130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE2720 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE2720  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
278 aa  569  1e-161  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2222  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.74 
 
 
245 aa  117  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.52 
 
 
247 aa  108  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237916  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5069  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.17 
 
 
235 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4893  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.74 
 
 
235 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.37927  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.6 
 
 
235 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.633705  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3091  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.65 
 
 
252 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.912853  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5019  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.31 
 
 
235 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0063  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.62 
 
 
238 aa  103  4e-21  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.18 
 
 
235 aa  102  8e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.744175  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2956  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.09 
 
 
251 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5810  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.84 
 
 
235 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66990  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.84 
 
 
235 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244729  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0682  hypothetical protein  29.11 
 
 
247 aa  97.1  3e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.356679  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0515  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.28 
 
 
236 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3763  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.04 
 
 
239 aa  92  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.389406  normal  0.99117 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_45316  predicted protein  28.27 
 
 
260 aa  90.5  3e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0840012  normal  0.295548 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_32846  predicted protein  27.06 
 
 
333 aa  89.7  5e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1548  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.18 
 
 
247 aa  88.6  1e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.030383  normal  0.492518 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1729  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.77 
 
 
247 aa  88.2  1e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.2392  normal  0.535958 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1850  protein of unknown function DUF558  24.7 
 
 
248 aa  88.6  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.693954 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0907  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.31 
 
 
236 aa  86.7  4e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0867  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.88 
 
 
237 aa  85.1  0.000000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000680151 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1595  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.76 
 
 
234 aa  84  0.000000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.377803  decreased coverage  0.000639268 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2992  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.65 
 
 
249 aa  84.3  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0758461  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0381  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.46 
 
 
235 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.450102  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3423  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.27 
 
 
239 aa  79.3  0.00000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.88 
 
 
242 aa  75.5  0.0000000000009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0264251  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5158  hypothetical protein  25.64 
 
 
235 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45490  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.46 
 
 
235 aa  66.6  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.829624  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  28.22 
 
 
247 aa  64.3  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0765  hypothetical protein  28.74 
 
 
235 aa  64.3  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.417208  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1597  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.58 
 
 
234 aa  61.2  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.269441  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.07 
 
 
244 aa  60.8  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.07 
 
 
242 aa  60.8  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  30.86 
 
 
246 aa  60.1  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1295  protein of unknown function DUF558  25.73 
 
 
239 aa  60.1  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5042  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.37 
 
 
235 aa  59.7  0.00000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.319742  normal  0.272315 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1323  protein of unknown function DUF558  25.73 
 
 
239 aa  59.3  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.107771 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.91 
 
 
246 aa  59.3  0.00000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.74 
 
 
244 aa  59.3  0.00000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.59 
 
 
245 aa  59.3  0.00000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.29 
 
 
257 aa  57.8  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.57 
 
 
263 aa  57.8  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.3 
 
 
246 aa  57.4  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.12 
 
 
247 aa  55.5  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07251  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.96 
 
 
254 aa  54.7  0.000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041784 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.59 
 
 
246 aa  54.7  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  32.73 
 
 
249 aa  53.9  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1925  protein of unknown function DUF558  29.52 
 
 
239 aa  53.5  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0289082  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.31 
 
 
249 aa  53.9  0.000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  27.16 
 
 
244 aa  53.1  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.77 
 
 
243 aa  52.8  0.000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.4 
 
 
249 aa  52.8  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00520295  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  25.94 
 
 
244 aa  52.8  0.000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.22 
 
 
247 aa  52.8  0.000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0100  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.63 
 
 
254 aa  52.4  0.000009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2960  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.19 
 
 
248 aa  52  0.000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000379617  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.35 
 
 
249 aa  52  0.000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0661  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.61 
 
 
244 aa  52.4  0.000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.38 
 
 
260 aa  51.6  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.97 
 
 
244 aa  52  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1285  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.14 
 
 
243 aa  51.6  0.00001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.47 
 
 
246 aa  52  0.00001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.110015  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  25.11 
 
 
243 aa  50.8  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.5 
 
 
244 aa  50.8  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3545  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.72 
 
 
258 aa  51.2  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0227  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.25 
 
 
247 aa  50.4  0.00003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.67 
 
 
249 aa  50.4  0.00003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.88 
 
 
245 aa  50.4  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  30.91 
 
 
249 aa  50.4  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4210  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.11 
 
 
249 aa  50.1  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0876638  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4048  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.11 
 
 
249 aa  50.1  0.00004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.702448  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4058  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.11 
 
 
249 aa  50.1  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0577638  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4536  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.11 
 
 
249 aa  50.1  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.11 
 
 
249 aa  50.1  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.98604e-48 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.4 
 
 
249 aa  50.1  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000243025  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1169  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.11 
 
 
252 aa  49.7  0.00005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.979878  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  26.82 
 
 
242 aa  49.7  0.00006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  26.67 
 
 
243 aa  49.3  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  18.8 
 
 
243 aa  49.3  0.00007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0525282  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.88 
 
 
241 aa  49.3  0.00007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  24.14 
 
 
249 aa  49.3  0.00007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  22.88 
 
 
245 aa  49.3  0.00007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0995  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.79 
 
 
249 aa  49.3  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1997  protein of unknown function DUF558  26.35 
 
 
232 aa  48.9  0.00008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.69 
 
 
258 aa  49.3  0.00008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.11 
 
 
249 aa  48.9  0.00009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0158003  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1402  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  20.65 
 
 
249 aa  48.9  0.00009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.89 
 
 
234 aa  48.5  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.108692 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.82 
 
 
255 aa  47.4  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0950  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.52 
 
 
249 aa  47.4  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.696782  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.09 
 
 
254 aa  47.8  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.19 
 
 
244 aa  47.8  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4114  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.11 
 
 
242 aa  48.1  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.88 
 
 
244 aa  48.1  0.0002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4430  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.11 
 
 
249 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00143526  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.55 
 
 
243 aa  47.4  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  25.81 
 
 
242 aa  47  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.11 
 
 
242 aa  46.2  0.0005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.871498  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>