188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Maqu_3423 on replicon NC_008740
Organism: Marinobacter aquaeolei VT8



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008740  Maqu_3423  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
239 aa  484  1e-136  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  58.72 
 
 
235 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.744175  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0515  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  58.9 
 
 
236 aa  270  1e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5019  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  57.87 
 
 
235 aa  266  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4893  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  57.02 
 
 
235 aa  264  8e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.37927  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5069  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  57.02 
 
 
235 aa  262  4e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  56.6 
 
 
235 aa  260  1e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.633705  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66990  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  57.02 
 
 
235 aa  259  2e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244729  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5810  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  57.02 
 
 
235 aa  257  9e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0381  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  55.74 
 
 
235 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.450102  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3763  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.28 
 
 
239 aa  224  6e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.389406  normal  0.99117 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5158  hypothetical protein  55.74 
 
 
235 aa  223  3e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45490  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  57.02 
 
 
235 aa  210  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.829624  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0907  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.58 
 
 
236 aa  207  8e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2222  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.92 
 
 
245 aa  198  5e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2956  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.1 
 
 
251 aa  191  9e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.23 
 
 
247 aa  190  1e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237916  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3091  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.96 
 
 
252 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.912853  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0867  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.59 
 
 
237 aa  175  5e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000680151 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1595  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.63 
 
 
234 aa  175  6e-43  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.377803  decreased coverage  0.000639268 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2992  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.03 
 
 
249 aa  169  4e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0758461  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1729  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.25 
 
 
247 aa  163  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.2392  normal  0.535958 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.03 
 
 
242 aa  162  4.0000000000000004e-39  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0264251  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1548  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.31 
 
 
247 aa  161  7e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.030383  normal  0.492518 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1850  protein of unknown function DUF558  36.64 
 
 
248 aa  145  4.0000000000000006e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.693954 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_45316  predicted protein  32.23 
 
 
260 aa  95.9  5e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0840012  normal  0.295548 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2720  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.27 
 
 
278 aa  79.3  0.00000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0090  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.76 
 
 
250 aa  77.8  0.0000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_32846  predicted protein  30.51 
 
 
333 aa  77.8  0.0000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.43 
 
 
250 aa  74.7  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.35 
 
 
250 aa  75.1  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  27.05 
 
 
242 aa  73.2  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1997  protein of unknown function DUF558  31.82 
 
 
232 aa  70.9  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0682  hypothetical protein  27.36 
 
 
247 aa  67.8  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.356679  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.33 
 
 
240 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1295  protein of unknown function DUF558  28.21 
 
 
239 aa  64.7  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  25.82 
 
 
245 aa  64.7  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1175  protein of unknown function DUF558  26.77 
 
 
241 aa  64.7  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5042  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.66 
 
 
235 aa  63.9  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.319742  normal  0.272315 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  27.67 
 
 
240 aa  63.9  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1323  protein of unknown function DUF558  27.78 
 
 
239 aa  62.4  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.107771 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  27.78 
 
 
242 aa  62  0.000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  29.65 
 
 
259 aa  61.6  0.000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0661  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.44 
 
 
244 aa  61.6  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.04 
 
 
240 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1169  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.53 
 
 
252 aa  59.3  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.979878  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.26 
 
 
244 aa  59.3  0.00000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0585  hypothetical protein  26.61 
 
 
253 aa  58.5  0.00000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000651764  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  30.32 
 
 
244 aa  58.5  0.00000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.07 
 
 
239 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1968  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.73 
 
 
246 aa  58.2  0.0000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.74 
 
 
239 aa  57  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0340  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.62 
 
 
239 aa  57.4  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.240035 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1587  hypothetical protein  28.38 
 
 
232 aa  57.4  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.721814  normal  0.561066 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  25.32 
 
 
247 aa  57.4  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.42 
 
 
247 aa  57  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.33 
 
 
243 aa  57  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.64 
 
 
239 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.12 
 
 
244 aa  56.2  0.0000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.96 
 
 
234 aa  56.2  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.108692 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0838  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.12 
 
 
230 aa  56.6  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.083399 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  27.52 
 
 
251 aa  56.6  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4176  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.8 
 
 
243 aa  56.2  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0063  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.03 
 
 
238 aa  55.8  0.0000006  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.64 
 
 
239 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.48 
 
 
244 aa  55.1  0.0000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  31.87 
 
 
248 aa  55.1  0.0000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.64 
 
 
239 aa  55.1  0.0000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  26.16 
 
 
239 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1997  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.96 
 
 
238 aa  54.7  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.650979  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0197  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.96 
 
 
247 aa  55.1  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000890176  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.2 
 
 
246 aa  54.7  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  24.02 
 
 
246 aa  54.3  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1562  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.89 
 
 
244 aa  53.5  0.000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.297066 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.38 
 
 
247 aa  53.5  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0719  hypothetical protein  25.22 
 
 
246 aa  53.5  0.000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000868128  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2190  protein of unknown function DUF558  28.98 
 
 
256 aa  53.5  0.000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.65 
 
 
239 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  28.44 
 
 
245 aa  52.8  0.000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4210  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.89 
 
 
249 aa  52.8  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0876638  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4048  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.89 
 
 
249 aa  52.8  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.702448  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4536  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.89 
 
 
249 aa  52.8  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.89 
 
 
249 aa  52.8  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.98604e-48 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4430  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.47 
 
 
249 aa  52.8  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00143526  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.89 
 
 
249 aa  52.4  0.000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0158003  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.89 
 
 
249 aa  52.4  0.000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000243025  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1548  protein of unknown function DUF558  25.85 
 
 
257 aa  52.4  0.000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1925  protein of unknown function DUF558  29.55 
 
 
239 aa  52.4  0.000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0289082  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.89 
 
 
249 aa  51.6  0.000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000483246  decreased coverage  9.34554e-23 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.04 
 
 
249 aa  51.6  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00520295  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.15 
 
 
241 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4058  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.89 
 
 
249 aa  50.8  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0577638  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  58.54 
 
 
241 aa  50.4  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0173  protein of unknown function DUF558  23.65 
 
 
236 aa  50.8  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.51 
 
 
246 aa  50.4  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.88 
 
 
228 aa  50.1  0.00003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.93 
 
 
220 aa  50.4  0.00003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.312887  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0247  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.24 
 
 
240 aa  50.1  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.148044  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1513  hypothetical protein  27.96 
 
 
242 aa  50.1  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.680118  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.63 
 
 
244 aa  50.1  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>