166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_45490 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012560  Avin_45490  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
235 aa  456  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.829624  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66990  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  83.83 
 
 
235 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244729  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5810  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  84.68 
 
 
235 aa  394  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0515  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  84.32 
 
 
236 aa  385  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  77.02 
 
 
235 aa  374  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.744175  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4893  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  74.04 
 
 
235 aa  364  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.37927  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5019  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  74.47 
 
 
235 aa  362  3e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5069  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  73.19 
 
 
235 aa  361  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  72.77 
 
 
235 aa  352  2e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.633705  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5158  hypothetical protein  77.45 
 
 
235 aa  335  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0381  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  76.6 
 
 
235 aa  335  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.450102  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3423  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  57.02 
 
 
239 aa  260  1e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0907  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  61.86 
 
 
236 aa  247  1e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3763  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.26 
 
 
239 aa  219  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.389406  normal  0.99117 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2222  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.03 
 
 
245 aa  214  9.999999999999999e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2956  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.38 
 
 
251 aa  194  1e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.14 
 
 
247 aa  191  6e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237916  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1595  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.35 
 
 
234 aa  191  7e-48  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.377803  decreased coverage  0.000639268 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3091  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.53 
 
 
252 aa  186  2e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.912853  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0867  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.84 
 
 
237 aa  179  2e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000680151 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.66 
 
 
242 aa  171  1e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0264251  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1548  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.87 
 
 
247 aa  167  9e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.030383  normal  0.492518 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1729  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.87 
 
 
247 aa  167  2e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.2392  normal  0.535958 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2992  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.89 
 
 
249 aa  163  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0758461  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1850  protein of unknown function DUF558  39.66 
 
 
248 aa  161  7e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.693954 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_45316  predicted protein  35.21 
 
 
260 aa  113  3e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0840012  normal  0.295548 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2720  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.54 
 
 
278 aa  100  2e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_32846  predicted protein  32.02 
 
 
333 aa  82.4  0.000000000000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0682  hypothetical protein  30.34 
 
 
247 aa  78.6  0.00000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.356679  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1997  protein of unknown function DUF558  31.96 
 
 
232 aa  70.1  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.16 
 
 
246 aa  66.2  0.0000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1587  hypothetical protein  33.03 
 
 
232 aa  64.7  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.721814  normal  0.561066 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0063  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.74 
 
 
238 aa  63.5  0.000000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.95 
 
 
244 aa  63.5  0.000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.55 
 
 
250 aa  62.4  0.000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.2 
 
 
234 aa  60.5  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.108692 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.47 
 
 
250 aa  60.5  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2156  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.56 
 
 
248 aa  58.2  0.0000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1169  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.5 
 
 
252 aa  57.8  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.979878  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  26.29 
 
 
251 aa  58.2  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.32 
 
 
244 aa  57  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4176  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.57 
 
 
243 aa  56.6  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.64 
 
 
246 aa  55.5  0.0000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0215  hypothetical protein  26.09 
 
 
254 aa  55.5  0.0000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.79026  normal  0.274516 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0585  hypothetical protein  25.1 
 
 
253 aa  55.1  0.0000009  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000651764  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.86 
 
 
242 aa  54.7  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0173  protein of unknown function DUF558  21.95 
 
 
236 aa  54.3  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  25.69 
 
 
247 aa  54.3  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  56.86 
 
 
245 aa  53.5  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0838  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.65 
 
 
230 aa  53.5  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.083399 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1175  protein of unknown function DUF558  24.43 
 
 
241 aa  53.9  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  28.5 
 
 
239 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5042  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.34 
 
 
235 aa  52.8  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.319742  normal  0.272315 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  30.19 
 
 
244 aa  52.4  0.000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  25.81 
 
 
242 aa  52  0.000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.39 
 
 
244 aa  52  0.000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  26.36 
 
 
245 aa  52  0.000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.48 
 
 
254 aa  51.6  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.732304 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0340  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.15 
 
 
239 aa  51.2  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.240035 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.33 
 
 
255 aa  50.4  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1323  protein of unknown function DUF558  24.42 
 
 
239 aa  50.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.107771 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1295  protein of unknown function DUF558  24.42 
 
 
239 aa  50.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0090  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24 
 
 
250 aa  50.4  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14251  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  59.52 
 
 
258 aa  50.8  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  24.89 
 
 
251 aa  50.8  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.39 
 
 
240 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0247  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.75 
 
 
240 aa  50.1  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.148044  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  29.39 
 
 
251 aa  50.1  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  23.45 
 
 
245 aa  50.1  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0995  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.33 
 
 
249 aa  49.7  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1997  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.14 
 
 
238 aa  49.7  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.650979  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.81 
 
 
247 aa  49.3  0.00005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.59 
 
 
244 aa  48.9  0.00007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.57 
 
 
239 aa  48.9  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.14 
 
 
255 aa  48.9  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  29.03 
 
 
244 aa  48.9  0.00007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.59 
 
 
244 aa  48.5  0.00008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0661  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.85 
 
 
244 aa  48.5  0.00008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1549  hypothetical protein  28.66 
 
 
259 aa  48.5  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1088  protein of unknown function DUF558  22.71 
 
 
233 aa  48.5  0.00009  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.56 
 
 
228 aa  47.8  0.0001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  27.09 
 
 
240 aa  48.1  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.54 
 
 
247 aa  48.1  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.07 
 
 
263 aa  47  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1925  protein of unknown function DUF558  30.86 
 
 
239 aa  47  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0289082  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0361  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  19.07 
 
 
243 aa  47.8  0.0002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0176387  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1562  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.11 
 
 
244 aa  47.4  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.297066 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.14 
 
 
255 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  33.83 
 
 
248 aa  47.4  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.86 
 
 
255 aa  47  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.14 
 
 
255 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0765  hypothetical protein  25.31 
 
 
235 aa  47.4  0.0002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.417208  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.86 
 
 
255 aa  47  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  59.57 
 
 
249 aa  47  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.43 
 
 
243 aa  47  0.0003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0525282  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.86 
 
 
255 aa  47  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.86 
 
 
255 aa  47  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.86 
 
 
255 aa  47  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.86 
 
 
255 aa  47  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.11 
 
 
243 aa  46.6  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>