More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_21230 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_21230  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  100 
 
 
419 aa  805    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.259809  normal  0.259363 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2991  putative phytochrome sensor protein  49.87 
 
 
406 aa  332  1e-89  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000148631  hitchhiker  0.00186594 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1488  transcriptional regulator domain protein  43.93 
 
 
414 aa  282  1e-74  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.446993  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2406  putative phytochrome sensor protein  44.42 
 
 
411 aa  279  5e-74  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.264352  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0123  putative GAF sensor protein  42.75 
 
 
435 aa  270  2.9999999999999997e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0710006  normal  0.587329 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0790  putative GAF sensor protein  42.39 
 
 
441 aa  269  7e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.7264 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2239  putative phytochrome sensor protein  42.28 
 
 
439 aa  266  5e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0494571  normal  0.300779 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0626  putative GAF sensor protein  42.93 
 
 
438 aa  266  5e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.19593  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0639  putative GAF sensor protein  42.93 
 
 
437 aa  266  5e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0619  putative GAF sensor protein  42.93 
 
 
437 aa  266  7e-70  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.351547 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1944  GAF domain protein  42.89 
 
 
410 aa  254  3e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.844857  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2144  putative phytochrome sensor protein  44.33 
 
 
422 aa  241  2e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0926933  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1088  putative phytochrome sensor protein  40.27 
 
 
471 aa  191  2e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1781  putative phytochrome sensor protein  38.75 
 
 
488 aa  189  5.999999999999999e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0281  putative phytochrome sensor protein  40.25 
 
 
503 aa  186  6e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1985  putative phytochrome sensor protein  40.16 
 
 
501 aa  180  4e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000196464  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4867  putative phytochrome sensor protein  32.65 
 
 
538 aa  159  7e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.752345  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1094  transcriptional regulator domain protein  34.61 
 
 
556 aa  146  7.0000000000000006e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0878  putative GAF sensor protein  41.67 
 
 
428 aa  143  5e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4927  putative phytochrome sensor protein  38.5 
 
 
464 aa  127  3e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2789  putative phytochrome sensor protein  35.78 
 
 
448 aa  117  3e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0234289 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0896  putative phytochrome sensor protein  39.29 
 
 
426 aa  114  4.0000000000000004e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0355459 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3089  transcriptional regulator  35.96 
 
 
466 aa  113  6e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.973377  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2091  transcriptional regulator  39.61 
 
 
417 aa  112  9e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4955  putative GAF sensor protein  40.91 
 
 
439 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.925113  normal  0.421333 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1466  putative GAF sensor protein  38.76 
 
 
441 aa  110  6e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.515948 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4057  putative phytochrome sensor protein  35.18 
 
 
409 aa  109  7.000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0958  GAF domain-containing protein  40.13 
 
 
426 aa  109  8.000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.165428 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4882  putative phytochrome sensor protein  40.51 
 
 
445 aa  108  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1777  putative phytochrome sensor protein  33.76 
 
 
460 aa  107  5e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00250628  normal  0.11028 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13420  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  38.76 
 
 
463 aa  106  7e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.439429 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3971  transcriptional regulator domain-containing protein  31.45 
 
 
411 aa  105  2e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0169  putative phytochrome sensor protein  38.79 
 
 
440 aa  102  1e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.234973  hitchhiker  0.00233014 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0608  sigma-54 dependent transcriptional activator  30.39 
 
 
664 aa  102  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00482359 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0108  GAF domain protein  38.29 
 
 
422 aa  99  1e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0472317  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3637  putative sigma-54-dependent transcriptional regulator  34.21 
 
 
646 aa  98.6  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.772793 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3273  putative GAF sensor protein  42.19 
 
 
438 aa  97.4  4e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0845343 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4264  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.49 
 
 
602 aa  97.1  6e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5969  putative phytochrome sensor protein  33.33 
 
 
663 aa  95.9  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.118543  normal  0.0102226 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2870  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.71 
 
 
676 aa  95.9  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.360055  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0956  transcriptional regulatory protein  31.56 
 
 
678 aa  95.5  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1028  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.18 
 
 
642 aa  95.1  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.833434 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5897  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.33 
 
 
669 aa  94.4  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.313078 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0932  sigma54 specific transcriptional regulator  36.13 
 
 
653 aa  94  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.702555  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1744  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.21 
 
 
652 aa  94  5e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0785861  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6164  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.8 
 
 
666 aa  93.6  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.5 
 
 
643 aa  93.2  8e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1000  helix-turn-helix, Fis-type  33.7 
 
 
661 aa  93.2  8e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2800  putative AcoR, transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  31.22 
 
 
645 aa  93.2  8e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1500  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.22 
 
 
645 aa  93.2  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.18284  normal  0.234549 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0944  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.3 
 
 
673 aa  93.2  9e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5954  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.62 
 
 
677 aa  92.4  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0983903 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3392  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  26.92 
 
 
689 aa  92.8  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.549461  normal  0.181007 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1646  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.48 
 
 
689 aa  92.8  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.346775 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4104  sigma54 specific transcriptional regulator  37.58 
 
 
661 aa  91.3  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6170  helix-turn-helix, Fis-type  38.76 
 
 
677 aa  90.1  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0094108  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2160  sigma-54 activated regulatory protein  35.33 
 
 
724 aa  89  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0800  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.33 
 
 
646 aa  89.4  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.236546  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0367  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.52 
 
 
696 aa  89  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.569096  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2574  acetoin operon transcriptional activator  31.95 
 
 
616 aa  88.2  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.500823  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2530  sigma-54-dependent transcriptional activator  31.95 
 
 
616 aa  88.2  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000702364  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2495  sigma-54-dependent transcriptional activator  32.54 
 
 
616 aa  88.6  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.292908  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2768  putative acetoin operon transcriptional activator  31.95 
 
 
616 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00807774 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2761  acetoin operon transcriptional activator  31.95 
 
 
616 aa  88.2  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.822061  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2521  putative acetoin operon transcriptional activator  33.33 
 
 
616 aa  88.6  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0060669 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2794  acetoin operon transcriptional activator, putative  32.54 
 
 
616 aa  87.8  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000141006  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1819  sigma-54 activated regulatory protein  34.67 
 
 
651 aa  88.2  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2815  putative acetoin operon transcriptional activator  32.54 
 
 
616 aa  87.4  4e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.183654  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0890  sigma-54 dependent transcriptional regulator  38.84 
 
 
646 aa  87.4  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.245781  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2010  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.52 
 
 
454 aa  87.8  4e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2772  putative acetoin operon transcriptional activator  31.95 
 
 
616 aa  87.4  5e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2864  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.18 
 
 
651 aa  87  6e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414238  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0885  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.33 
 
 
661 aa  87  6e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0287148  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2563  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.95 
 
 
616 aa  87  6e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.067017  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1790  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.83 
 
 
753 aa  87  6e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000112297 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6248  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.92 
 
 
708 aa  86.3  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423516  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1413  sigma-54 dependent transcriptional regulator  28.83 
 
 
587 aa  85.9  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1963  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.96 
 
 
647 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0309  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.82 
 
 
657 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1375  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.71 
 
 
644 aa  85.1  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3245  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.87 
 
 
680 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2095  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.01 
 
 
454 aa  85.1  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5123  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.87 
 
 
680 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0328449  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3466  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  28.93 
 
 
677 aa  85.1  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.297654  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5158  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.32 
 
 
680 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.493898 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0285  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.17 
 
 
687 aa  84.7  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21450  Transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  35.94 
 
 
489 aa  84  0.000000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1741  sigma-54 dependent transcriptional regulator  33.14 
 
 
609 aa  83.6  0.000000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.606989  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0698  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.12 
 
 
637 aa  83.6  0.000000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4400  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.28 
 
 
669 aa  83.2  0.000000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.916028  normal  0.547202 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2813  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.28 
 
 
699 aa  83.2  0.000000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.475478  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6153  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.75 
 
 
689 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.936504 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0546  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.57 
 
 
725 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0585  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.57 
 
 
671 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2035  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.15 
 
 
655 aa  82.8  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4922  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.36 
 
 
629 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.330349  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4403  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.36 
 
 
628 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.235944 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0591  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.57 
 
 
671 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.495015  normal  0.162414 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1075  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.68 
 
 
687 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.990194  normal  0.0882884 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5659  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.68 
 
 
663 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>