208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2222 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2222  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
245 aa  503  9.999999999999999e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0515  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.84 
 
 
236 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5069  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.19 
 
 
235 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66990  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.34 
 
 
235 aa  208  7e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244729  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.34 
 
 
235 aa  208  8e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.744175  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5810  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.34 
 
 
235 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.34 
 
 
235 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.633705  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5019  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.34 
 
 
235 aa  202  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4893  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.49 
 
 
235 aa  202  6e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.37927  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3423  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.92 
 
 
239 aa  198  6e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3763  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.75 
 
 
239 aa  195  6e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.389406  normal  0.99117 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5158  hypothetical protein  45.8 
 
 
235 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0381  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.54 
 
 
235 aa  176  3e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.450102  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45490  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.03 
 
 
235 aa  172  3.9999999999999995e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.829624  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0907  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.08 
 
 
236 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2956  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.41 
 
 
251 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.57 
 
 
247 aa  159  4e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237916  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3091  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.57 
 
 
252 aa  157  1e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.912853  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1595  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.47 
 
 
234 aa  154  1e-36  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.377803  decreased coverage  0.000639268 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.17 
 
 
242 aa  149  3e-35  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0264251  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0867  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.73 
 
 
237 aa  146  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000680151 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1729  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.54 
 
 
247 aa  137  1e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.2392  normal  0.535958 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1850  protein of unknown function DUF558  33.62 
 
 
248 aa  136  3.0000000000000003e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.693954 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2992  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.99 
 
 
249 aa  135  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0758461  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1548  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.78 
 
 
247 aa  134  9.999999999999999e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.030383  normal  0.492518 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2720  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.74 
 
 
278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_45316  predicted protein  30.51 
 
 
260 aa  100  3e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0840012  normal  0.295548 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0682  hypothetical protein  30.38 
 
 
247 aa  95.5  6e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.356679  normal 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_32846  predicted protein  29.12 
 
 
333 aa  92.4  5e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0661  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.97 
 
 
244 aa  79.3  0.00000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0063  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.14 
 
 
238 aa  77.8  0.0000000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  27.04 
 
 
247 aa  72  0.000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  26.92 
 
 
245 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.27 
 
 
250 aa  70.1  0.00000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.27 
 
 
250 aa  68.6  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5042  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.58 
 
 
235 aa  68.2  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.319742  normal  0.272315 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1402  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.2 
 
 
249 aa  67  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  30.4 
 
 
245 aa  65.9  0.0000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.07 
 
 
257 aa  65.9  0.0000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1169  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.7 
 
 
252 aa  65.5  0.0000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.979878  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.59 
 
 
246 aa  64.7  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4594  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.11 
 
 
235 aa  64.3  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.246782  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  27.49 
 
 
239 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.47 
 
 
263 aa  64.3  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1997  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.18 
 
 
238 aa  63.2  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.650979  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1997  protein of unknown function DUF558  27.23 
 
 
232 aa  63.5  0.000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1323  protein of unknown function DUF558  26.75 
 
 
239 aa  63.2  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.107771 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.89 
 
 
249 aa  63.2  0.000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  25.75 
 
 
249 aa  63.2  0.000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1295  protein of unknown function DUF558  26.75 
 
 
239 aa  62.8  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1597  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.52 
 
 
234 aa  62.8  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.269441  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0995  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.58 
 
 
249 aa  62.8  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.1 
 
 
246 aa  62.4  0.000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  25 
 
 
246 aa  62  0.000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4176  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26 
 
 
243 aa  60.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.96 
 
 
239 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  27.08 
 
 
242 aa  61.2  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  26.61 
 
 
244 aa  60.5  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4430  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  20.59 
 
 
249 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00143526  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0090  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.94 
 
 
250 aa  60.1  0.00000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0215  hypothetical protein  22.91 
 
 
254 aa  60.1  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.79026  normal  0.274516 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0765  hypothetical protein  24.89 
 
 
235 aa  59.7  0.00000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.417208  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2960  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.1 
 
 
248 aa  59.7  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000379617  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.61 
 
 
243 aa  58.9  0.00000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  27.31 
 
 
244 aa  58.9  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0340  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.52 
 
 
239 aa  58.5  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.240035 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.43 
 
 
249 aa  57.8  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00520295  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.96 
 
 
239 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.01 
 
 
239 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3545  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.69 
 
 
258 aa  58.5  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  27.24 
 
 
248 aa  58.5  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  20.59 
 
 
249 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0158003  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4210  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  20.59 
 
 
249 aa  57  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0876638  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4048  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  20.59 
 
 
249 aa  57  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.702448  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4536  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  20.59 
 
 
249 aa  57  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  20.59 
 
 
249 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.98604e-48 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0173  protein of unknown function DUF558  23.64 
 
 
236 aa  57  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  20.59 
 
 
249 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000243025  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2156  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.07 
 
 
248 aa  57  0.0000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1925  protein of unknown function DUF558  28.27 
 
 
239 aa  57  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0289082  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1562  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25 
 
 
244 aa  56.6  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.297066 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3469  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.91 
 
 
248 aa  57  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00733732 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4058  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  20.59 
 
 
249 aa  56.2  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0577638  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.08 
 
 
249 aa  56.6  0.0000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3458  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.47 
 
 
248 aa  56.6  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3521  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.47 
 
 
248 aa  56.6  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.270155 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.36 
 
 
244 aa  56.6  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1587  hypothetical protein  25.55 
 
 
232 aa  56.2  0.0000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.721814  normal  0.561066 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1175  protein of unknown function DUF558  27.9 
 
 
241 aa  56.2  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.08 
 
 
258 aa  55.8  0.0000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  20.17 
 
 
249 aa  55.8  0.0000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000483246  decreased coverage  9.34554e-23 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1497  protein of unknown function DUF558  25 
 
 
236 aa  55.8  0.0000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.01 
 
 
239 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  23.73 
 
 
246 aa  55.5  0.0000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  22.47 
 
 
240 aa  55.1  0.0000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  22.94 
 
 
245 aa  54.7  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.55 
 
 
244 aa  54.3  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0838  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25 
 
 
230 aa  54.3  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.083399 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1513  hypothetical protein  22.54 
 
 
242 aa  54.3  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.680118  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.57 
 
 
245 aa  53.1  0.000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>