 aa  96.7  7e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1400  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.5 
 
 
629 aa  96.3  8e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2563  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  28.02 
 
 
616 aa  96.3  8e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.067017  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2794  acetoin operon transcriptional activator, putative  27.81 
 
 
616 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000141006  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6248  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31 
 
 
708 aa  96.3  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423516  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2574  acetoin operon transcriptional activator  28.02 
 
 
616 aa  95.1  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.500823  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2530  sigma-54-dependent transcriptional activator  28.02 
 
 
616 aa  95.1  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000702364  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2495  sigma-54-dependent transcriptional activator  28.02 
 
 
616 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.292908  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2815  putative acetoin operon transcriptional activator  28.02 
 
 
616 aa  95.1  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.183654  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2761  acetoin operon transcriptional activator  28.02 
 
 
616 aa  95.1  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.822061  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0932  sigma54 specific transcriptional regulator  34.43 
 
 
653 aa  95.5  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.702555  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2768  putative acetoin operon transcriptional activator  28.02 
 
 
616 aa  95.1  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00807774 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3906  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  31.25 
 
 
680 aa  95.1  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21450  Transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  39.47 
 
 
489 aa  94.7  3e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2772  putative acetoin operon transcriptional activator  28.82 
 
 
616 aa  94.4  4e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3538  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.14 
 
 
660 aa  94.4  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2095  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.63 
 
 
454 aa  94  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1836  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.75 
 
 
601 aa  93.6  5e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2010  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.03 
 
 
454 aa  93.6  5e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1790  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.09 
 
 
753 aa  93.2  7e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000112297 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4569  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.65 
 
 
638 aa  92.8  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.375383 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3392  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.65 
 
 
689 aa  91.3  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.549461  normal  0.181007 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5969  putative phytochrome sensor protein  30.32 
 
 
663 aa  90.5  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.118543  normal  0.0102226 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5127  putative sigma-54-dependent transcriptional regulator, HTH Fis-type family  31.07 
 
 
654 aa  90.5  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.53901  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1741  sigma-54 dependent transcriptional regulator  34.2 
 
 
609 aa  90.1  6e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.606989  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2486  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.28 
 
 
672 aa  90.1  6e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.141183 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1778  helix-turn-helix, Fis-type  30.61 
 
 
673 aa  90.1  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0367  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.98 
 
 
696 aa  90.5  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.569096  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1963  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.08 
 
 
647 aa  89.7  8e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0309  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.44 
 
 
657 aa  89.7  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0800  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.17 
 
 
646 aa  89  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.236546  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3606  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.98 
 
 
647 aa  89  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.833415  normal  0.824204 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0479  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.13 
 
 
712 aa  89.4  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2160  sigma-54 activated regulatory protein  34.16 
 
 
724 aa  88.2  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5659  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.04 
 
 
663 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1556  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.84 
 
 
657 aa  89  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1646  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.39 
 
 
689 aa  88.2  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.346775 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2092  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.77 
 
 
676 aa  88.2  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000637573  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1819  sigma-54 activated regulatory protein  33.67 
 
 
651 aa  88.2  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6164  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.79 
 
 
666 aa  88.2  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5897  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.79 
 
 
669 aa  87.8  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.313078 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7189  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  27.9 
 
 
662 aa  87.4  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000334896  normal  0.517977 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0890  sigma-54 dependent transcriptional regulator  34.64 
 
 
646 aa  86.7  7e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.245781  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0396  sigma-54 dependent transcriptional activator  34.52 
 
 
664 aa  86.3  9e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4264  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  41.94 
 
 
602 aa  86.3  9e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1075  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.51 
 
 
687 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.990194  normal  0.0882884 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>