152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0515 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0515  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
236 aa  462  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66990  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  80.51 
 
 
235 aa  379  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244729  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5810  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  80.08 
 
 
235 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  77.97 
 
 
235 aa  369  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.744175  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4893  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  72.88 
 
 
235 aa  356  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.37927  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5069  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  73.31 
 
 
235 aa  356  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5019  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  72.88 
 
 
235 aa  353  1e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  73.31 
 
 
235 aa  347  8e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.633705  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45490  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  84.32 
 
 
235 aa  336  1.9999999999999998e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.829624  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0381  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  76.69 
 
 
235 aa  332  2e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.450102  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5158  hypothetical protein  77.54 
 
 
235 aa  331  5e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3423  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  58.9 
 
 
239 aa  270  1e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0907  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  60.34 
 
 
236 aa  244  9e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3763  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.9 
 
 
239 aa  225  6e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.389406  normal  0.99117 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2222  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.84 
 
 
245 aa  211  7e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2956  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.07 
 
 
251 aa  201  9e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.58 
 
 
247 aa  196  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237916  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1595  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.59 
 
 
234 aa  191  6e-48  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.377803  decreased coverage  0.000639268 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3091  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.35 
 
 
252 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.912853  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1548  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.73 
 
 
247 aa  178  7e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.030383  normal  0.492518 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1729  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.73 
 
 
247 aa  177  2e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.2392  normal  0.535958 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0867  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.21 
 
 
237 aa  176  4e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000680151 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40 
 
 
242 aa  174  8e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0264251  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2992  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.14 
 
 
249 aa  168  5e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0758461  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1850  protein of unknown function DUF558  40.34 
 
 
248 aa  154  2e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.693954 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_45316  predicted protein  32.63 
 
 
260 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0840012  normal  0.295548 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2720  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.28 
 
 
278 aa  92.8  5e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_32846  predicted protein  36.61 
 
 
333 aa  85.9  4e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0682  hypothetical protein  30.34 
 
 
247 aa  80.5  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.356679  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1997  protein of unknown function DUF558  31.08 
 
 
232 aa  69.7  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.51 
 
 
246 aa  66.2  0.0000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.38 
 
 
250 aa  62.8  0.000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.68 
 
 
250 aa  62.4  0.000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1587  hypothetical protein  30.9 
 
 
232 aa  62.4  0.000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.721814  normal  0.561066 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0215  hypothetical protein  28.1 
 
 
254 aa  61.2  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.79026  normal  0.274516 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0063  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.69 
 
 
238 aa  60.5  0.00000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.88 
 
 
234 aa  60.1  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.108692 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0173  protein of unknown function DUF558  22.5 
 
 
236 aa  58.2  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1295  protein of unknown function DUF558  26.13 
 
 
239 aa  57.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.35 
 
 
263 aa  56.6  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  26.95 
 
 
247 aa  56.2  0.0000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.55 
 
 
244 aa  55.8  0.0000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1323  protein of unknown function DUF558  25.68 
 
 
239 aa  55.5  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.107771 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1175  protein of unknown function DUF558  25.44 
 
 
241 aa  55.1  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.29 
 
 
244 aa  55.1  0.0000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4176  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.25 
 
 
243 aa  54.3  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1876  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.39 
 
 
238 aa  54.7  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.115169  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  25.59 
 
 
246 aa  53.5  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.51 
 
 
246 aa  52.8  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.29 
 
 
242 aa  52.8  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.71 
 
 
249 aa  52.8  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00520295  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2156  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.53 
 
 
248 aa  52.4  0.000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  30.99 
 
 
244 aa  52.4  0.000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  25.22 
 
 
251 aa  52.4  0.000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  25.57 
 
 
242 aa  51.2  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4594  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.01 
 
 
235 aa  51.6  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.246782  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1151  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.09 
 
 
218 aa  51.6  0.00001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.01 
 
 
245 aa  51.6  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  57.69 
 
 
245 aa  50.4  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  24.23 
 
 
245 aa  50.4  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.33 
 
 
244 aa  50.4  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  28.88 
 
 
251 aa  50.4  0.00003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1562  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.71 
 
 
244 aa  49.3  0.00005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.297066 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4210  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.54 
 
 
249 aa  49.3  0.00005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0876638  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4048  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.54 
 
 
249 aa  49.3  0.00005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.702448  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4536  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.54 
 
 
249 aa  49.3  0.00005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.54 
 
 
249 aa  49.3  0.00005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.98604e-48 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0765  hypothetical protein  23.04 
 
 
235 aa  49.3  0.00005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.417208  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1169  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.89 
 
 
252 aa  49.3  0.00005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.979878  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2667  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.17 
 
 
257 aa  49.3  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.209667  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4430  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.95 
 
 
249 aa  49.7  0.00005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00143526  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.05 
 
 
257 aa  49.3  0.00006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1007  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.63 
 
 
257 aa  48.9  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0340  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.57 
 
 
239 aa  48.5  0.00009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.240035 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.67 
 
 
246 aa  48.5  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.54 
 
 
249 aa  47.8  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0158003  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5042  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.31 
 
 
235 aa  48.5  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.319742  normal  0.272315 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.54 
 
 
249 aa  48.1  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000243025  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14251  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.95 
 
 
258 aa  48.1  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0097  protein of unknown function DUF558  27.52 
 
 
250 aa  48.1  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.11 
 
 
228 aa  47  0.0002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  26.34 
 
 
239 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1645  protein of unknown function DUF558  28.5 
 
 
255 aa  47.4  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0661  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28 
 
 
244 aa  47  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  31.13 
 
 
259 aa  47.4  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.95 
 
 
255 aa  47.4  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  29.91 
 
 
244 aa  47.8  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.52 
 
 
238 aa  47.4  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0449  protein of unknown function DUF558  24.54 
 
 
235 aa  47  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1997  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.27 
 
 
238 aa  46.6  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.650979  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3545  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.64 
 
 
258 aa  47  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.03 
 
 
258 aa  47  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.55 
 
 
247 aa  46.6  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.62 
 
 
254 aa  47  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.732304 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.98 
 
 
244 aa  46.2  0.0004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4058  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.5 
 
 
249 aa  46.2  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0577638  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.98 
 
 
244 aa  45.8  0.0005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3161  protein of unknown function DUF558  27.59 
 
 
249 aa  45.8  0.0005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0757532  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0298  RNA methyltransferase, RsmE family  20.78 
 
 
234 aa  46.2  0.0005  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.48 
 
 
255 aa  45.8  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>