222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_0682 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_0682  hypothetical protein  100 
 
 
247 aa  491  9.999999999999999e-139  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.356679  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2720  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.38 
 
 
278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.13 
 
 
247 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237916  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2222  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.38 
 
 
245 aa  103  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.62 
 
 
235 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.633705  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3091  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.71 
 
 
252 aa  98.2  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.912853  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4893  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.62 
 
 
235 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.37927  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5019  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.2 
 
 
235 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5069  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.2 
 
 
235 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.04 
 
 
235 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.744175  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0063  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.08 
 
 
238 aa  92.4  6e-18  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0515  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.34 
 
 
236 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66990  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.33 
 
 
235 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244729  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1850  protein of unknown function DUF558  32.62 
 
 
248 aa  89.4  5e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.693954 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5810  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.6 
 
 
235 aa  89  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2956  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
251 aa  86.3  4e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0907  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.62 
 
 
236 aa  82.4  0.000000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.34 
 
 
244 aa  81.6  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3423  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.36 
 
 
239 aa  80.1  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.49 
 
 
242 aa  80.1  0.00000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3763  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.62 
 
 
239 aa  80.1  0.00000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.389406  normal  0.99117 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1729  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.51 
 
 
247 aa  75.9  0.0000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.2392  normal  0.535958 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0867  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.29 
 
 
237 aa  75.5  0.0000000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000680151 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2992  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.04 
 
 
249 aa  74.7  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0758461  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.06 
 
 
257 aa  72.4  0.000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.93 
 
 
244 aa  70.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1548  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.19 
 
 
247 aa  70.5  0.00000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.030383  normal  0.492518 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5158  hypothetical protein  31.2 
 
 
235 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0381  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 
235 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.450102  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1997  protein of unknown function DUF558  31.72 
 
 
232 aa  65.1  0.0000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.96 
 
 
242 aa  63.5  0.000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0264251  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.91 
 
 
234 aa  63.2  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.108692 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_45316  predicted protein  28.21 
 
 
260 aa  63.2  0.000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0840012  normal  0.295548 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.63 
 
 
244 aa  62.8  0.000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1595  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.94 
 
 
234 aa  62.8  0.000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.377803  decreased coverage  0.000639268 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4176  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.23 
 
 
243 aa  62.8  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  28.98 
 
 
244 aa  61.6  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4766  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.72 
 
 
240 aa  61.2  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.74 
 
 
245 aa  60.5  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.34 
 
 
251 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1572  hypothetical protein  32.26 
 
 
227 aa  60.5  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000828981  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  29.49 
 
 
249 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0995  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.56 
 
 
249 aa  60.1  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2394  protein of unknown function DUF558  30.32 
 
 
255 aa  59.7  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.691799  normal  0.564861 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.7 
 
 
245 aa  59.3  0.00000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.63 
 
 
247 aa  58.9  0.00000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.18 
 
 
243 aa  58.2  0.0000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.08 
 
 
251 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.75 
 
 
243 aa  58.2  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  30.09 
 
 
249 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.56 
 
 
244 aa  57.4  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.89 
 
 
243 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0546  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.31 
 
 
244 aa  57  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00942051  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.46 
 
 
243 aa  56.6  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.53 
 
 
254 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.732304 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.46 
 
 
243 aa  56.2  0.0000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4025  hypothetical protein  28.74 
 
 
243 aa  55.8  0.0000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00355277  hitchhiker  0.00148636 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  27.06 
 
 
242 aa  55.5  0.0000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0765  hypothetical protein  28.74 
 
 
235 aa  55.1  0.0000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.417208  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  28.51 
 
 
246 aa  55.5  0.0000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.71 
 
 
243 aa  54.7  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.9 
 
 
255 aa  55.1  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.03 
 
 
243 aa  54.7  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_32846  predicted protein  27.33 
 
 
333 aa  55.1  0.000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.9 
 
 
255 aa  54.7  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.67 
 
 
243 aa  55.1  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45490  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.31 
 
 
235 aa  54.7  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.829624  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.14 
 
 
247 aa  55.1  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.3 
 
 
247 aa  54.3  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.66 
 
 
251 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.14 
 
 
246 aa  54.3  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.19 
 
 
245 aa  53.9  0.000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3545  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.42 
 
 
258 aa  53.9  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0215  hypothetical protein  29.2 
 
 
254 aa  53.5  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.79026  normal  0.274516 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.61 
 
 
243 aa  53.5  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.4 
 
 
243 aa  53.1  0.000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2763  hypothetical protein  28.76 
 
 
249 aa  53.1  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282244  normal  0.503271 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.4 
 
 
243 aa  53.1  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1997  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.47 
 
 
238 aa  53.1  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.650979  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.4 
 
 
243 aa  53.1  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.66 
 
 
244 aa  52.8  0.000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.39 
 
 
239 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.89 
 
 
241 aa  52.8  0.000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  26.42 
 
 
242 aa  52.4  0.000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.67 
 
 
247 aa  52.4  0.000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  27.71 
 
 
248 aa  52  0.000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  24.89 
 
 
248 aa  52  0.000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1587  hypothetical protein  29.49 
 
 
232 aa  51.2  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.721814  normal  0.561066 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.53 
 
 
244 aa  51.6  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.64 
 
 
249 aa  51.2  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.83 
 
 
249 aa  51.6  0.00001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1513  hypothetical protein  28.77 
 
 
242 aa  51.2  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.680118  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.63 
 
 
255 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  34.81 
 
 
248 aa  51.2  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1722  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.79 
 
 
251 aa  51.6  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.31 
 
 
244 aa  51.2  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5042  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.69 
 
 
235 aa  50.4  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.319742  normal  0.272315 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.81 
 
 
244 aa  50.4  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0165394  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  28.23 
 
 
251 aa  51.2  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.96 
 
 
255 aa  50.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>