168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5019 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5019  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 		 235 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4893  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  97.87 
 
 		 235 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.37927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5069  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  94.47 
 
 		 235 aa  447  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  90.64 
 
 		 235 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.633705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  79.15 
 
 		 235 aa  380  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.744175  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66990  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  74.89 
 
 		 235 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5810  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  75.32 
 
 		 235 aa  367  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0515  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  72.88 
 
 		 236 aa  353  1e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5158  hypothetical protein  78.3 
 
 		 235 aa  347  7e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0381  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  77.45 
 
 		 235 aa  345  3e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.450102  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45490  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  74.47 
 
 		 235 aa  314  9e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.829624  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3423  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  57.87 
 
 		 239 aa  266  2e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0907  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.12 
 
 		 236 aa  226  2e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3763  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.88 
 
 		 239 aa  207  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.389406  normal  0.99117 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2222  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.34 
 
 		 245 aa  202  3e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2956  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.39 
 
 		 251 aa  189  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1595  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.53 
 
 		 234 aa  189  5e-47  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.377803  decreased coverage  0.000639268 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.44 
 
 		 247 aa  187  1e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237916  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0867  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.42 
 
 		 237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000680151 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3091  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.29 
 
 		 252 aa  182  6e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.912853  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.17 
 
 		 242 aa  177  9e-44  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0264251  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1729  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.68 
 
 		 247 aa  175  7e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.2392  normal  0.535958 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1548  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.27 
 
 		 247 aa  171  1e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.030383  normal  0.492518 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2992  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.67 
 
 		 249 aa  157  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0758461  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1850  protein of unknown function DUF558  37.5 
 
 		 248 aa  156  3e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.693954 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_45316  predicted protein  35.74 
 
 		 260 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0840012  normal  0.295548 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2720  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.31 
 
 		 278 aa  103  3e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0682  hypothetical protein  31.2 
 
 		 247 aa  85.9  5e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.356679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_32846  predicted protein  31.58 
 
 		 333 aa  80.9  0.00000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1997  protein of unknown function DUF558  31.53 
 
 		 232 aa  72.4  0.000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0063  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.63 
 
 		 238 aa  63.2  0.000000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1169  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.98 
 
 		 252 aa  63.5  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.979878  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.93 
 
 		 244 aa  62  0.000000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1587  hypothetical protein  30.36 
 
 		 232 aa  60.5  0.00000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.721814  normal  0.561066 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.16 
 
 		 244 aa  60.1  0.00000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.26 
 
 		 250 aa  59.3  0.00000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  25.64 
 
 		 251 aa  58.5  0.00000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.68 
 
 		 250 aa  57.8  0.0000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1997  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.32 
 
 		 238 aa  56.6  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.650979  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.72 
 
 		 242 aa  55.8  0.0000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0215  hypothetical protein  28.57 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.79026  normal  0.274516 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.07 
 
 		 246 aa  55.5  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0585  hypothetical protein  25.62 
 
 		 253 aa  55.8  0.0000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000651764  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.7 
 
 		 245 aa  55.5  0.0000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0661  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.83 
 
 		 244 aa  55.1  0.0000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2156  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.63 
 
 		 248 aa  53.5  0.000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4176  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.84 
 
 		 243 aa  52.8  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.35 
 
 		 244 aa  52.8  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.55 
 
 		 234 aa  52.8  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.108692 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  28.77 
 
 		 244 aa  52.4  0.000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  23.58 
 
 		 246 aa  51.2  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0173  protein of unknown function DUF558  21.34 
 
 		 236 aa  51.6  0.00001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.46 
 
 		 244 aa  50.4  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.48 
 
 		 244 aa  50.4  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  22.36 
 
 		 251 aa  50.8  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0340  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.38 
 
 		 239 aa  50.1  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.240035 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  22.75 
 
 		 247 aa  50.1  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1175  protein of unknown function DUF558  24.3 
 
 		 241 aa  49.3  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  25 
 
 		 242 aa  49.3  0.00005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0449  protein of unknown function DUF558  22.17 
 
 		 235 aa  49.3  0.00005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14251  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  59.52 
 
 		 258 aa  49.3  0.00005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0838  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.91 
 
 		 230 aa  48.9  0.00007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.083399 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  29.07 
 
 		 244 aa  48.5  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.69 
 
 		 249 aa  48.5  0.00008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  27.35 
 
 		 245 aa  48.5  0.00009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0197  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.04 
 
 		 247 aa  48.5  0.00009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000890176  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  27 
 
 		 248 aa  48.5  0.00009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  26.7 
 
 		 259 aa  47.8  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  56.25 
 
 		 245 aa  48.1  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0247  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.69 
 
 		 240 aa  47.8  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.148044  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  26.29 
 
 		 245 aa  48.1  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  26.78 
 
 		 248 aa  48.1  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.05 
 
 		 249 aa  48.5  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00520295  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1562  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.75 
 
 		 244 aa  48.1  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.297066 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  24.55 
 
 		 239 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.11 
 
 		 245 aa  47.4  0.0002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50 
 
 		 246 aa  47.8  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.96 
 
 		 247 aa  47.4  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5042  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25 
 
 		 235 aa  46.6  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.319742  normal  0.272315 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1285  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.22 
 
 		 243 aa  46.6  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.34 
 
 		 263 aa  47  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  28.65 
 
 		 242 aa  46.6  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0995  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.89 
 
 		 249 aa  46.6  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1145  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.45 
 
 		 253 aa  46.2  0.0004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.84 
 
 		 245 aa  46.6  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  25 
 
 		 246 aa  46.6  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  25.68 
 
 		 245 aa  46.6  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.19 
 
 		 254 aa  45.8  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.732304 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0207  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50 
 
 		 260 aa  45.8  0.0006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  31.62 
 
 		 248 aa  45.8  0.0006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0765  hypothetical protein  39.68 
 
 		 235 aa  45.8  0.0006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.417208  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7237  protein of unknown function DUF558  26.04 
 
 		 234 aa  45.8  0.0006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.57 
 
 		 240 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1295  protein of unknown function DUF558  23.36 
 
 		 239 aa  45.4  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.05 
 
 		 255 aa  45.4  0.0007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0090  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.7 
 
 		 250 aa  45.4  0.0007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.77 
 
 		 239 aa  45.4  0.0008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1323  protein of unknown function DUF558  23.32 
 
 		 239 aa  45.4  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.107771 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07811  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 		 251 aa  45.4  0.0008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00244277 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4430  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.4 
 
 		 249 aa  45.4  0.0008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00143526  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>