203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3971 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_3971  transcriptional regulator domain-containing protein  100 
 
 
411 aa  808    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3089  transcriptional regulator  35.48 
 
 
466 aa  178  2e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.973377  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1777  putative phytochrome sensor protein  36.22 
 
 
460 aa  172  6.999999999999999e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00250628  normal  0.11028 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2789  putative phytochrome sensor protein  35.79 
 
 
448 aa  169  1e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0234289 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13420  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  34.64 
 
 
463 aa  163  5.0000000000000005e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.439429 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0169  putative phytochrome sensor protein  36.59 
 
 
440 aa  160  4e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.234973  hitchhiker  0.00233014 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0958  GAF domain-containing protein  37.73 
 
 
426 aa  158  2e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.165428 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4057  putative phytochrome sensor protein  34.25 
 
 
409 aa  156  7e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1466  putative GAF sensor protein  35.47 
 
 
441 aa  155  1e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.515948 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4955  putative GAF sensor protein  35.67 
 
 
439 aa  154  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.925113  normal  0.421333 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2091  transcriptional regulator  35.56 
 
 
417 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0896  putative phytochrome sensor protein  37.05 
 
 
426 aa  145  1e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0355459 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4882  putative phytochrome sensor protein  34.12 
 
 
445 aa  145  1e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4927  putative phytochrome sensor protein  32.83 
 
 
464 aa  140  3e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0108  GAF domain protein  31.98 
 
 
422 aa  130  5.0000000000000004e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0472317  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0878  putative GAF sensor protein  30.83 
 
 
428 aa  125  9e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3273  putative GAF sensor protein  34.9 
 
 
438 aa  124  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0845343 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21450  Transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  29.8 
 
 
489 aa  116  6e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4867  putative phytochrome sensor protein  36.51 
 
 
538 aa  115  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.752345  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1088  putative phytochrome sensor protein  41.71 
 
 
471 aa  114  4.0000000000000004e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1985  putative phytochrome sensor protein  39.43 
 
 
501 aa  113  8.000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000196464  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2991  putative phytochrome sensor protein  35.48 
 
 
406 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000148631  hitchhiker  0.00186594 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1028  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.56 
 
 
642 aa  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.833434 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21230  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  31.45 
 
 
419 aa  105  1e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.259809  normal  0.259363 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3508  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.9 
 
 
631 aa  103  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.62585  normal  0.777237 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1094  transcriptional regulator domain protein  38.46 
 
 
556 aa  102  2e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3637  putative sigma-54-dependent transcriptional regulator  30.27 
 
 
646 aa  100  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.772793 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1781  putative phytochrome sensor protein  35.06 
 
 
488 aa  99.8  9e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2144  putative phytochrome sensor protein  31.69 
 
 
422 aa  99  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0926933  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2239  putative phytochrome sensor protein  32.26 
 
 
439 aa  98.2  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0494571  normal  0.300779 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0281  putative phytochrome sensor protein  35.39 
 
 
503 aa  97.4  4e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0626  putative GAF sensor protein  32.97 
 
 
438 aa  97.1  5e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.19593  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2406  putative phytochrome sensor protein  36.88 
 
 
411 aa  97.1  5e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.264352  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0639  putative GAF sensor protein  32.97 
 
 
437 aa  97.1  5e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0619  putative GAF sensor protein  32.97 
 
 
437 aa  97.1  6e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.351547 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4264  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.52 
 
 
602 aa  96.3  8e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0123  putative GAF sensor protein  32.62 
 
 
435 aa  96.3  8e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0710006  normal  0.587329 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1944  GAF domain protein  37.58 
 
 
410 aa  95.9  1e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.844857  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2800  putative AcoR, transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  34.36 
 
 
645 aa  94.4  3e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1500  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.36 
 
 
645 aa  94.4  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.18284  normal  0.234549 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5524  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.84 
 
 
640 aa  93.2  7e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.118768 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3606  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.36 
 
 
647 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.833415  normal  0.824204 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6170  helix-turn-helix, Fis-type  34.2 
 
 
677 aa  89.4  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0094108  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2772  putative acetoin operon transcriptional activator  23.85 
 
 
616 aa  89  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0790  putative GAF sensor protein  33.1 
 
 
441 aa  89.4  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.7264 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2815  putative acetoin operon transcriptional activator  24.5 
 
 
616 aa  87.8  3e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.183654  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2521  putative acetoin operon transcriptional activator  23.85 
 
 
616 aa  87.4  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0060669 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2563  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  24.08 
 
 
616 aa  87.4  5e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.067017  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2794  acetoin operon transcriptional activator, putative  24.5 
 
 
616 aa  87  6e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000141006  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2530  sigma-54-dependent transcriptional activator  24.1 
 
 
616 aa  86.3  8e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000702364  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2495  sigma-54-dependent transcriptional activator  24.1 
 
 
616 aa  86.3  8e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.292908  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2574  acetoin operon transcriptional activator  24.1 
 
 
616 aa  86.3  9e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.500823  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2761  acetoin operon transcriptional activator  24.1 
 
 
616 aa  86.3  9e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.822061  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2768  putative acetoin operon transcriptional activator  24.1 
 
 
616 aa  86.3  9e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00807774 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2010  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.17 
 
 
454 aa  83.6  0.000000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2095  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.17 
 
 
454 aa  83.6  0.000000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1488  transcriptional regulator domain protein  29.63 
 
 
414 aa  81.6  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.446993  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1375  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.85 
 
 
644 aa  81.6  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  29.03 
 
 
643 aa  81.3  0.00000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1017  helix-turn-helix, Fis-type  29.69 
 
 
679 aa  80.9  0.00000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2979  hypothetical protein  38.61 
 
 
194 aa  80.9  0.00000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4104  sigma54 specific transcriptional regulator  31.84 
 
 
661 aa  79  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0584  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  36.36 
 
 
560 aa  79  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000469603 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3906  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  29.76 
 
 
680 aa  77.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11420  sigma54-dependent activator protein  29.7 
 
 
664 aa  77  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1337  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.9 
 
 
679 aa  76.3  0.0000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1000  helix-turn-helix, Fis-type  29.3 
 
 
661 aa  75.1  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3466  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.35 
 
 
677 aa  75.1  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.297654  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3392  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  28.43 
 
 
689 aa  75.1  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.549461  normal  0.181007 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0956  transcriptional regulatory protein  29.5 
 
 
678 aa  74.3  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4895  Fis family transcriptional regulator  32.02 
 
 
615 aa  73.9  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.695547  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1646  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  28.08 
 
 
689 aa  73.6  0.000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.346775 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2035  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  27.06 
 
 
655 aa  72  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1556  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  26.98 
 
 
657 aa  72  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4400  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  27.96 
 
 
669 aa  72  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.916028  normal  0.547202 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20940  sigma54-dependent activator protein AcxR  28.79 
 
 
664 aa  71.6  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.627215  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0087  helix-turn-helix Fis-type  30.89 
 
 
588 aa  70.1  0.00000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3538  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  28.22 
 
 
660 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0602  hypothetical protein  35.61 
 
 
529 aa  67.8  0.0000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.779269  normal  0.126723 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0944  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  26.15 
 
 
673 aa  68.2  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1166  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  26.77 
 
 
675 aa  66.6  0.0000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.321857  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  30.77 
 
 
587 aa  66.6  0.0000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0750  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.87 
 
 
576 aa  66.2  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2510  transcriptional regulator  31.05 
 
 
615 aa  65.9  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.583312  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6153  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.23 
 
 
689 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.936504 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3045  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.71 
 
 
637 aa  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2486  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  26.78 
 
 
672 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.141183 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0899  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  26.67 
 
 
632 aa  65.1  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.599128  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  26.67 
 
 
632 aa  65.1  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.917083  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1747  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.61 
 
 
494 aa  65.1  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4363  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36 
 
 
653 aa  64.7  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0367  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.97 
 
 
696 aa  63.9  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.569096  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2092  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  26.23 
 
 
676 aa  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000637573  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6164  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  26.41 
 
 
666 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0515  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  26.73 
 
 
623 aa  63.2  0.000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000178347  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0932  sigma54 specific transcriptional regulator  30.53 
 
 
653 aa  63.2  0.000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.702555  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0309  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  26.22 
 
 
657 aa  63.2  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5969  putative phytochrome sensor protein  26.27 
 
 
663 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.118543  normal  0.0102226 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0885  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  24.87 
 
 
661 aa  62.8  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0287148  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5897  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  27.22 
 
 
669 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.313078 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>