More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_3553 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00105  assembly protein in type IV pilin biogenesis, transmembrane protein  100 
 
 
400 aa  808    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3496  type II secretion system protein  100 
 
 
400 aa  808    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3553  type IV pilin biogenesis protein  100 
 
 
400 aa  808    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000520074 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0112  type IV pilin biogenesis protein  97.5 
 
 
400 aa  760    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0263524  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0098  type IV pilin biogenesis protein  99.25 
 
 
400 aa  803    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00354832  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00104  hypothetical protein  100 
 
 
400 aa  808    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0110  type IV pilin biogenesis protein  99.25 
 
 
400 aa  803    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000393014  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0109  type IV pilin biogenesis protein  96.5 
 
 
400 aa  748    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0111048  normal  0.534441 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0154  type IV pilin biogenesis protein  68 
 
 
400 aa  575  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0155  type IV pilin biogenesis protein  68 
 
 
400 aa  575  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000866014  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0162  type IV pilin biogenesis protein  68.25 
 
 
400 aa  576  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00079869  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0156  type IV pilin biogenesis protein  67.75 
 
 
400 aa  572  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0805411 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0159  type IV pilin biogenesis protein  67.75 
 
 
400 aa  574  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0650  type IV pilin biogenesis protein  58.54 
 
 
398 aa  399  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3577  type IV pilin biogenesis protein  39.9 
 
 
401 aa  280  4e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.261993  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3764  type IV pilin biogenesis protein  40.05 
 
 
401 aa  280  4e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.511689  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0776  type IV pilin biogenesis protein  42.39 
 
 
399 aa  275  1.0000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3372  type IV pilin biogenesis protein  39.45 
 
 
399 aa  274  2.0000000000000002e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1043  type IV pilin biogenesis protein  39.2 
 
 
399 aa  271  1e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0343376 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3500  type IV pilin biogenesis protein  40.05 
 
 
378 aa  260  3e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0664  type IV pilin biogenesis protein  36.25 
 
 
400 aa  259  4e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0625  type IV pilin biogenesis protein  40.75 
 
 
401 aa  247  2e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.717858  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0925  type IV pilus biogenesis protein PilC  29.24 
 
 
405 aa  205  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1320  type II secretion system protein  32.07 
 
 
409 aa  205  1e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0145546 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03470  hypothetical protein  30.87 
 
 
407 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0797  type II secretion system protein  28.99 
 
 
405 aa  199  7e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0412  type II secretion system protein  28.89 
 
 
422 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0415  type IV pilus biogenesis protein PilC  29.6 
 
 
423 aa  194  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0312  type II secretion system protein  29.6 
 
 
420 aa  194  3e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1345  type II secretion system protein  33.7 
 
 
410 aa  193  4e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3439  type II secretion system protein  28.93 
 
 
422 aa  192  8e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0385589 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3868  type II secretion system protein  28.96 
 
 
423 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000419174 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3784  type II secretion system protein  28.47 
 
 
419 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3920  type II secretion system protein  29.68 
 
 
422 aa  190  4e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002544  type 4 fimbrial assembly protein PilC  30.5 
 
 
407 aa  189  7e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000177594  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0118  type II secretion system protein  29.51 
 
 
405 aa  189  7e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.423729  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0638  type II secretion system protein  29.34 
 
 
408 aa  187  3e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00492015  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3177  type II secretion system protein  28.86 
 
 
419 aa  187  3e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0757  type II secretion system protein  31.25 
 
 
406 aa  187  3e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2001  type IV pilin biogenesis protein PilC  29.08 
 
 
408 aa  187  3e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.148255  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1480  pilus assembly protein PilC  27.39 
 
 
406 aa  187  4e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0252  general secretion pathway protein F  29.46 
 
 
404 aa  187  4e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03232  type IV pilus biogenesis protein PilC  28.14 
 
 
402 aa  186  4e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169969  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0786  type IV pilin biogenesis protein PilC  28.28 
 
 
403 aa  186  5e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.447941  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0419  type II secretion system protein  29.56 
 
 
421 aa  186  5e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2680  type II secretion system protein  29.1 
 
 
405 aa  186  6e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4448  type IV pilus biogenesis protein PilC  29.35 
 
 
419 aa  185  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.04892  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1503  pilus assembly protein PilC  27.39 
 
 
406 aa  185  1.0000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2142  type II secretion system protein  28.71 
 
 
402 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0354555  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0368  type IV pilus biogenesis protein PilC  28.75 
 
 
419 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.206315  unclonable  0.00000947643 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4821  type II secretion system protein  28.26 
 
 
405 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.230252 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2512  type II secretion system protein  27.36 
 
 
405 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3606  type II secretion system protein  28.82 
 
 
421 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05990  Tfp pilus biogenesis protein PilC  26.95 
 
 
401 aa  182  1e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1552  type II secretion system protein  31.31 
 
 
402 aa  181  1e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0298839 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04887  pilin biogenesis protein  27.5 
 
 
419 aa  182  1e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1633  type II secretion system protein  28.64 
 
 
406 aa  182  1e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0418  type II secretion system protein  29.21 
 
 
423 aa  181  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.11378  hitchhiker  0.00766616 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5163  pilin biogenesis protein  28.5 
 
 
405 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2369  type IV pilus assembly protein PilC  28.32 
 
 
407 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.529559  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2826  fimbrial assembly transmembrane protein  30.46 
 
 
421 aa  180  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0198516  normal  0.0282611 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2108  fimbrial assembly protein  27.59 
 
 
463 aa  179  5.999999999999999e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2030  type II secretion system protein  27.59 
 
 
463 aa  179  7e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.419764  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3943  type II secretion system protein  29.31 
 
 
423 aa  179  8e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0862  type IV pilus biogenesis protein PilC  27.75 
 
 
405 aa  179  8e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2095  type IV pilin biogenesis protein PilC  29.5 
 
 
404 aa  178  1e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0311  type II secretion system protein F  27.3 
 
 
406 aa  178  1e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3424  type II secretion system protein  28.61 
 
 
421 aa  177  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.760778  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3390  type II secretion system protein  29.15 
 
 
422 aa  176  4e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3109  type II secretion system protein  29.19 
 
 
421 aa  176  4e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.336893  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1395  type II secretion system protein  29.94 
 
 
405 aa  176  7e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12080  type IV pilus biogenesis protein  27.07 
 
 
405 aa  176  7e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.192731  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2706  type II secretion system protein  29.44 
 
 
420 aa  176  7e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3071  type II secretion system protein  29.44 
 
 
424 aa  176  7e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.203834  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1655  type II secretion system protein  28.18 
 
 
404 aa  176  8e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4061  type II secretion system protein  29.63 
 
 
423 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.16247  normal  0.505472 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3938  general secretion pathway protein F  29.32 
 
 
405 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.147565 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1127  type II secretion system protein  29.03 
 
 
411 aa  175  9.999999999999999e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.580874  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0424  type II secretion system protein  27.2 
 
 
421 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000440885 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0549  type II secretion system protein  29.41 
 
 
408 aa  174  2.9999999999999996e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1968  Type II secretion system F domain-containing protein  29.33 
 
 
407 aa  173  3.9999999999999995e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4697  type II secretion system protein  28.74 
 
 
406 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2682  type II secretion system protein  28 
 
 
406 aa  173  3.9999999999999995e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0414992  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1493  type IV pilus biogenesis protein PilC  29.64 
 
 
405 aa  173  5e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.181113  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0658  type II secretion system protein  26.26 
 
 
417 aa  173  5e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2849  type II secretion system protein  28.18 
 
 
403 aa  173  5e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0753  type II secretory pathway component PulF  28.78 
 
 
407 aa  173  5.999999999999999e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347223  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0658  type II secretion system protein  26.26 
 
 
417 aa  172  7.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1745  type II secretion system protein  27.55 
 
 
406 aa  172  1e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1506  type II secretion system protein  26.38 
 
 
403 aa  172  1e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000781072  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2147  putative general protein secretion protein  27.36 
 
 
405 aa  171  2e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0624  type II secretion system protein  26.26 
 
 
417 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17760  type II secretory pathway, component PulF  29.78 
 
 
416 aa  171  2e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.874552 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4499  putative general secretory pathway protein F  28.82 
 
 
405 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.151931 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0875  type II secretion system protein  30.79 
 
 
409 aa  171  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1824  Type II secretion system F domain protein  31.98 
 
 
409 aa  171  3e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.608306  normal  0.597079 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2961  type II secretion system protein  29.44 
 
 
424 aa  171  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3026  type II secretion system protein  28.22 
 
 
417 aa  171  3e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0374  type II secretion system protein  29.91 
 
 
407 aa  170  4e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.777573  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2080  type II secretion system protein  28.04 
 
 
417 aa  170  5e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.917677  normal  0.551071 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>