More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0109 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00105  assembly protein in type IV pilin biogenesis, transmembrane protein  96.5 
 
 		 400 aa  748    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3496  type II secretion system protein  96.5 
 
 		 400 aa  748    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0109  type IV pilin biogenesis protein  100 
 
 		 400 aa  809    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0111048  normal  0.534441 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0110  type IV pilin biogenesis protein  97.25 
 
 		 400 aa  754    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000393014  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0098  type IV pilin biogenesis protein  97.25 
 
 		 400 aa  754    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00354832  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0112  type IV pilin biogenesis protein  96.5 
 
 		 400 aa  751    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0263524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3553  type IV pilin biogenesis protein  96.5 
 
 		 400 aa  748    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000520074 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00104  hypothetical protein  96.5 
 
 		 400 aa  748    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0162  type IV pilin biogenesis protein  67.5 
 
 		 400 aa  566  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00079869  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0154  type IV pilin biogenesis protein  67.25 
 
 		 400 aa  565  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0159  type IV pilin biogenesis protein  67 
 
 		 400 aa  565  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0155  type IV pilin biogenesis protein  67.25 
 
 		 400 aa  565  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000866014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0156  type IV pilin biogenesis protein  67 
 
 		 400 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0805411 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0650  type IV pilin biogenesis protein  58.29 
 
 		 398 aa  395  1e-109  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3577  type IV pilin biogenesis protein  39.65 
 
 		 401 aa  273  5.000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.261993  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3372  type IV pilin biogenesis protein  39.45 
 
 		 399 aa  270  2.9999999999999997e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3764  type IV pilin biogenesis protein  39.29 
 
 		 401 aa  268  1e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.511689  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1043  type IV pilin biogenesis protein  39.2 
 
 		 399 aa  267  2e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0343376 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0776  type IV pilin biogenesis protein  42.33 
 
 		 399 aa  265  1e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3500  type IV pilin biogenesis protein  40.05 
 
 		 378 aa  256  4e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0664  type IV pilin biogenesis protein  35.73 
 
 		 400 aa  246  6e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0625  type IV pilin biogenesis protein  39.75 
 
 		 401 aa  238  1e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.717858  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03470  hypothetical protein  31.82 
 
 		 407 aa  200  3.9999999999999996e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1320  type II secretion system protein  33.33 
 
 		 409 aa  196  6e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0145546 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0925  type IV pilus biogenesis protein PilC  28.75 
 
 		 405 aa  196  7e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0797  type II secretion system protein  29.27 
 
 		 405 aa  193  5e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0412  type II secretion system protein  29.53 
 
 		 422 aa  193  5e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0415  type IV pilus biogenesis protein PilC  29.03 
 
 		 423 aa  190  4e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3784  type II secretion system protein  28.64 
 
 		 419 aa  187  3e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3868  type II secretion system protein  28.54 
 
 		 423 aa  187  4e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419174 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0312  type II secretion system protein  29.85 
 
 		 420 aa  186  7e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3920  type II secretion system protein  29.7 
 
 		 422 aa  186  7e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1345  type II secretion system protein  32.87 
 
 		 410 aa  185  1.0000000000000001e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3439  type II secretion system protein  28.39 
 
 		 422 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0385589 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0638  type II secretion system protein  29.34 
 
 		 408 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00492015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3177  type II secretion system protein  28.35 
 
 		 419 aa  182  7e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2680  type II secretion system protein  29.35 
 
 		 405 aa  182  7e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0118  type II secretion system protein  29.68 
 
 		 405 aa  182  7e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.423729  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4448  type IV pilus biogenesis protein PilC  29.5 
 
 		 419 aa  182  9.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.04892  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4821  type II secretion system protein  28.18 
 
 		 405 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.230252 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05990  Tfp pilus biogenesis protein PilC  26.7 
 
 		 401 aa  181  1e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2001  type IV pilin biogenesis protein PilC  28.86 
 
 		 408 aa  181  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.148255  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0757  type II secretion system protein  29.91 
 
 		 406 aa  181  1e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04887  pilin biogenesis protein  27 
 
 		 419 aa  181  2e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002544  type 4 fimbrial assembly protein PilC  30.52 
 
 		 407 aa  181  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000177594  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03232  type IV pilus biogenesis protein PilC  27.89 
 
 		 402 aa  181  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169969  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0368  type IV pilus biogenesis protein PilC  28.61 
 
 		 419 aa  179  7e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.206315  unclonable  0.00000947643 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0786  type IV pilin biogenesis protein PilC  27.78 
 
 		 403 aa  179  8e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.447941  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1633  type II secretion system protein  29.14 
 
 		 406 aa  179  9e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2142  type II secretion system protein  28.22 
 
 		 402 aa  178  1e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0354555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0419  type II secretion system protein  29.32 
 
 		 421 aa  179  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2512  type II secretion system protein  27.36 
 
 		 405 aa  178  1e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1480  pilus assembly protein PilC  26.38 
 
 		 406 aa  177  4e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2030  type II secretion system protein  28.07 
 
 		 463 aa  177  4e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.419764  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2108  fimbrial assembly protein  28.07 
 
 		 463 aa  177  4e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0418  type II secretion system protein  28.43 
 
 		 423 aa  176  4e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.11378  hitchhiker  0.00766616 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2369  type IV pilus assembly protein PilC  27.81 
 
 		 407 aa  176  7e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.529559  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5163  pilin biogenesis protein  28.26 
 
 		 405 aa  176  7e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1503  pilus assembly protein PilC  26.38 
 
 		 406 aa  176  9e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3943  type II secretion system protein  29.38 
 
 		 423 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0252  general secretion pathway protein F  28.96 
 
 		 404 aa  175  9.999999999999999e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1655  type II secretion system protein  28.68 
 
 		 404 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0311  type II secretion system protein F  26.8 
 
 		 406 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1552  type II secretion system protein  31.06 
 
 		 402 aa  175  1.9999999999999998e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0298839 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0862  type IV pilus biogenesis protein PilC  27.11 
 
 		 405 aa  174  2.9999999999999996e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3606  type II secretion system protein  28.89 
 
 		 421 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2682  type II secretion system protein  28.25 
 
 		 406 aa  174  3.9999999999999995e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0414992  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12080  type IV pilus biogenesis protein  26.87 
 
 		 405 aa  173  5e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.192731  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1395  type II secretion system protein  30.24 
 
 		 405 aa  173  5e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1493  type IV pilus biogenesis protein PilC  30.27 
 
 		 405 aa  173  5.999999999999999e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.181113  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0549  type II secretion system protein  29.67 
 
 		 408 aa  172  7.999999999999999e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3938  general secretion pathway protein F  29.32 
 
 		 405 aa  172  9e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.147565 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17760  type II secretory pathway, component PulF  30.05 
 
 		 416 aa  172  9e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.874552 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2095  type IV pilin biogenesis protein PilC  30.64 
 
 		 404 aa  172  1e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4061  type II secretion system protein  29.38 
 
 		 423 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.16247  normal  0.505472 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1968  Type II secretion system F domain-containing protein  28.29 
 
 		 407 aa  171  2e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3026  type II secretion system protein  28.47 
 
 		 417 aa  171  2e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0658  type II secretion system protein  26.52 
 
 		 417 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1127  type II secretion system protein  28.74 
 
 		 411 aa  171  2e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.580874  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2826  fimbrial assembly transmembrane protein  29.44 
 
 		 421 aa  170  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0198516  normal  0.0282611 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0374  type II secretion system protein  31.33 
 
 		 407 aa  170  3e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.777573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0424  type II secretion system protein  27.89 
 
 		 421 aa  170  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000440885 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3424  type II secretion system protein  28.64 
 
 		 421 aa  171  3e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.760778  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0658  type II secretion system protein  26.52 
 
 		 417 aa  170  4e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3390  type II secretion system protein  29.25 
 
 		 422 aa  170  4e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4697  type II secretion system protein  28.99 
 
 		 406 aa  169  5e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1824  Type II secretion system F domain protein  32.25 
 
 		 409 aa  169  8e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.608306  normal  0.597079 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0753  type II secretory pathway component PulF  28.54 
 
 		 407 aa  168  1e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0624  type II secretion system protein  26.52 
 
 		 417 aa  168  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4499  putative general secretory pathway protein F  28.82 
 
 		 405 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.151931 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1506  type II secretion system protein  26.63 
 
 		 403 aa  168  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000781072  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2147  putative general protein secretion protein  27.61 
 
 		 405 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3109  type II secretion system protein  28.43 
 
 		 421 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.336893  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2706  type II secretion system protein  28.43 
 
 		 420 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3071  type II secretion system protein  28.43 
 
 		 424 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.203834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0302  Type II secretion system F domain protein  28.36 
 
 		 412 aa  167  4e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.923196  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0875  type II secretion system protein  30.18 
 
 		 409 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2069  fimbrial assembly protein PilC-like  27.81 
 
 		 410 aa  166  8e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0842  type II secretion system protein  28.35 
 
 		 405 aa  166  8e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0345915  normal  0.647422 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0767  type II secretion system protein  27.74 
 
 		 405 aa  166  8e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>