175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0379 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
235 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.744175  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5069  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  80 
 
 
235 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  80 
 
 
235 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.633705  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5019  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  79.15 
 
 
235 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4893  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  79.15 
 
 
235 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.37927  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66990  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  77.02 
 
 
235 aa  373  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244729  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5810  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  77.45 
 
 
235 aa  371  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0515  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  77.97 
 
 
236 aa  369  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5158  hypothetical protein  85.53 
 
 
235 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0381  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  85.11 
 
 
235 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.450102  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45490  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  77.02 
 
 
235 aa  317  7e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.829624  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3423  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  58.72 
 
 
239 aa  273  2.0000000000000002e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0907  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  55.51 
 
 
236 aa  237  1e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2222  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.34 
 
 
245 aa  208  7e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3763  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.04 
 
 
239 aa  204  7e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.389406  normal  0.99117 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2956  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.35 
 
 
251 aa  198  5e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1595  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.35 
 
 
234 aa  196  2.0000000000000003e-49  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.377803  decreased coverage  0.000639268 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.3 
 
 
242 aa  192  3e-48  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0264251  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.15 
 
 
247 aa  192  3e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237916  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3091  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.47 
 
 
252 aa  187  1e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.912853  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0867  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.51 
 
 
237 aa  182  5.0000000000000004e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000680151 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1548  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.71 
 
 
247 aa  175  5e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.030383  normal  0.492518 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1729  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.68 
 
 
247 aa  170  2e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.2392  normal  0.535958 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2992  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.33 
 
 
249 aa  163  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0758461  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1850  protein of unknown function DUF558  39.22 
 
 
248 aa  162  3e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.693954 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_45316  predicted protein  36.17 
 
 
260 aa  131  9e-30  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0840012  normal  0.295548 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2720  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.18 
 
 
278 aa  102  6e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_32846  predicted protein  31.7 
 
 
333 aa  88.6  7e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0682  hypothetical protein  30.04 
 
 
247 aa  85.5  6e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.356679  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1997  protein of unknown function DUF558  32.13 
 
 
232 aa  77.4  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0215  hypothetical protein  29.31 
 
 
254 aa  68.6  0.00000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.79026  normal  0.274516 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0063  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.83 
 
 
238 aa  67  0.0000000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1587  hypothetical protein  30.26 
 
 
232 aa  63.2  0.000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.721814  normal  0.561066 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0585  hypothetical protein  29.55 
 
 
253 aa  62  0.000000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000651764  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1169  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.27 
 
 
252 aa  61.2  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.979878  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.66 
 
 
234 aa  57.8  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.108692 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.23 
 
 
250 aa  58.2  0.0000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  29.09 
 
 
242 aa  57.4  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.21 
 
 
244 aa  57.8  0.0000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  26.36 
 
 
251 aa  56.6  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.03 
 
 
245 aa  57  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1323  protein of unknown function DUF558  26.19 
 
 
239 aa  56.2  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.107771 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1295  protein of unknown function DUF558  26.19 
 
 
239 aa  56.2  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  28.77 
 
 
259 aa  56.6  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.47 
 
 
246 aa  56.2  0.0000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.58 
 
 
250 aa  55.8  0.0000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4176  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.23 
 
 
243 aa  55.5  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  23.58 
 
 
245 aa  55.5  0.0000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0173  protein of unknown function DUF558  23.85 
 
 
236 aa  55.1  0.0000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.79 
 
 
244 aa  54.7  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.57 
 
 
242 aa  54.7  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2156  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.25 
 
 
248 aa  53.9  0.000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1175  protein of unknown function DUF558  28.02 
 
 
241 aa  54.3  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  28.16 
 
 
239 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0340  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.75 
 
 
239 aa  53.1  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.240035 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0838  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.19 
 
 
230 aa  53.5  0.000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.083399 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0361  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  20.99 
 
 
243 aa  53.5  0.000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0176387  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0661  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.31 
 
 
244 aa  53.5  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.9 
 
 
239 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.67 
 
 
243 aa  53.1  0.000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.67 
 
 
243 aa  53.1  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.67 
 
 
243 aa  53.1  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1997  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.42 
 
 
238 aa  52.8  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.650979  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.96 
 
 
244 aa  52.4  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0765  hypothetical protein  24.84 
 
 
235 aa  52.4  0.000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.417208  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0719  hypothetical protein  26.5 
 
 
246 aa  52  0.000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000868128  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  24.12 
 
 
251 aa  52  0.000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0090  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.29 
 
 
250 aa  52  0.000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  27.7 
 
 
244 aa  51.2  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5042  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.73 
 
 
235 aa  51.6  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.319742  normal  0.272315 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  25.74 
 
 
247 aa  51.6  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.74 
 
 
240 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.68 
 
 
228 aa  50.1  0.00003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  22.8 
 
 
246 aa  50.1  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07811  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.5 
 
 
251 aa  50.1  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00244277 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1562  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.11 
 
 
244 aa  49.7  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.297066 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1876  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.9 
 
 
238 aa  50.1  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.115169  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.93 
 
 
244 aa  49.7  0.00004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  33.14 
 
 
244 aa  49.7  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  25.88 
 
 
240 aa  49.7  0.00004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.77 
 
 
255 aa  49.3  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0247  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.88 
 
 
240 aa  49.3  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.148044  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.77 
 
 
255 aa  49.3  0.00005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.77 
 
 
255 aa  49.3  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.77 
 
 
255 aa  49.3  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.77 
 
 
255 aa  49.3  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.93 
 
 
244 aa  48.9  0.00006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3545  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.18 
 
 
258 aa  48.9  0.00006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.85 
 
 
239 aa  48.9  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.9 
 
 
263 aa  48.9  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0995  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.33 
 
 
249 aa  48.9  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.49 
 
 
239 aa  48.5  0.00008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  24.69 
 
 
246 aa  48.5  0.00008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.95 
 
 
246 aa  48.5  0.00008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1285  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.67 
 
 
243 aa  48.1  0.0001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0449  protein of unknown function DUF558  32.04 
 
 
235 aa  47.8  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.55 
 
 
239 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0200  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.39 
 
 
245 aa  48.5  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.51 
 
 
247 aa  47  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.71 
 
 
254 aa  47.4  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.732304 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>