47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3845 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3845  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  100 
 
 		 531 aa  1072    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.130355 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5595  FAD dependent oxidoreductase  25.05 
 
 		 502 aa  79.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.35 
 
 		 548 aa  71.2  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.38 
 
 		 566 aa  57.8  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  25.98 
 
 		 565 aa  54.3  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.57 
 
 		 531 aa  53.5  0.000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.18 
 
 		 566 aa  53.1  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0176  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.1 
 
 		 516 aa  52.8  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.326869  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.74 
 
 		 559 aa  52.8  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.77 
 
 		 565 aa  51.2  0.00005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.02 
 
 		 527 aa  50.4  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  24.04 
 
 		 546 aa  50.4  0.00009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.41 
 
 		 567 aa  50.1  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  26.79 
 
 		 573 aa  50.1  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.14 
 
 		 573 aa  49.3  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.6 
 
 		 570 aa  49.3  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.2 
 
 		 570 aa  49.3  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.47 
 
 		 573 aa  49.3  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.01 
 
 		 570 aa  48.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.7 
 
 		 545 aa  48.5  0.0003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  23.46 
 
 		 528 aa  48.1  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.64 
 
 		 584 aa  48.1  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.05 
 
 		 572 aa  47.8  0.0005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.96 
 
 		 581 aa  47.4  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.91 
 
 		 553 aa  47.4  0.0006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.35 
 
 		 582 aa  47.4  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.7 
 
 		 562 aa  47.4  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25 
 
 		 579 aa  47.4  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1572  dehydrogenase subunit-like protein  22.54 
 
 		 528 aa  47.4  0.0007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.849895  normal  0.707104 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.33 
 
 		 698 aa  47  0.0008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.261547  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.48 
 
 		 579 aa  47  0.0009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.84 
 
 		 561 aa  47  0.0009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.88 
 
 		 569 aa  46.6  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.09 
 
 		 572 aa  46.6  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  27.27 
 
 		 549 aa  46.2  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.19 
 
 		 574 aa  45.8  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.96 
 
 		 570 aa  45.4  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  23.37 
 
 		 574 aa  45.4  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.53 
 
 		 570 aa  45.1  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.05 
 
 		 511 aa  45.1  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  21.38 
 
 		 558 aa  44.7  0.004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.4 
 
 		 578 aa  44.7  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0841  oxidoreductase  25.32 
 
 		 551 aa  44.7  0.004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.793794  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6538  hypothetical protein  33.7 
 
 		 167 aa  44.7  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.139702 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4224  FAD dependent oxidoreductase  28.75 
 
 		 564 aa  44.3  0.006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.174352 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  25.37 
 
 		 570 aa  43.9  0.007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6104  dehydrogenase  22.05 
 
 		 521 aa  43.9  0.008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>